內廷改制的工作進行的十分順利，趙昺依舊按照自己的設想進行了改變，內侍省下設秘書監、殿中監、將作監、軍器監、內務監及皇城司，即五監一司，分管內廷各項事務。以鄭虎臣為內侍省左相，王德為右相，分掌內外。
秘書監職能得到擴充，其實也就是將御前辦的功能接收，并加以擴充。殿中監則分了皇城司的過去部分職責，接管了內廷的一應雜務。將作監、軍器監一切如常，而內務監則掌管內宮事務，設六尚局，皆由內官充任，負責管理內庫，侍奉皇室親貴，不得干涉外務。
皇城司的工作主要還是事務局，但是兼掌親衛旅，負責宮城宿衛和鑾儀衛及行宮、軍器監、內庫的日常戍衛。只是將太醫院劃歸朝廷管理，但改由樞密院輜重司醫藥院派駐一個醫療組，歸秘書監領導，負責為內廷醫療服務。
御前護軍都統府得以保留，下轄五個旅和水軍艦隊和各一個陸戰團、山地團。仍以倪亮為都都統，原水軍都統鄭永調任第二水軍都統，由張浩升任都統。其余兩個步兵旅轉隸遠征軍，由劉文俊和羅大同分任正副都統。兩騎兵旅編為騎兵第四、五師，由都哥和拔都任都統。
與此同時，趙昺又借機對禁軍和御前護軍官兵進行交流，調入一批實戰經驗豐富的基層軍官和兵卒，又將護軍一批有文化、懂謀略和有帶兵經驗的軍官調入其它各部，借以提高各部間的作戰和管理水平，也使得護軍能夠保持強盛的戰斗力。
另外趙昺以為自己做的一件大事，就是皇家學院終于開學了。學院是以過去老營的基礎組建的，按照他的設想，學校以現代學校為樣板，分為小學、初中和高中三個階段。課程設置也是由易到難，采用他親自編撰的課本教學，小學開設國語、算數、道德、萬物及體育。
至于初中和高中的課程如何，趙昺還沒有想好，當前他課本還沒有準備好，但是無外乎增加物理和化學方面的東西，這還有待于這一階段教學效果經過檢驗后再定。不過他覺得自己教的這些東西在這個年代估計也是驚世駭俗了。
不過趙昺遇到的最大問題，還是生源問題，不是他不想招那些官紳和良家子弟，而是人家不愿意來。一是因為覺得皇家學院教授的內容不符合當下的實際，皆是些背經叛道的東西，擔心誤了自家子弟；二是對他們的師資有質疑，雖說是皇帝辦的學校，卻沒有聘請當下的名儒大家任教，皆是些寂寂無名之輩，甚至還有從軍中選出的軍漢。再有就是學校的規矩太過苛刻，要在學校中住宿，且不分士庶混居，實在有失體統
反正這座皇家學院倍受摘指，那些所謂的名門世家皆不看好，但是趙昺不為所動，他知道這所學校將來培養出的學生將會影響到整個世界，改變歷史的發展進程。因而他的生源主要來自于戰爭中陣亡的將士遺孤及收留的孤兒，還有一些是軍中子弟。
現在第一期共有六歲至十歲的學生兩千余人，按照年齡和知識水平分成三個年級。趙昺之所以招收這些低齡兒童，主要還是他們的可塑性強，還沒有受到外界傳統觀念的荼毒，更容易接受新的教育方式。另一個原因自然是對自己忠心，現在老營的那些孩子已經逐步成長起來，在地方和軍中任職，再過些年就會逐步成為大宋新一代的中流砥柱。
至于這些學生將來的出路，趙昺也已經打算好，最優秀的會進入皇家科學院從事研究工作，余者根據愛好和需要進入軍隊和工坊兩個系統，或是直接服務于內廷所屬的產業。他之所以這么考慮，也是因為在外界排斥的情況下無奈的選擇，而軍隊和工坊可以說是自己的地盤，阻力會小很多。
趙昺知道改變一個社會千萬年來的傳統和觀念，絕非一朝一夕可以完成的。但是他相信只要自己不會早亡，那么他還有幾十年的時間來改變這個世界，讓人們接受新的知識。所以他盡管心急如焚，卻也不能操之過急，要耐著性子，一步步的來走。
當然要做大事，就少不了大的投入。趙昺的皇家學院實施免費教育，從衣食住行到生活所需等等，一切開支皆來自內廷，每月還會一定額度的零花錢。而這個投入不會減少，還會隨著規模的壯大不斷的持續投入，至于產出最快也得十年之后才能出顯效果。