而趙昺的私旨只要不是涉及國事，只需左、右相或是值守的參知政事簽署就可以發送六部或地方執行。而后設立軍機處也是以擠壓相權為目的，后來一連起草詔書和審核奏章也交由御前辦處理，以致有人將御前辦主事稱為內相，有了取代外朝的趨勢。
所以趙昺雖然當初建立御前辦只是想減輕自己的工作壓力，協助自己分類整理文件，收集資料和保管重要文件，對接中央和地方部門工作，而成立的秘書處。但實際上當下的御前辦已經有了中書省和門下省的一些職能，參與到重大事件的前期決策，從而在一定程度上影響到了朝廷的運作程序和事件走向。
趙昺當然清楚如此做在戰時和處理突發事件，作為一個臨時機構存在勉強算的上合理，而他的目的也是在通過在御前辦工作，受到自己的思想影響，并作為后備干部進行培養。但是作為帝王的幕僚，這些人在資歷和理政經驗上皆相差甚遠，無法承擔參贊軍機的作用。
當前形勢趨好，領土已經穩定在淮河沿線，面積比當初在瓊州擴大了百倍有余，人口也已經達到四千萬左右，事情也是越來越多，到了目不暇給的地步。趙昺以為現下的朝廷機構并沒有能與時俱進，不但自己對紛雜的事務難以及時處理，朝廷也已經不堪重負。
因此調整朝廷機構，理清運作程序及完善議事和決策職能已經是迫在眉睫的事情，因而趙昺想著要逐步健全相關機構。但是他對增設那些部門，如何確定職能還只存在于設想當中，并沒有詳細的方案。所以今日便與王應麟提及此事，想在回京前能有個眉目。
眼下從三省六部制的優點來看，它確實是一項很好的制度。是不是優點多就一定會得到長期推廣呢趙昺的答案是否定。中書門下體制建立以后，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，中書門下成為宰相府署，獨立于三省機構之上。
在這種體制下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對于行政事務的干預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯系更多的作為“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的咨詢者。
而今選擇恢復三省制，是完全照搬前朝的版本，還是吸取前人的經驗，有選擇的保留，趙昺還在猶豫。因為這不僅關系到增加公職人員和開支的問題，還涉及到如何維護自己權益的問題。一旦放權過多，自己多年的努力豈不前功盡棄，重新被架空，弄不好又變成了吉祥物被人供著了
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