但此時，意想不到的劇情發生了，克利奧帕特拉只是給了巴耶克和艾雅一筆錢，但凱撒卻要將法老托勒密的死歸罪于他們，讓他們成為背鍋俠。
巴耶克、艾雅、塔希拉、弗希達斯等人重新聚首，他們都認為應該繼續持續戰斗保護人民的自由意志，兄弟會的雛形出現了。
埃及艷后與凱撒的聯姻并沒有給埃及帶來和平，情況反而越來越糟糕。凱撒加入了上古維序者的陣營，而他的副手弗拉維烏斯，才是殺害卡慕的真正兇手。
公元前47年，巴耶克和艾雅為追查伊甸碎片回到錫瓦，發現百姓全都痛苦地倒在地上，之前在最初劇情中為巴耶克治傷的拉比亞也沒能幸免。
原來，弗拉維烏斯使用神器讓整個錫瓦的人全都被控制，他們已經先一步趕往寶庫。這個寶庫其實就是之前上古維序者不惜殺死卡慕和很多無辜埃及人也要打開的那個寶庫，里面蘊藏著伊甸碎片的秘密。
巴耶克和艾雅來到寶庫中，在這里他們看到了一個巨大的金色地球模型，而巴耶克的好朋友，留在錫瓦的霍普扎法，為了保衛寶庫，已經死在了這里。
巴耶克和艾雅分頭行動，巴耶克刺殺弗拉維烏斯，拿到了伊甸碎片。在亞歷山大港，巴耶克和艾雅再度聚首，
兩個人都明白，他們必須為了更偉大的善行而犧牲自己的人生，在暗中刺殺那些罪有應得之人，化身為“無形者”，為新的信條而戰。
巴耶克手中的老鷹頭骨落在沙地上，印畫出刺客組織的標志。
在最后一幕中，艾雅來到羅馬的元老院議事廳，成為了第一個向凱撒刺出致命一劍的人。而后，元老院的其他人紛紛一擁而上。
布魯圖斯來到凱撒面前，凱撒說出了歷史上那句經典的話：“即使是你也不認同我嗎，我的孩子？”
然而，布魯圖斯回答凱撒的是冷冰冰的一刀。
“暴君已經死了，你們自由了！”
布魯圖斯高舉著匕首大聲呼喊，鏡頭逐漸拉高，躺在地上、渾身是血的凱撒頭顱無力地歪到一邊，氣絕身亡。
在這之后，艾雅在羅馬建立了刺客組織的據點，而巴耶克則是留在埃及發展刺客組織。
“我們來自黑暗，也必駐足于黑暗之中；人類不必永生，但信條必定長存。”
在劇情的最后，巴耶克站在高處看著艾雅的信件，塞努從遠處飛來，落在他的右臂上。
前方再度出現了整個埃及絕美的遠景，而此時畫面中再度出現了游戲的名稱和標志。
《刺客信條：起源》！