不過在遠東地區的眾多國家中，從南海貿易聯盟成立這件事情上受到負面影響最大的還并非荷蘭人，而是整件事從頭到尾都被排除在外的西班牙人。
自1565年4月西班牙人萊加斯皮egasi率部入侵菲律賓以來，殖民者在以呂宋島為中心的菲律賓群島已經維持了近七十年的統治，而在此期間馬尼拉殖民當局的主要貿易對象，便是隔海相望的大明了。
從1565年開始的兩個半世紀中，西班牙美洲殖民當局每年都會派出數艘大帆船，來往于墨西哥的阿卡普爾科港與馬尼拉之間，每年運抵馬尼拉的美洲白銀多達數百萬比索，而其中有一半左右流入了中國，用于購買生絲、棉布、綢緞、瓷器等商品。
明東南地區在十六十七世紀的商業蓬勃發展，一定程度也是受到來自西班牙注入市場的巨額白銀資本刺激，這條跨越太平洋的貿易線在這段時期內給雙方都帶來了巨大的利潤，也是遠東地區最為重要的貿易關系之一。
不過原本到19世紀才會逐漸衰落的這條航線提前了近兩百年就呈現了頹勢，這是因為海漢人在1633年年初突然對臺灣島北部的兩處西班牙據點實施了襲擊，趕走了駐扎在當地的西班牙殖民者，而與大明之間的貿易關系也因此大受影響。僅僅幾個月之后，連前往馬尼拉交易的大明海商數量也急劇下降，這導致了六月從馬尼拉港出發前往美洲的船隊規模直接減半。
前往美洲的大帆船必須在六月間出發，才能搭上北緯45°海域的“黑潮”一路向東，盡管有天然洋流的幫助，這段航程仍然超過上萬海里，需要耗時近六個月才能完成。而每年西班牙在美洲的殖民區基本就指望著馬尼拉船隊這一年一度運來的貨物，讓當地出產的銀元銀錠、可可、羊毛等土特產能有外銷的機會。而這一年的貨物運載量下滑，往遠了說將會直接影響到大洋彼岸乃至遙遠的歐洲，往近了說，菲律賓總督及其手下一干人等都得為此而承擔相應的責任。假如西班牙皇室責問下來，這幫人統統都得滾回馬德里去接受審判。
西班牙人在措手不及之下吃了這個大虧，當時在雞籠淡水兩地任職的格斯曼和阿爾卡拉索在回到馬尼拉之后立刻就被囚禁起來，因為他們所描述的作戰過程實在太荒謬了，堂堂西班牙軍隊怎么可能在短短數天里就被一群武裝商人給攻破了據點要知道就算是荷蘭人當初興兵攻打臺北據點，也沒有撈著什么便宜。西班牙駐菲律賓總督認為他們犯有嚴重的失職和畏戰罪過，必須要為此而承擔責任才行。
除此之外，馬尼拉當局也并不準備就這么忍氣吞聲讓海漢人白白占領了自家辛苦經營的據點，也在著手準備對當地發動反攻。不過出于謹慎考慮，他們還是通過各種手段搜集了一下海漢的情報，以便能夠更有針對性地打擊這幫不知天高地厚的海商。但當各方面的信息匯集到一起之后，西班牙人才赫然發現被囚禁起來的淡水長官和雞籠長官所說的情況可能并不完全是為了推卸責任而編造出來，而是實實在在已經發生的狀況。