“最終于同治十二年九月攻下回民起義軍最后一個據點肅州城，白彥虎帶領回民起義軍殘部退往新疆。”
“左宗棠因平定回民起義有功，而被授以協辦大學士，次年又晉升東閣大學士。”
“同治六年，中亞浩罕汗國軍官阿古柏聯合地方分裂勢力占領新疆南部。”
“并在之后占領烏魯木齊與伊犁，大有吞并全疆之勢。”
“陜甘回族起義軍殘部白彥虎等人又逃亡新疆與阿古柏合流，共同反清。”
“而沙俄又以“幫助中國收復領土”的幌子，侵占伊犁。”
“清廷官僚對于新疆的態度分為塞防，海防兩派。”
“左宗棠則認為，塞防海防皆不能放棄。他”
“向清廷陳述了新疆對清政府存亡的厲害關系，并指出，如果失去新疆，則隴右、蒙古等地皆會受到威脅。”
蘇軾：光緒元年清廷授左宗棠以欽差大臣，并督辦新疆軍務
左宗棠為收復新疆制定了先北后南的策略。
先進攻烏魯木齊、伊犁等地，然后直搗南疆阿古柏的老巢。
為準備西征新疆，左宗棠積極籌辦糧草物資。
而清廷還拖欠西北軍費2100余萬，對于左宗棠西征新疆僅撥款500萬兩。
左宗棠不得不四處借款，左宗棠寫信令胡雪巖籌辦軍費。
胡雪巖先后從外國借款1800余萬兩白銀。左宗棠又命手下在哈密興修水利，開墾農田，并四處借糧。
經過一年的籌備后，光緒二年4月左宗棠親臨肅州開始指揮收復新疆的戰役。
左宗棠命金順、劉錦棠等將領從肅州出發，一路攻向古城，一路攻向吐魯番。
率將士奮戰，連克數城，并于10月會師烏魯木齊。
到10月16日清軍順利收復烏魯木齊，北疆大部分土地也重新為清廷所得。
但此時，英國突然居中“調停”，想要阻止左宗棠收復新疆。
左宗棠據理力爭，指明英國調停的真實目的，并進一步闡明收復新疆的利害關系。
英國借“調停”阻止左宗棠收復新疆的企圖宣告失敗。
左宗棠擺脫了英國人的干涉后，開始了收復南疆的計劃。
光緒三年三月左宗棠兵分三路進攻阿古柏布防的重鎮達坂城、吐魯番和托克遜，在不到半月的時間內連克三城，殲滅阿古柏軍隊一萬余人，擊潰了阿古柏在南疆的防守重鎮。
在清軍凌厲的攻勢下，阿古柏政權內部發生內訌，阿古柏自殺，阿古柏集團分崩離析。
此時左宗棠收復全疆幾乎已成定局，但英國又來“調停”，要求清朝允許阿古柏政權保留喀什葛爾數城，使阿古柏政權以此立國。
光緒三年八月，左宗棠命劉錦棠兵分兩路，在不到兩個月的時間內，收復了新疆除伊犁地區的所有土地，阿古柏殘余勢力逃亡沙俄。
左宗棠在收復新疆的過程中多次建議清廷在新疆設省，以加強對新疆的控制。
但此時沙俄仍占領伊犁地區，阿古柏政權的覆滅使沙俄繼續占據伊犁的借口不復存在。
但沙俄仍然占據伊犁，不愿放手。清廷不得已，派崇厚與俄國談判。</p>