1777年，葡萄牙的瑪麗亞一世女王繼位，名義上她和丈夫佩德羅三世共治，實際上佩德羅從來不理朝政，只是關心打獵和宗教事務。
當時正值美國獨立期間，在這場戰爭中西班牙、法國、英國及荷蘭都卷入了，而葡萄牙與巴西的貿易正處于活躍期，于是在1776年蓬巴爾侯爵建議國王簽署了一項法令，禁止所有的葡萄牙港口對北美的船只開放，并將這些船只視為海盜，理由是“因為這樣惡例會引誘一些封臣反叛他們的自然領主”。
繼位后的瑪麗亞一世女王繼續執行蓬巴爾的這一政策，使得葡萄牙處于“中立”，而當時由于戰爭，美國切斷了與英國大西洋貿易，這有利于葡萄牙這樣的中立國作為英國商品的供應國銷售。在此期間葡萄牙的紅酒出口量也大量增加，英國貨進口量卻少了，這段時間葡萄牙與英國的貿易第一次出現順差。
從1757年到1777年，約有25000名奴隸從葡屬幾內亞運往帕拉和馬拉尼昂，為了幫助巴西和葡萄牙定居者，葡萄牙政府還為他們提供貸款，并將利息從5%下降到3%，最后完全取消，奴隸出售的價格是按照他們在非洲西海岸出售的價格再加上一點點運輸費制定的。這段時間巴西的可可豆在數量上成倍增長，還有棉花、稻米、獸皮。
自里斯本大地震后，包括國王在內都住在木結構的住宅里，后來這木屋還被燒毀了，多虧了這段時間貿易的增加，王室才能在木建筑的原址上重新修巴洛克-洛可可風格的宮殿，然而工程進行到一半，又因為財政緊張和國內運動打斷了工程。
不過傷害最大的還是由呂西安和戈多伊率領的“橘子戰爭”，工程不得不中途停止。自法國爆發大革命之后葡萄牙的警察總監馬涅克就一直企圖阻止有關大革命的報紙和書籍在葡萄牙流傳，葡萄牙的外交官認為必須與西班牙、英國聯手對付法國。
那時葡萄牙女王瑪麗亞一世的身體和精神狀態就不怎么好了，1782年蓬巴爾侯爵去事，蓬巴爾的政敵就開始叫囂著要對蓬巴爾一派的人動手，瑪麗亞一世對此進行了鎮壓。
曾經有一些波爾圖市民，在喝醉了之后上街鬧事，反對上杜羅河農業和葡萄酒總公司，因為該公司壟斷了波爾圖所有的酒店，還關閉了許多小酒館。這些人后來都被鎮壓了，13名男人和1名女人在絞死后示眾，10名婦女和46名男人被流放，另外還有大批人被送到大帆船上去服苦役。
由于蓬巴爾的政策誕生了一些新貴族，瑪麗亞一世鎮壓的卻是舊貴族。這些得益于蓬巴爾侯爵的壟斷公司的另一個特權是可以對葡萄牙殖民地的一些特定的產品征稅，由此保證了王室可以在特定的時間里獲得固定的稅收。
總之瑪麗亞一世對鎮壓舊貴族保有極度的不安與愧疚，又加上她的丈夫1786年去世，因為悲痛她的精神更不穩定，再加上歐洲動蕩不安的局勢讓她心力交瘁，于是1792年她的憂郁癥變為瘋癲，有時甚至清醒有時糊涂，無人敢設想她能繼續執政，她的長子若奧已經成為實際的統治者。
路易十六被押送上了斷頭臺，這一年法國派了一名使節來葡萄牙，試圖勸說葡萄牙保持中立，但是他一到邊境就被驅逐了，緊接著葡萄牙與英國、西班牙的談判完成，若奧王子與西班牙和英國訂立了新的同盟條約。
可是戰爭并不順利，1795年西班牙背著葡萄牙和英國，與法國簽訂了和平條約，這樣法國就轉而對付英國與葡萄牙之間的聯盟。戈多伊要求與若奧王子結盟，而若奧王子認為葡萄牙失去了很多軍備，需要英國這個盟友，并沒有答應不允許英國的船只不能再葡萄牙的港口停泊的要求。
接著西班牙向英國宣戰，葡萄牙派人去巴黎展開談判，試圖保持中立，而法國提出的要求是割讓巴西的部分土地，以及賠款換取和平，1797年情人節那天，葡萄牙的一名間諜幫著英國海軍在圣文森特角外擊潰了法國艦隊，4月份法國就驅逐了葡萄牙使節，并強迫西班牙入侵葡萄牙。
那時的國際形勢對葡萄牙非常不利，出路只有兩條，要么納入法國，要么與英國結盟，不論哪一條都會破壞葡萄牙的獨立。
1801年拿破侖讓馬德里發出最后通牒，要求葡萄牙在英國和法國之間作出最后的選擇，但是葡萄牙保持沉默，4月份法軍進攻葡萄牙，一直認為解決葡萄牙問題唯一的辦法是出兵占領葡萄牙的戈多伊率領五個縱隊支援，然后葡萄牙與西班牙簽訂了《巴達霍斯條約》，與法國簽訂了《馬德里條約》割讓巴西北部的領土給法國，支付2500萬法郎賠款，又割讓了奧利維薩城給西班牙，卻并沒有對英國艦隊關閉所有的港口。
當西班牙堵著密西西比河，不讓英國船只隨意出入的時候，在加勒比海及南美游弋的英國艦隊也想以牙還牙。不過戰時對中立國船只的“捕撈”是以運送敵貨為借口，現在和平了，這個借口不好使，但有人想出了一個辦法，那就是“解放奴隸”。
也有可能最早這么干的是一個廢奴主義者，不論如何有二十艘從美國滿載著煙草回歐洲的西班牙“運奴船”被這么“捕撈”了，接著在利物浦裝船的奴隸變少，但葡萄牙并沒有取代英國往北美洲販運奴隸。
葡萄牙依舊想要保持“中立”，生怕輕舉妄動又引來西班牙入侵，葡萄牙國內還有很多“親法派”，他們認同法國大革命的價值觀。由于擔心這些人會在法軍和西班牙人的逼近時作出和巴黎類似的舉動，當王室撤退時，瑪麗亞女王迷迷糊糊的，還在問為什么要離開。