東方人對上帝不感興趣，卻對西方的地理、天文、集合感興趣，當時中國沒有棱鏡和玻璃，湯若望拿了塊棱鏡折射出七色光，被人們以為那是女媧石爭搶著要。
除了這些外，還有一個讓皇帝感興趣的科學技術是歷法。在利瑪竇去世之前原來的歷官推算日食失敗，已經有人建議將欽天監交給傳教士了，不僅如此，傳教士們還有了一批堅定的保護者。
羅瑪改成了羅馬，自由傳教的特權也取消了，湯若望、羅雅谷等人制定的《崇禎歷》即便已經制定好了，卻到了明王朝亡國都沒有啟用，倒是改了個名字被多爾袞通過了。
在清軍占領北京期間，永歷皇帝的太后王氏忽然想起來一件事，她當時已經皈依了天主教，在她的帶領下永歷帝的生母和妃子也入了教，如果不是因為永歷帝妻妾太多不符合入教條件，他也許也入教了。
正在大明王朝風雨飄搖的時候，王太后寫了兩封信，一封信給了羅馬教皇英諾森十世，另一封給了耶穌會的會長，但她不是找教皇派兵，而是希望他們替大明祈禱，保佑江山穩固。
求神拜佛要是有用，還要什么醫生，大家都跪在神的面前祈禱就會不藥自愈，喝什么藥、做什么手術呢？
正是因為行不通，黑死病才會死那么多人。不過就算王太后寫了信讓教皇派兵也是枉然，這不是“十字軍東征”，教皇很難短時間征召起來那么多士兵，還有糧草和軍費，好像教皇當時除了祈禱外也沒有別的事可以做了。
那么龐大的帝國衰亡的陣勢可謂天崩地裂，少部分傳教士卷入其中，但大多數都活了下來，開始為新的統治者服務。
和明末相比，清朝初年的皇帝給了傳教士們更多自由，于是明清更替成了唯一一次有西方記錄的封建王朝更替。
和其他封建王朝不同，明朝有兩個統治集團，一個在北方，一個在南京，在南京任職絕大多數都是虛職，只是掛個頭銜領俸祿。
然而當北方的政權瓦解，“南明”又建立了起來，當時有一個漢名衛匡國的傳教士在南明隆武帝的允許下居住在溫州，當那里被清軍占領時，他在門口貼了一張紅紙，用漢字寫著：此屋系歐羅巴人居住。
他把精美的書籍、光學儀器、數學儀器都擺在顯眼的位置，還把救世主的像放在了祭壇上，這招很管用，不論是平民還是清軍將領都不騷擾這個傳教士，等稍微太平點了，清軍將領還問他愿不愿意剃頭。
衛匡國當即表示愿意，于是將領親自給他剃頭了，留著清人的發型再穿明朝人的衣服就很怪異了，將軍送了他一身衣服，他也穿了，在設宴招待了他之后，這位將軍還把他送到了更加安全的大城市杭州。
再有一個廣州的傳教士曾德昭，士兵破城的時候把他綁起來，逼迫他把財產交出來。隔了幾天來了個大官，他不僅放了曾德昭，還給了他圣經和祈禱書，又施舍了大量的金錢，把教堂也還給了他。
這人名叫尚可喜，是孫元化的手下，后來被封為平南王，與平西王吳三桂平起平坐。他原本也是明朝將領，而孫元化是一個基督徒，他對西洋科技和火炮軍事戰術很感興趣。
就連張獻忠統治的四川，也有傳教士擔任大西國的天文學家。
在“康乾盛世”期間，傳教士們的好日子再次到來，那段時間欽天監分成了兩部分，一部分是天文歷法的，這是湯若望等外國傳教士掌握，另一部分則是“命理”，推算國運的，這一部分由中國人負責，對他們來說，馬可波羅筆下處處是黃金的時代來臨了。
有一個法國人，他并不是從小立志當傳教士，只是那個時代讀書都要去教會學校。他早年在里昂學習繪畫，后來到羅馬留學，乾隆三年成了宮廷內供奉，取了個漢語名字叫王致誠。