當運河岸邊的工程營亂子剛起的時候，黃明遠便已經發現了騷亂的情況。只是此事實在出乎黃明遠的意料，這場動亂出現的時間要比黃明遠想象的早。畢竟工程營的役夫還遠沒到山窮水盡的地步，不大可能冒著殺頭的危險去作亂。而且現在天子在泗州，平叛的軍隊也在泗州。
不過事情已經發生了，不管什么原因，容不得黃明遠再有什么顧慮，當下最重要的事情便是平叛。
黃明遠一邊命人前往楊廣的龍舟上報叛亂情況，一面命人將他的座駕往岸邊靠。此時運河北岸一片混亂，而朝廷的指揮中樞在運河之上，通信不便，勢必要移師上岸。
黃明遠又令人在座駕之上懸掛帥旗，號令三軍。
此時楊廣也接到了侍衛的奏報，并派人授權黃明遠前往北岸平叛。望著運河北岸工程營處撲天的大火，楊廣的眼中止不住的憤怒。這些叛逆存心給他上眼藥，要讓他不痛快。爾等叛逆讓朕不痛快一時，朕便讓爾等不痛快一世。
黃明遠靠近運河北岸，直奔運河北岸的右領軍府。時右領軍府主將為黃明遠的舊部麥鐵杖，其在平楊諒之亂后以功晉右領軍府將軍。
楊廣南下之時，人數眾多，還未完工的運河并不能承載這么大的人流，因此楊廣以左右領軍府在運河北岸，左右領左右府在運河南岸，與天子并行護衛。此時北岸的戍軍正是左右領軍府。
工程營的役夫雖然叛亂聲勢很大，但也就是在工程營內鬧騰，并沒有影響到岸邊的軍隊。
眾人眼看工程營鬧騰勢大，不敢擅專，這才使得叛亂沒有在第一時間被平定。
黃明遠到達右領軍府軍營之后，右領軍府軍營內部也出現了混亂。原來軍中忽有謀反者起事騷動，在夜間，驚亂起火，因而全軍盡受其擾。
黃明遠身邊一同宣旨的虞世基以為右領軍府協同工程營役夫叛亂，難以信任，因此勸黃明遠暫避鋒芒。
黃明遠眼看北面的叛亂越鬧越大，若是右領軍府大營一樣亂了，光靠左領軍府大營根本壓制不住。
這些役夫雖然沒有全部叛亂，但礙不住對方的裹挾。一旦讓對方成勢，便是百萬役夫同亂，到時候怕是整個泗州都要完了。
黃明遠心中清楚，這個時候，絕不能亂。
黃明遠對虞世基說道：“雖然不知道右領軍府為什么生亂，但這一定不會是全營盡反，若是此時把右領軍府兵當做生亂的隊伍，則是將其推到了對力面上。我想今日的叛亂必是有組織的預謀，而右領軍府的生亂也是潛藏其中的奸人故意生事，想藉此騷動去惑亂眾人而已。”
黃明遠乃令虞世基將圣旨交給自己，而其前往河南岸的左領左右府調兵，命其前往北岸平叛。
而黃明遠帶人闖入右領軍府軍營，直奔帥帳，這時麥鐵杖正在調兵平亂。
黃明遠接過指揮權，下令軍中士兵只要不是謀反者就在原地安坐勿動，黃明遠自守立于陣中，又令麥鐵杖扛著他的帥旗帶領親兵數十人，清繳軍中叛亂。很快麥鐵杖便將生亂的士兵一一消滅，并擒獲了制造動亂的首領，徹底挫敗了謀反。
黃明遠顧不上審問，便將這些匪徒全部交給陸貞，令其徹查。