奴隸的身份轉化問題，在這個時代幾乎不可避免，馬尼拉地區也同樣有大量來自東非、西亞、南亞等地的奴隸人口。據總督府里查抄出來的檔案記錄，目前至少有超過兩千八百名登記在冊的奴隸生活在馬尼拉灣周邊地區，而實際數字肯定還在此之上，因為按照過去西班牙殖民政府對奴隸的管理制度，這些通過官方渠道進入本地市場販售的奴隸，奴隸主都已向馬尼拉當局繳納過稅金。而為了省下這筆錢，不少奴隸主也會設法偷偷走私人口入境，“黑戶”的存在這里也是很普遍的現象。
在西班牙統治時期，奴隸脫籍得到自由身可以說是概率非常小的事件，一般來說他們都不得不以下等仆從或者苦力勞工的身份為主人服務到自己進墳墓的那一天，只有極少數的幸運兒能夠得到上天的眷顧。
海漢接管這里之后，一部分奴隸的主人已經在戰爭中死去，這些奴隸也就得以自動脫離了奴籍，成為戰后的首批自由民。當然這種自由也只是相對而言，在海漢管理之下的馬尼拉地區，可不是誰都能想來就來想走就走。即便是自由民，也還是需要在海漢民政部門重新登記身份，今后想要獲得海漢籍，就少不了得有官方收錄的個人基本資料。
海漢官方對于人口貿易的態度一向比較曖昧，不公開支持但也不會明確反對，對于西班牙人引入到馬尼拉地區的奴隸人口，海漢當然是照單全收。不過這數以千計的奴隸要分門別類，核對資料，重新登記造冊，對邱元主管的民政部門來說也是一個挺麻煩的工作。
對于沒有主動與海漢軍進行武力對抗的本地人，包括西班牙移民在內，海漢原則上還是承認其財產所有權。而這些奴隸，按照現行的法律來說，也是私人財產的一部分。但本地民眾大多對新統治者的管理措施抱有疑慮，再加上有語言文化的隔閡，對馬尼拉地區的人口統計工作進行得十分緩慢。邱元也不得不先參照西班牙殖民者所留下的資料，來修訂自己的施政措施。
按照邱元的構想，接手馬尼拉地區的行政工作之后，有兩項必須要抓緊時間進行的工作，一是完成對本地人口狀況的調查和登記，二是盡快組織人手恢復社會生產。制造更多的就業機會，讓民眾不需要去考慮改朝換代對自己生活帶來的負面影響，是邱元最主要的施政方針之一。
海漢在過去數年中使用或硬或軟的手段從各國奪取了不少土地，也多次組織過戰后的社會秩序恢復工作，自有一套比較成熟的操作方案。邱元帶來的人手不多，便從本地臨時選拔了一批漢人負責具體的民政事務，一邊培訓一邊帶著他們實習操作，雖然仍是有些磕磕絆絆，但總算是要勝過了軍方的外行。
馬尼拉本地的產業以商貿、糧食、香料為主，但西班牙人的農業科技水平與海漢相比差距極大，以前的殖民政府對農業開發又沒有一個科學的長期規劃，因此本地的農業仍然是很粗放的經營模式，農產品品種較為單一，也缺乏對其進行深加工的設施。但即便如此，農業仍是本地的重要支柱產業之一，根據西班牙人的統計資料，本地的農業人口約莫占了總人口的七成左右。
海漢農業部的高官們參考了后世這一地區的開發經驗，準備在馬尼拉附近的平原地區大量引種咖啡樹、煙草、甘蔗、油棕等經濟作物，并建立起農業深加工產業鏈，以提升本地農產品的經濟價值。而由民政機構從本地通過調查統計清理出來這些背景比較干凈的民眾，包括那些已經擁有了自由身的奴隸，大多會在接下來的幾年中被投入到農業開發中充當勞動力。