新宋軍與蒙元作戰多年，陸續俘獲了不少蒙元軍卒，但初期大多是駐扎在江南的宋朝降軍，只有少量的蒙古探馬赤軍和地方都萬戶府的鎮戍軍。
因此處理起來并不困難，最早青壯被編入苦役營中送往瓊州鹽場曬鹽，后來隨著俘獲人數增多又成立了幾個工程兵師，專司從事修筑道路、城壘和治水，并分撥給工部和戶部使用。至于蒙古軍軍官大多被處死，也有部分弓馬嫻熟者被編入宋軍充當教頭，教授騎射和養馬技術。
這個時期被俘的蒙元軍兵相對于宋軍龐大數量而言只是九牛一毛，根本掀不起風浪來。而隨著首次北伐的勝利，宋軍攻占了兩淮地區，俘敵的數量開始大規模的增長，其中不僅有侍衛親軍、地方鎮戍軍，人員構成也復雜起來。
雖說依然是漢軍占據了多數，但蒙古人和色目人也有四成左右。趙昺也不得不重新設法處置，他首先赦免了最早的那些俘虜兵，免除他們的苦役放歸鄉里，又選了一批加以替換。又對各個工程兵師人員加以甄別后，對傷病和老弱加以撫恤后放歸，或是就地安置，也消耗了一批人。
對于俘獲的蒙古人和色目人，趙昺還是堅持處死那些頑固和中堅分子，余者一部分送往新收的馬場養馬，一部分有技術的送入各個工坊監管勞作。而對于投降的則加以整編，對他們的財產予以保護，按照宋軍的薪餉標準予以發放，不愿為軍者同樣授予土地為民。
首次北伐俘獲的十余萬蒙元軍兵，相對于江南數千萬人口而言不過是大江中的一掬水而已，且兩淮和江南雖然曾經陷落，但前后不過二十余年，大多數人還是心向故國的。將他們散于各處依然能輕易的被消化掉。
至于整編的降軍，主官被授予爵位，薪餉待遇在原基礎上加了一等，并予以厚賜，雖不比他們在蒙元時可以通過各種手段撈的的錢多，但也足夠其與家人過上富足的生活了。且勝在穩定，沒有欠薪和肆意克扣之事發生，大多數人十分滿意。
至于蒙元軍卒過去也要在各個衛所屯田，朝廷說是給予薪餉，但往往拖欠不給，實際上只是免去了他們的賦稅，卻要向朝廷、宗主繳納歲貢，忍受上官的盤剝，征戰之時還有自備馬匹和兵仗。所以基礎官兵生活是十分艱苦的，而作為軍戶還要世代為兵，不得從事它業。
如此而言，大宋軍隊有完備的薪餉和撫恤制度，朝廷為他們武器、服裝及飲食，可以說當了兵包吃包住，還給錢，退役后會按照級別發放補助金，有戰功者優先安排到各級衙門中工作，即便返鄉也會優先分配給土地。更重要的是沒有了世代為兵的軍戶身份。
而今宋軍剛入伍普通士兵的薪餉，雖然不高，但也可以在一定程度上補貼家用；一個初級士官的薪餉一般可以保證一個五口之家的基本生活；而成為軍官，他的薪餉差不多就可以奔小康了；到了高級軍官，他的薪餉和補貼已經不遜于朝廷二品大員了。