正德元年八月，閣臣劉健、謝遷、李東陽疏諫武宗誅殺內侍馬永等人，勸導武宗理政，武宗不聽。吏部尚書韓文率群臣“伏闕”哭諫，武宗借故廷杖“伏闕”諸臣。劉健、謝遷乞休，武宗不留，又“以事革韓文職，而杖責請留健、遷者給事中呂翀、劉菃及南京給事中戴銑等六人，御史薄彥徽等十五人”。
在這種情況下，李東陽雖亦疏言乞休，但武宗不允，遂留任為首輔。武宗去世后，世宗由外藩繼位，世宗欲尊生父興獻王為皇考，改稱孝宗為皇伯考，以閣臣楊廷和、毛紀、蔣冕等人為首的在朝大多數官員認為，此舉變亂帝王統系，于禮不合，一再上疏反對，世宗不聽。
嘉靖三年七月十五日，群臣“相率詣左順門跪伏，或大呼太祖高皇帝或呼孝宗皇帝，聲徹于內及午，上命錄諸臣姓名，執為首者學士豐熙、給事中張翀、御史余翱、郎中余寬、黃侍顯、陶滋、相世芳、寺正毌德純，凡八人下詔獄。
于是修撰楊慎、檢討王元正乃撼門大哭，一時群臣皆哭，聲震闕庭。上大怒，命逮五品以下員外郎馬理等一百三十四人悉下詔獄拷訊，四品以上及司務等官姑令待罪”。
“大禮議”局勢焦灼，楊廷和、毛紀、蔣冕先后因爭大禮去位，費宏繼任為首輔。
而原歷史上的萬歷中期，朝野諸臣連疏請求神宗早定“國本”，冊立皇長子朱常洛為皇太子。在當時，“力請者鱗次，四海之所傾心也”。朱翊鈞則強勢打壓群臣，“言官勸請豫教，蓋被降罰，省闇幾空”。
王錫爵也早在萬歷十九年疏諫朱翊鈞，要求早立皇長子為太子。朱翊鈞也是不聽，王錫爵遂以省親為名離京。
萬歷二十年，禮科給事中李獻可疏言“國本”之事，朱翊鈞降獻可外任，時任內閣首輔的王家屏也十分硬氣，封還御批以救言官，并以去位明志，朱翊鈞不留。繼而王錫爵被召還，繼任為首輔。
由此刻見有明一朝君臣沖突的激烈情狀，在當時，許多官員以終結仕途作為其堅持政治主張的代價。
劉健、謝遷言“乞休”，即被允退。僅嘉靖三年數月間，楊廷和、毛紀、蔣冕三任首輔先后因與世宗爭“大禮”去位，吏部尚書喬宇、楊旦、禮部尚書汪俊亦致仕回籍。
萬歷朝幾任閣臣，如王家屏等，皆因“國本”一事忤君，疏言求去，朱翊鈞也不留。由此高務實看出來，士大夫群體積極抗爭，的確給皇帝施加了巨大的政治壓力，但在這個過程中，君臣關系亦不免趨向惡化。
楊廷和當年便曾說過“比議大禮，則以魚水之投，而為水炭之隔。”
君臣沖突初起時，閣臣身處中樞，位近于百官首領，他們難于置身事外，事實上，劉健、楊廷和等人引導了當時群臣對皇帝的抗爭之舉。
而出現因沖突導致君臣關系緊張的局面時，閣臣亦難于置身事外，他們勢必要做出政治抉擇，是持續性的以直抗君還是委曲從君