邱元和蕭良抵達馬尼拉之后，便立刻開始接手本地的軍政事務。相對而言，軍方的防務和指揮權轉交工作還比較簡單，因為此時顏楚杰等將領都還尚未離開馬尼拉，蕭良可以通過他們獲得更為詳細的本地信息，不至于會在接手后毫無頭緒。而于鐵柱在海口城駐扎期間，邱元正好便是他的頂頭上司，軍政雙方的很多工作就更容易溝通了。
當然執委會和國防部作出這樣的人事安排，未嘗不是考慮到了這樣更便于快速接手馬尼拉的軍政事務，而且蕭良在廣東期間也算是帶過兵，不至于因為業務不夠熟悉會被下面的人給架空。
關于防務的交接，其實臨管會在此之前就已經有了安排，不過因為海漢軍在巴石河以北地區的清剿行動仍在進行之中，所以相關的交接工作就繼續順延，蕭良也因此得以有更多時間來熟悉本地的狀況。
海漢軍在巴石河北岸的行動也并不是一帆風順，逃往這一區域的西班牙人往往都是非富即貴，不少人都擁有小規模私人武裝，對于海漢軍的追擊，他們理解為這是要趕盡殺絕的意圖，自然不會輕易放下武器就范。而海漢軍所得到的指令，便是對所有的抵抗行為實施打擊，這樣一來不可避免地就發生了多起武裝沖突，雙方也都各有死傷。
當然了，戰斗力擁有絕對優勢的海漢軍傷亡數字并不大，倒是逃亡中的西班牙人因武力抵抗，被海漢軍很是果斷地屠戮了不少。按照回報至臨管會的數字，光是在近幾日巴石河以北抓捕行動中被殺的西班牙人就超過了三百人。而被抓捕押回馬尼拉城的俘虜，則是這個數字的好幾倍之多。
不過這都并非海漢將領們所關心的重點，畢竟亂世人命賤如草，何況是敵對陣營的人命，死幾百人也僅僅就是一個數字罷了。將領們最為關切的，當然還是抓捕行動到底從這些西班牙人手中搜出了多少錢財。
而參戰部隊也的確沒有讓翹首以待的將領們失望，在抓捕行動的第二天，繳獲財物的總價值就已經突破百萬大關。第三天一馬當先的騎兵部隊在圣米格爾鎮一口氣連破三個西班牙富商家族，繳獲的財物足足用了十余輛馬車才運回馬尼拉城。在經過連夜清點之后，臨管會宣布騎兵營率先達成了行動之前定下的目標，得到了顏楚杰懸賞的十萬元獎金。當然了，羊毛出在羊身上，這筆獎金肯定也不會是顏楚杰私人掏腰包，而是從這次繳獲的財物里折價出來，由國防部先行墊付而已。
顏楚杰在對騎兵營作出嘉獎的同時，也宣布將從各部隊繳獲的錢財中按照比例給予獎勵，繳獲越多，提成的比例越大。金錢刺激的作用無疑是巨大的，幾支參與抓捕的部隊都是干勁十足，恨不得將巴石河以北的百里平原全都翻個底朝天，把所有活人都抓回馬尼拉城。
將領們自然是樂見其成，權當是讓麾下部隊多一個自己賺獎金的機會。不過西班牙人可就倒霉了，特別是那些為了躲避戰亂而早早逃出城去的權貴，稍加抵抗就成了槍下亡魂，反倒不如留在城中，只要不冒然出頭，頂多也就是被海漢軍抄家失了錢財，至少還能保個性命無虞。
而隨著西班牙人的失勢，本地的漢人勢力開始重新抬頭。原本生活在這里的漢人只是屬于外來移民，由于人口有限，地位甚至比本地土著還低一等。不過海漢軍拿下馬尼拉之后，很多本地漢人的心思也開始活泛起來，他們大多沒有國籍的牽絆，也談不上對西班牙殖民政府或是千里外的大明有多少效忠之心，但既然接管馬尼拉的新主人是一個漢人背景的國家，那今后這地方由漢人翻身做主人也就成了板上釘釘的事。