后因段志病逝，馬援又直接統領段志的水師。
之后，大軍沿著南海前進，于第二年春到達浪泊上游；
與叛軍接戰，大敗叛軍，斬首數千人，投降者萬余人。
馬援追擊征側至禁溪，多次大敗征側，叛軍分散逃走。
建武十九年正月，馬援誅殺征側、征貳，將首級傳送至洛陽；
因功受封新息侯，賜食邑三千戶。
之后，馬援率軍繼續征剿征側余黨都羊等人，斬殺擒獲五千余叛軍。
至此，二征叛亂完全平定。
二征叛亂平定后，馬援上奏朝廷，因西于縣。
“馬援進軍沿途經過的每個郡縣，都為當地修建城郭，挖掘灌溉水渠，做了許多有益于當地民眾的事情。”
“因當地越人法律與漢朝法律有十余處相沖突，馬援又逐條向朝廷上奏說明。”
“馬援還向當地越人解釋法律，加以約束。”
“從此以后，南嶺駱越人按照馬援說明的法律治理當地。”
“劉秀因馬援平叛有功，賜給馬援兵車一乘，朝見時的地位僅次于九卿。”
“馬援征討交阯得勝后回軍，于建武二十年九月抵達京師。”
“一個月后，匈奴、烏桓侵犯扶風。”
“馬援以三輔受到襲擾、先帝陵園受到威脅之由，奏請皇帝出兵，劉秀準奏。”
“同年十二月，馬援便又率軍出征。”
“但因烏桓軍懼怕馬援，見到馬援后隨即撤兵，此戰馬援無功而返。”
“建武二十四年，武威將軍劉尚攻打武陵郡五溪蠻夷，全軍覆沒。”
“時年六十二歲的馬援請命出征。劉秀因憐惜馬援年老，沒有準奏。”
“但馬援再次上奏請戰，并在劉秀面前展示自己老當益壯。”
“于是，劉秀批準馬援帶軍征伐五溪蠻夷。”
“第二年春，漢軍進抵臨湘，正好碰上五溪蠻夷攻打縣城。”
“馬援指揮漢軍迎戰，大敗賊寇，斬殺擒獲二千余人，其余都四散而逃，進入深山竹林。”
“之后，漢軍繼續進軍。”
“馬援認為從壺頭山進軍雖路途崎嶇，但路程短、耗時少，且能控制咽喉要道；”
“從充縣進軍雖路途平坦，但路程長，耗時又耗錢。”
“所以馬援率軍從壺頭山進軍。但因山高水急，蠻夷死守隘口；”
“又恰逢暑熱天氣，軍士得疫病死者眾多，馬援也身染重病，于是漢軍被困。”
“不久，馬援病逝于軍中，享年六十三歲。”
“馬援與梁松的父親梁統是故友，認為自己的輩分比梁松高，不必要因為梁松是駙馬，身份尊貴，而用平輩間的禮儀對待他。”
“梁松因此對馬援不滿。之后，梁松與越騎司馬杜保交往甚密。”
“因杜保被人指控行為不端而被牽連，梁松被劉秀問責。”
“劉秀用馬援給侄子寫信告誡他們不應該與杜保結交之事來斥責梁松。梁松因此對馬援更加不滿。”