福建水師的大部隊抵達朱家尖島之后進行了整整七天的休整。之所以在朱家尖島逗留這么長的時間，主要還是在等朝鮮這邊的北路軍到位。由于西歸浦港的條件有限，倉促之間也很難變成合格的軍事基地，為即將出征的北方艦隊和特戰團后勤服務，因此錢天敦不得不發動人手先對西歸浦的港口設施做了一些臨時改建，以滿足作戰需要。
這樣一來，出兵的日期就只能往后推遲了。不過將領們也抓住這難得的緩沖時間，進一步完善行動計劃，讓手下的部隊能針對接下來的作戰進行準備。唯一比較麻煩的是南北兩路人馬無法進行及時交流，只能通過每天的電報聯系來進行溝通，其效率也就可想而知了，好在時間比較充分，幾天下來也對行動的大致方案達成了一致。
因為西歸浦地方上的原因所耽擱的時間，多少是在海漢的預計之外，雖然作戰計劃并未因此作出大的改動，但卻給對手也留出了更多的備戰時間。在此期間北方艦隊從西歸浦派出了第二波偵察船隊，但目標區域主要是五島列島海域，也沒有再冒險派人登陸偵察，因此并未獲知平戶藩所發生的權力更替。
時間來到五月初，南北兩路人馬都已經準備停當，于是聯軍便按照約定的時間開始行動。而這次針對平戶藩所展開的軍事行動，在福建方面的建議之下被命名為“除根”，意指行動目標是要消滅藏身于平戶藩的十八芝余黨。
南路的東海艦隊因為定海港距離目的地較遠，所以先行出發，而藏身于朱家尖島東岸的福建水師也在同一天出發，兩支艦隊在舟山島東北方向的海上會合之后，以混編隊形緩緩駛往日本方向。
在這支聯軍艦隊當中，倒是遠道而來的福建水師占了大頭，足足一百多艘大小帆船，比起東海艦隊出動的船只數量多了足足兩倍。不過要論戰船的平均噸位，那還是海漢大大領先，特別是兩艘排水量接近兩千噸的威嚴級戰艦，碩大的船體在這支混編艦隊中更是十分搶眼。
許心素這幾年嘗試過好幾次向海漢求購威嚴級戰艦，他也知道要買新的不太現實，所以主動提出購買有一定服役年限的船，但均被海漢以現役威嚴級戰艦尚不足以滿足海軍需求為由婉拒了。海漢甚至都沒有進一步商談價格的表示，這明顯就是在向許心素指出，威嚴級戰艦目前仍是未被納入外銷名錄的非賣品。
當然了，有這種打算其實也不止許心素一家，安南國也向海漢執委會提過同樣的要求，試圖要購買一艘威嚴級戰艦來作為安南艦隊的旗艦，但同樣也未能達成目的。
海漢拒絕這兩方的求購要求并不只是考慮到先進造船技術外泄的風險，的確有大部分原因是因為威嚴級的建造進度跟不上海漢對外擴張的速度，自用都尚且不夠，當然不會考慮外銷了。
不過據說國防部和造船機構已經在研究威嚴級的改進型號，這些盟友想要購買，或許還得等到威嚴級的新型號入列服役之后，舊型號才會被納入到外銷名錄當中。而且外銷的威嚴級戰艦肯定會有所削弱，比如船上的蒸汽系統就不會保留下來，必定會在移交之前全部拆除，只交給買家一個純風帆動力的版本。
而就已知的資料來看，日本方面沒有任何一種戰船能夠與威嚴級戰艦進行正面抗衡，就連平戶當地正在趕工建造的中式戰船，其噸位也僅有威嚴級的五分之一左右，艦載火力強度更是不可同日而語。
但為了求穩，這次行動中兩支艦隊總共出動了三艘威嚴級戰艦，光這三艘戰艦所代表的戰斗力，其實就足以擊敗這個時代東亞地區的大多數武裝艦隊了。海漢調動這么強的戰力參戰，也是為了能在交戰中穩穩拿下平戶藩的水軍，同時防備九州方向有其他武裝力量支援平戶。
且不說規模龐大的南路人馬，在西歸浦港集結的北方艦隊出動船只要比南邊的聯軍艦隊少得多，也依然是讓當地的港口一度陷入了癱瘓。北方艦隊比聯軍艦隊晚兩天出發，而兩支艦隊的會合地點便是第一個攻擊目標，位于五島列島南端的福江島。
前期北方艦隊的袁峙來這邊偵察的時候，已經發現了一處隱匿在海灣中的造船廠和港口，通過這個跡象可以確認島上必定有一定數量的十八芝余黨人員活動。而按照作戰計劃，對于這處秘密據點的攻擊行動，將會由福建明軍負責實施。