“建武九年，劉秀任命馬援為太中大夫，輔佐來歙率領諸將平定涼州。”
“兩年后，因來歙的舉薦，皇帝又任命馬援為隴西太守。”
“之后，馬援軍三千先是在臨洮縣大敗先零羌，斬殺數百人，繳獲馬、牛、羊萬余頭，投降者八千余人；”
“然后又與揚武將軍馬成對盤踞在浩亹河隘口的數萬羌人發起攻擊。”
“羌人帶著妻子、兒女、輜重車輛，轉移至允吾谷。”
“馬援軍從小道潛行上山，掩殺至羌人營寨，羌人只得向唐翼谷撤退。”
“馬援追至山腳下，指揮數百名騎兵繞到羌人背后，趁夜火攻，將士奮勇殺敵，斬首一千多人，羌人潰敗。”
“馬援考慮到漢軍兵力不足，不能窮追，便只收撿羌人遺留的糧食、牲畜后回軍。”
“作戰中，馬援被羌人射穿小腿，皇帝下詔慰勞，賞賜馬援牛羊數千頭，馬援將皇帝的賞賜全部分發給賓客們。”
白居易：馬援以金城郡的許多城池完好、堅固，易守難攻；
且土地肥沃，適宜灌溉為由上疏反對大臣們放棄該郡的建議。
認為如果這些地方被羌人占據，邊境將會禍患不斷。
劉秀贊成馬援的意見，詔令武威太守安排客居在武威的邊民返回金城。
先后遷回金城的邊民有三千余人，馬援安排他們返回原來居住的縣邑。
同時，馬援上奏朝廷，為這些縣邑派遣縣長、官吏，修繕城郭，建起小城堡，開挖溝渠，鼓勵耕作、放牧。
此后，金城的百姓安居樂業。馬援又采用和親政策讓塞外的羌人部落歸降。
之后，馬援還上疏朝廷，恢復了氐人的侯、王、君長各種封號，并由朝廷賜給印綬。
建武十三年，武都郡參狼羌部落與塞外羌人部落叛亂，馬援率軍四千前往鎮壓。
馬援軍占據有利地形，奪取羌人的水草地，采用困而不戰的方法擊敗羌人，迫使羌人數十萬戶出逃塞外。
羌人部落投降馬援者有一萬余人，于是隴西恢復了平靜。
馬援在治理隴西期間廣施恩信，善待屬下，按能力任命官吏，自己就只總攬大局。
馬援將瑣碎的行政事務安排給各級官員管理、處置，自己只管豪族大姓侵犯小民，奸猾的官吏徇私枉法之事。
在馬援任太守期間，當地被治理得局勢安定，沒有出現羌人反叛的事情。
馬援在擔任隴西太守六年后，被皇帝召回京師，拜為虎賁中郎將。
當初，馬援任隴西太守時，曾諫言皇帝重新鑄造五銖錢。此事因三府認為不宜施行便被擱置。
馬援回京任職后，針對奏章上十余條疑問逐一解釋，再次上書闡述理由。
終于在建武十六年，劉秀采納馬援的建議，下詔重新鑄造五銖錢，新錢得以流通，百姓都從這一措施的施行中獲益。
起初，卷縣人維汜自稱神仙，有弟子數百人，都因此而獲罪被殺。
后來，維汜的弟子李廣又聚集黨徒，于建武十七年，攻下晥城，殺死晥侯劉閔，自稱南岳大師。
皇帝派遣謁者張宗率軍數千人前往討伐，被李廣打敗。
九月，皇帝派馬援攻打李廣獲勝，斬殺李廣及其黨徒。
交阯郡女子征側與妹妹征貳于建武十六年造反，攻打郡城。
九真郡、日南郡、合浦郡的蠻夷起兵響應，占領了六十五座城池，征側自立為王。
朝廷便命令長沙、合浦、交阯等郡做好備戰工作。
建武十七年，劉秀拜馬援為伏波將軍，任命扶樂侯劉隆為副將，并總督樓船將軍段志的水師一并南下平定叛亂。