南中郎典簽董元嗣當時正從建康返回五洲前線，將劉劭弒逆的消息告知劉駿。
劉駿遂謀劃起兵，準備討伐劉劭。
劉劭篡位后，因劉駿手握重兵，對其非常忌憚。
他密謀致信給沈慶之，讓沈慶之殺死劉駿，奪其兵權。
但沈慶之卻根本無意幫助劉劭。他求見劉駿，將劉劭的密信呈上。
劉駿誤以為沈慶之是要殺死自己，哭著請求在死前能與母親訣別。
沈慶之向劉駿表明心跡，表示是要輔順討逆。
劉駿連稱家國安危，在于將軍，讓沈慶之召集軍隊，進行軍事部署。
主簿顏竣得知劉駿欲舉兵討逆，認為此時起兵并非良機，建議先聯合四方藩鎮，結果遭到沈慶之的厲聲呵斥。
劉駿忙斥退顏竣，命沈慶之繼續安排起事。
“沈慶之整備軍隊，不到十天便將起事之事全部安排妥當，時人都認為是有神兵相助。”
“不久，劉駿率軍返回江州，順江東下，向建康進發。”
“沈慶之被任命為征虜將軍、武昌內史、南中郎司馬，亦隨大軍東討。”
“劉駿一路長驅直進，很快便逼近建康，并接受沈慶之、柳元景等諸將的勸進，于新亭稱帝，史稱宋孝武帝。”
“他大封功臣，以沈慶之為領軍將軍、散騎常侍。”
“不久，劉駿攻破建康，擒殺劉劭，討平劉劭之亂。”
“沈慶之因功改任使持節、都督南兗豫徐兗四州諸軍事、鎮軍將軍、南兗州刺史，出鎮盱眙。”
“并進封南昌縣公，食邑三千戶，后又移鎮廣陵。”
“孝建元年，荊州刺史南郡王劉義宣聯合江州刺史臧質、豫州刺史魯爽，起兵叛亂，同攻建康，朝野震動。”
“劉駿忙召沈慶之入朝，讓他率部屯駐武帳崗，守御京師六門。”
“當時，魯爽駐軍大峴。”
“左軍將軍薛安都渡江征討魯爽，卻因歷陽太守張幼緒怯戰，失利而回。”
“劉駿遂命沈慶之趕赴江北，統率諸軍總督戰事。”
“魯爽本欲與臧質會師，但卻一直沒有等到臧質，以致糧草匱乏。”
“他聽聞沈慶之北上督戰，決定退守根據地壽陽，遂拔營撤退。”
“薛安都率輕騎追擊，最終在小峴將魯爽斬殺。”
“不久，沈慶之督軍攻取壽陽，討滅江北叛軍。”
“因功進拜鎮北大將軍、都督青冀幽三州諸軍事，并獲賜鼓吹一部。”
“劉義宣此時已與臧質聯軍東進，攻至鵲頭。”
“沈慶之將魯爽首級送到劉義宣軍中，極大地打擊了叛軍的士氣。”
“就在當年的六月，劉義宣、臧質兵敗于梁山洲，相繼被殺。聲勢浩大的劉義宣叛亂至此徹底平定。”
“劉駿論功行賞，加授沈慶之為開府儀同三司。”
“沈慶之上疏力辭，又被改封為始興郡公。””
“孝建二年，沈慶之以年滿七十為由，上表請求致仕。”
“劉駿改授沈慶之為侍中、左光祿大夫、開府儀同三司。”
“但沈慶之不肯接受任命，前后數十次上表推辭，都被劉駿拒絕。”