不過也不是所有人都選擇了逃往岸上，也有一些人是將保命的希望寄托在了這個身份不明的對手身上，果斷選擇了留在船上就地投降。出現這種狀況倒也不算奇怪，后金的“水師”本來就是被叛軍裹挾逃亡到遼東的原明軍水師，其中有不少人的故鄉都在海對面的山東，自然很難心甘情愿接受后金朝廷的指派。只是一部分軍人的家屬當時也被裹挾而來，如今寄人籬下，不得不給后金賣命，但那些沒有家人牽掛的士兵，自然是想抓住一切機會回到大明去。
他們雖然并不清楚突然出現在旅順口的這支陌生艦隊是什么來頭，但能來這地方的除了大明水師又還能有誰呢既然現在已經戰敗，船上督戰的后金軍官也已經死的死逃的逃，那不如乖乖投降，說不定就能借著這個機會回山東了。至于說回去之后會不會因為叛國罪而受到懲罰，他們目前倒沒有去考慮這么多，總之是先想法離開這里再說。于是走在最后面的兩艘海漢戰船果斷放慢了速度，開始打掃戰場，收押敵軍俘虜。
這場戰斗持續的時間不長，但戰斗烈度著實不低，參戰船只中除了最后兩艘船之外，沖在前面的戰船都至少進行了一輪以上的炮擊作戰，靠著火力優勢硬生生擊垮了試圖利用狹窄水道堵住海漢艦隊的這幾艘后金戰船。
在遭受了海漢戰艦的近距離密集炮擊之后，這四艘敵船受損程度都較為嚴重，已經基本失去了修復的價值。不過地方正處于航道當中，如果這幾艘船沉在這里，勢必會影響到日后通航，而后金的戰船本來就少，對其影響可能不大，到時候說不得疏通航道的工作還得著落在海漢頭上。王湯姆考慮到了這一點，下令其他船只先配合將這幾艘半沉不沉的敵船拖出航道，免得影響自己這支艦隊在這地方的出入。
眼看戰斗結束，王湯姆立刻下令要求各艦報上戰損狀況。旗艦因為船體最為堅固，船體所受的損傷不大，無非是側舷上多了一些凹坑，船帆被火箭燒出若干破洞。人員方面有三人不幸重傷，不過這點戰損還在可以接受的范圍內。而跟在旗艦后面的戰船接戰的時候，敵船經過己方旗艦的炮轟已經失去了大半戰斗力，這使得后來者所遇到的壓力就更小了，但因為船體的防護力沒那么強，倒是有兩人戰死，致命傷均是來自敵船上佛郎機炮。
原本駐留在港灣之外的幾艘后勤補給船也加入進來，稍稍加快了一點打掃戰場的速度。從戰斗開始到結束，都沒有再出現任何船只加入戰局，看樣子后金在港灣里部署的海上武裝也就只有這么幾條船了。這點武裝力量或許打打海盜倭寇，鎮壓一下不安分的漁民是夠了，但跟海漢這種正規編制裝備先進的海軍對抗，的確實力還是明顯偏弱了一些。
王湯姆沒有等待戰場打掃完之后再進行下一步行動，而是帶著兩艘探險級戰船便繼續向前行進。東側黃金山背后的小港灣一眼便能看到底，除了幾艘倒扣在岸上的小漁船之外，王湯姆并沒有從望遠鏡中看到任何有人活動的跡象，看樣子剛才出來迎戰的幾艘戰船也不是出自這邊。
那就只剩下了西側的港灣了，根據目前所知的情報，原金州衛中左千戶所所城就坐落在旅順口港灣西北的海岸上，也就是說后金部署在這里的軍隊，很可能原本是水陸兩軍都集結在了這邊。不過后金軍顯然在此地已經沒有別的戰船了，所以王湯姆也沒有太多的顧忌，便下令駛入了這片水域。