這個時候孔門還只有一位衍圣公，那就是孔端友。可是金人也想要扶植起一位衍圣公，以此證明他們才是正統王朝。當初孔端友南下的時候，他的弟弟一門是留在北方守住孔林和孔廟的，所以沒有跟著南下，這就成了金人利用的籌碼。
所以金人先扶植起了偽齊政權，劉豫出任偽齊政權的皇帝。讓劉豫出面，將孔端友的弟弟孔端操的兒子孔璠冊立為衍圣公。這個時候就出現了南北兩宗衍圣公的局面。南邊是孔端友這一支，他們是正兒八經的嫡長子孫系，而北邊是孔端操這一系，他們是金人扶植起來對抗南方的籌碼。
從身份角度來看，嫡長子孔端友這一脈當然是正統，可是從地理位置上來說，孔端操這一脈駐守在曲阜的孔廟和孔林，所以他們也不能說不是正統。
要是只有南北兩宗也就算了，到了蒙古人南下的時候，衍圣公的情況再次發生了轉變。當時曲阜孔廟駐扎的衍圣公是孔元措。他是金人扶植起來的，可是蒙古人南下進攻金朝時，就不得不學習孔端友南下避難，他跟隨著金朝政權到了汴京，而曲阜孔廟則讓他的族兄孔元用來負責打理。
蒙古人到了曲阜，發現衍圣公不見了，索性就在當地改立了一個，他們將孔元用、孔之全父子倆立為了衍圣公。這么一來情況就更復雜了，在南宋有孔端友這一脈的衍圣公，在金朝有孔元措這一脈的衍圣公，后來蒙古占領曲阜又有了孔元用這一脈的衍圣公。
中華大地上同時出現了三派衍圣公，誰都覺得自己是正統衍圣公。一直到蒙古人打下了汴京城，金朝的衍圣公孔元措被蒙古人活捉了，于是他又被蒙古人立為了衍圣公，之前他們立的衍圣公孔之全就被廢掉了，充任了曲阜令，可這么一來南北兩宗衍圣公的局面再次出現。
令人意外的是孔元措沒兒子，這下子問題又出來了，他死后沒有子嗣來繼承爵位，蒙古人無奈之下只好把孔元措弟弟孔元孫子孔立為衍圣公。可是孔湞這個人出身有問題，他老媽已經改嫁了老李家，孔也跟著姓了李，所以沒多久就被廢掉了。
事情就一直到蒙古南下滅宋之間這段時期，中原是沒有衍圣公的，待滅宋后忽必烈就讓江南襲衍圣公孔洙入覲欲立其為正統。而這時尚遠在瓊州的趙昺一氣之下不僅將北狩接受蒙元封號的德祐帝及皇親國戚開除宗籍，連衍圣公一道給廢了，且沒有另行敕封。
而孔洙可能出于自身考慮，覺得如果接受元朝任命，需要定居曲阜，不能南返，孤身一人在曲阜做衍圣公，肯定會受到北宗孔氏激烈的排擠和刁難，因此他選擇了謝絕了衍圣公的封號。忽必烈也被此事搞煩了，索性選擇暫時不立衍圣公了，實際上這時衍圣公的封號空缺