所以，當萬歷十一年努爾哈赤起兵后，頗以難覓知音為苦，政治上的盟友一經人以明廷的是非相開導，馬上就是“遂背約不赴”。
尤為“不幸”的是，努爾哈赤早期唯一的主要支持者、妹夫噶哈善，也為族人所殺。當努爾哈赤欲集眾收其骸骨時，諸族昆弟竟“無一人往”，努爾哈赤成了“諸族皆仇”、眾叛親離的孤家寡人。這種四面楚歌的處境，真實地反映了人心的向背，這是問題的第一個方面。
第二個方面，明朝承襲元朝在東北的統治后，在中樞與地方少民的統屬關系方面，采取了“給與印信，自相統屬，打圍放牧，各安生業，經商買賣，從便往來”的政策。
這種以各部酋長統攝其族的措施，一方面能使諸部自相統屬，主持本部事務、發展本部經濟，收到“打圍放牧，各安生業”的實效；另一方面卻形成了“每村每寨為主，每族為長”的無數大大小小的分散于各地的地方勢力集團。
這些集團通過獲得明廷的敕書，享有各自獨立的政治經濟權益，于是政治經濟上的特殊利益又將他們與明朝的統治緊密地連結起來，因此任何改變這種現狀的努力，勢必遭到激烈的反抗。
在原歷史上，史學界通常認為萬歷十六年的努爾哈赤已經完成了建州女真本部的統一，但從明實錄有關建州女真各衛朝貢的記載情況看，其內部反對努爾哈赤的斗爭并未結束。
反對者以朝貢為紐帶，繼續加強與明廷的政治聯系，試圖憑借明廷的力量堅持與努爾哈赤抗衡。從萬歷十七年起至萬歷二十三年，明確記載建州左右衛都督和都指揮進京朝貢的達四起之多。
更重要的是來自朝鮮的記載，申忠一在萬歷二十四年正月的書啟中，在談到建州女真的內部局勢時，引用馬臣的話說“凡衛三十，而投屬者二十余衛”。可見截止萬歷二十三年末，努爾哈赤尚未完全控制建州女真本部。
這就充分說明了明廷在建州女真中的政治影響是根深蒂固的。各衛首領與明朝統治者的根本利害的一致性，決定了反兼并戰爭的長期性、激烈性、復雜性。這種有形和無形的力量，支配著人們的心理，左右人心的向背，就連投奔努爾哈赤的人，也不得不付出重大的代價。
史載，萬歷十六年雅爾古部長息拉瑚來歸時就先干了一件事“殺兄弟族長”。而同年何和理率眾來歸時，其前妻也“掃境而出，欲與之戰”。其斗爭之激烈，是利益沖突的集中表現，也反映了是非去從的根本對立。這就是努爾哈赤起兵之初，政治上處于十分孤立的原因所在，這也是女真內部擁明派的政治基礎。
第三點則是由于女真各部經濟發展的不平衡，所以任何通過武力的兼并，必然遇到武力的反抗。十六世紀末，女真各部經濟發展很不平衡，在靠近先進的遼東地區，有些部落已出現了新的生產關系，但大多數部落仍然停留在氏族公社階段，使即先進的部落也依然頑強地保留著氏族制的殘余。
什么是氏族制的殘余呢例如萬歷十二年，當努爾哈赤第一次欲乘機吞并董鄂部時，諸將以“兵不可輕入他人之境”相諫，這就是當時典型的女真氏族制殘余思想，即現有的社會秩序不可輕易打破。
雖然由于經濟的發展，在建州女真中已經出現了聯合的趨勢，底層民眾開始有了對統一的期盼，但“統一”的思想并沒有被所有人普遍接受尤其是上層貴族，他們作為女真的統治階級，更不會允許這種改變出現。
正因如此，才會有萬歷二十一年六月，葉赫、哈達、烏拉、輝發四部聯軍，對努爾哈赤實行的第一次軍事打擊出現。而在這次打擊未能達成目的之后，同年九月，葉赫、哈達、烏拉、輝發又聯合蒙古等九部之兵，對努爾哈赤采取先發制人的軍事行動。