大隋新占三地，自是不能放棄。尤其是黃明遠數次上書，要移民實邊，編戶齊民，永葆其地。
三地之中，鄯善、且末各有王國，幾無漢人，而且還有突厥阿史那攝在此，因此大隋雖然名義占據，實際上能夠經營的只有伊吾。
若是要設立都護府，還稍有不妥，而且容易引起突厥和西域諸國的敵視，得不償失。最后黃明遠建議楊廣可在伊吾設置一個新的總管府，統挾西北軍事。等到時機成熟之后，再設置西域都護府。
楊廣深以為然。乃下令在伊吾國故地設伊吾郡，鄯善國地設鄯善郡，且末國地設且末郡。三郡之上，設西州總管府，治新伊吾城，統轄三郡軍事。
黃明遠又建議三郡之中，只有伊吾郡能發揮作用，實力稍弱，不能抵擋西突厥。不若將敦煌郡以歸西州總管府統轄，也能使其有穩定后方。
隋朝的玉門關是在現在甘肅省瓜州縣以東，因此敦煌郡三縣之中的敦煌、常樂（今甘肅瓜州縣東南鎖陽城）皆在關外，郡治更是在最西面，以敦煌郡屬西州，并無不妥。
楊廣乃從之。
西州總管府的官員自然以此次西征將領為主。黃明遼授正三品金紫光祿大夫，遷西州總管府總管，領伊吾郡太守。伊吾之地，也沒有什么民事，為了方便屯田，因此便以黃明遼兼之。
以李節授正四品正議大夫，為西州總管府長史；衛玄之子衛孝則為司馬。
王威授左虎賁郎將；高震授從三品銀青光祿大夫，為右虎賁郎將；尉遲恭、伏延旺榮分授從四品通議大夫，分任左、右虎牙郎將。
蔣允會授從五品朝散大夫，遷伊吾郡郡丞；
暴固授從四品通議大夫，遷伊吾郡郡尉；
蒙躍授從三品銀青光祿大夫，遷且末郡郡尉領郡事；
秦瓊授從四品通議大夫，遷鄯善郡郡尉領郡事；
二郡并無漢民，因此不設太守、郡丞，只以郡尉領之。
又命崔仁恕代為權敦煌郡太守；
黃明誠授從四品通議大夫，仍領郡尉事。
至此，整個西州之地，盡落入黃明遠的手中。
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