城防軍投降之后，陷入完全孤立的港口防御工事自然也就沒法再進行獨立作戰了，在明確了馬尼拉城的形勢之后，這里的守軍也就只能選擇投降保命了。
不過要如何處理這些岸防工事，海漢軍卻有些犯難。西班牙人在興建這些岸防炮臺的時候還是頗為用心，即便是臨時趕工完成，工程質量也并不差，而部署在這里的岸防大炮，也集中了西班牙在遠東地區最好的一批大口徑火炮。如果只是簡單地將這里拆毀，未免有些暴殄天物，從經濟角度講也有些不太劃算。
最后顏楚杰把葡萄牙人找來，主動詢問他們是否有意向作價把這些岸防炮全買下來。如果葡萄牙人不買，那回頭再找大明、安南、馬打藍這些對軍火買賣很感興趣的國家，勸說他們來購買海漢在馬尼拉城繳獲的大量武器。
西芒作為葡萄牙代表到港口看過實物之后，對這批岸防炮的狀況倒是很滿意，只是他要求在價格方面給予更大的折扣力度，并且他希望海漢能將馬尼拉城內繳獲的所有火炮也一并打包出售給葡萄牙，這倒是讓軍方求之不得的事。
雙方討價還價一番之后，最終西芒以一百一十萬海漢元的打包價，訂購了西班牙人在馬尼拉城內外部署的總共六十余門火炮，以及目前繳獲的一千三百余支火槍。因為葡萄牙人在這場戰爭中也算是出了一些力，所以海漢在處理這些武器裝備的時候，給予葡萄牙的價格也還算公道，這價錢比購買同等數量和規格的海漢武器可要便宜多了。
而在戰爭期間所俘獲的西班牙炮兵，也同樣是軍方想要爭取的對象。這個特殊兵種對作戰經驗和實際操作能力要求極高，西班牙守軍中頗有一些從正規軍退下來的老炮兵，在戰斗力方面也不亞于海漢的炮兵部隊。海漢軍希望這些炮兵能夠為己所用，便答應他們可以用服役年限來兌換今后的自由身。
這種條件雖然聽起來有些不可思議，但實際操作下來卻受到了西班牙炮兵的歡迎。這些西班牙人大多沒有條件為自己籌款贖身，如果為海漢服役幾年就能換來自由，那又何樂而不為，這總比當礦工當到死好多了。至于國籍、忠誠什么的，命都快沒了，還講究那些東西干嘛他們從歐洲跑到遠東來的目的是為了發財，至于為西班牙王國效力還是為別的什么國家效力，對這些只是受雇于馬尼拉當局的雇傭兵而言其實沒什么差別，頂多也就是語言方面有點障礙而已。
當然了，這些西班牙炮兵即便愿意接受條件，進入海漢軍中服役，也不是馬上就會分配到部隊中去。他們仍需在戰后接受為期百日的新兵訓練，在此期間還要學習漢語，合格之后才能進入軍中，而被淘汰者依然還是會被送去礦場當力工。
至于那些沒有一技之長的普通士兵，如果沒有贖身的財力，那就只能被送去外地當礦工了。當然像弗朗西斯這樣有一定文化基礎的高級軍官，即便是被分去當礦工，也一定會物盡其用，讓他當個文書之類的，不至于像普通礦工一樣下到坑道里去勞作。
而對于城內的清理工作，就沒有接收港口那么順利了。馬尼拉當局在戰爭期間組織了幾千人的武裝部隊與海漢對抗，但戰死和俘獲的人員只是其中一小部分，許多準軍事人員都分散躲藏在城中各種隱蔽之處，或是干脆就恢復了普通平民的身份，期望以此來躲過海漢軍隊搜捕。然而這又談何容易，海漢軍已經在弗朗西斯的官邸找到了軍方的花名冊，按圖索驥進行緝拿，誰也別想輕易躲過。
一時間整個馬尼拉城內都是雞飛狗跳，不得安寧。按照指揮部的估計，緝拿抓捕工作至少要持續三四天的時間，才能大致完成任務。