十月四日，萬安堂余孽謝異、王褒、顧子元等人在吳州昆山（治所在今上海市青浦區東南）殺死縣令，扯旗造反。
吳州刺史劉權忙調集兵馬鎮壓昆山的叛亂，但此時江南士庶被于士澄的暴虐所激起的憤怒早就填滿胸膛。這時有人帶頭，江南豪強一呼百應，紛紛舉旗反隋，聲勢浩大。再加上萬安堂余孽的鼓動，整個江南立刻亂了起來。這些反隋武裝“執縣令，或抽其腸，或臠其肉食之，”手段殘忍，影響惡劣，嚴重動搖了大隋政府在江南的統治基礎。
到了這個時候，別說再繼續清洗了，若是不能鎮壓叛亂，江南怕是要亂了。這場動亂實際上是一場無妄之災，若不是地方官員為了政績為凌虐百姓，也不會引發這么大的騷亂。
楊廣聽聞消息之后大怒，立刻命各地清剿匪患，安定地方。
為了徹底鎮壓各處盜匪，楊廣以黃明遠為吳州道行軍大總管，江南安撫大使，率領禁軍和淮南府兵征討江南叛逆。楊廣授予了黃明遠便宜行事的權利，江南四品以下官員可任由黃明遠處置。而實際上整個江南也沒有幾人是四品以上的官吏，黃明遠事實上成了江南官員的太上皇。
臨別之際，楊廣拉著黃明遠的手說道：“江南之地，本就人心不附，此次賊亂，正是徹底清理這些叛逆的好機會。卿切記要將叛逆攘除干凈，勿使江南再次為亂。”
楊廣性格有時候的確太剛了，難道不知道若是如你這般，這仇恨便要深重，江南人心更不附了。楊廣做的很多事情再后人看來都得不償失，不是他沒有理智，而是他覺得不必在乎。
黃明遠當然不會像楊廣要求的這樣。雖然到了吳州之后，一陣大殺四方，也能很順利地平定叛亂，到時候賺得一堆封賞更是易事，但為天下計，解決問題不是這么做的。
雖然平亂之事很急迫，黃明遠仍前往大理寺和刑部，將各處謀反案的卷宗都帶上了。大理丞張元濟這一次將自己對這些案件的審核全部交給黃明遠，看著這一件件觸目驚心的案子，黃明遠也不禁皺眉。這于士澄真是找死，若不是知道于士澄乃是天子的心腹，甚至黃明遠都覺得于士澄在故意制造混亂。
十月十五日，黃明遠帶領六千禁軍和揚州本地官軍萬余人從江都港渡河，直撲大江以南的延陵（即京口，今江蘇省鎮江市）。
延陵為江南之要隘，控南扼北，為兵家必爭之地。
此時不過半個月的時間，吳州的動亂已經蔓延到延陵等地。雖然延陵城并未被叛軍所攻占，但延陵各地，大批暴民肆虐，官府在此的統治不復存在。
黃明遠命右領軍將軍麥鐵杖率領步騎三千直奔延陵城，沿途暴民，盡皆擊潰之。
等到麥鐵杖率軍到了延陵城下，竟有數千暴民圍城。這些暴民雖然有一些大族私兵裹脅，但本身沒有組織。麥鐵杖一擊之下，便將其擊潰。賊軍四散潰逃，這時延陵之圍乃解。
解了延陵之圍，大軍才有了一個安全的前進基地，而江北的物資也能順利的運到大江以南。
黃明遠顧不得留在延陵安撫百姓，只留下左武侯大將軍郭衍率兵五千在延陵繼續安撫士庶，清理叛軍殘余，其余部隊繼續南下。
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