這六年來由于皇帝年幼，而兩宮雖未對立，但也互相形成牽制，所以實際上是由高拱在治理朝政，而他在各個方面取得的成就，正是他得以追謚“文正”的主因。
穆宗隆慶去世之時，朝廷歲入與支出堪堪持平，而六年后，朝廷已經能有所盈余但這不是說高拱只是簡單的控制住了虧損。
隆慶六年時，朝廷的歲入是白銀330萬兩，支出也差不多；但萬歷五年時，朝廷的歲入已經達到510萬兩，只是支出也提高到了460萬兩。
這是為什么呢收入的增長來自于幾個方面。
首先是清丈田畝，這是歷史上張居正也做過的，高拱也同樣做了，不過在這一點上，他們的力度其實差不多，取得的效果在高務實看來也沒有太大出入，可以暫且略過，總之是稍微提高了一些朝廷歲入。
其次則是繼續開港。這件事是張居正比較抵制，但高拱很樂意做的。高家所謂的經世實學，如果不說那些大道理，簡單來概括就是一句話見實效。所以高拱理財的思路也是與此一脈相承的賺錢為大。
這六年來，除了隆慶時期已經開放的月港，朝廷又陸續開放了四大港口，由南而北分別是廣州、泉州、寧波、天津。
當然，此時的開港不同于后世很多人的理解，并不是允許外國商船在這幾處港口隨意停靠，而是準許這幾處港口的明朝商船可以出海，但即便如此，大明朝廷從這幾處港口獲得的關稅也大大提升。
高務實在這里發揮了一點作用，由于朝廷此前對于商港榷稅的制度十分糟糕，高務實向高拱提出了一個簡單易行的建議只以貨船大小計稅。
大明朝廷的海關關稅，在正德以前沒有稅收，它不征稅。正德、嘉靖年間開始采取抽分制。
所謂抽分制，就是運來十分貨物，抽取一定比例為稅，具體數值一開始比較多變，后來逐漸常定為十分之二。
到了高拱時期，情況為之一變，成為了三稅制引稅、出口稅、進水稅。
其中引稅，是指海商辦理出入海港的通行證需要交納一筆稅收，只有辦理該稅的船只，才是正規合法的商船，這筆稅收是按船只大小按年繳納的，不過稅費并不高。
進口稅和出口稅這兩個名詞是高務實“所創”，原本地方官府和市舶司報備的名字叫“水餉”和“陸餉”。水餉就是進口稅，指從外運入港口的征稅；陸餉就是出口稅，指從內運出港口的征稅。
原先，各地方衙門和市舶司列出了很復雜的征稅細則，比如“每百斤胡椒水餉2錢5分”這種，洋洋灑灑上百種商品，有的量大還好說，有些量少則根本不便計算。所以高務實給高拱建議只按船只大小征收，但是要分出洋的目的地。
比如說，往返西洋其實是南洋的商船，寬一丈六尺以上者，征銀十兩；每多一尺，加征一兩。而往返東洋、呂宋的船只由于相對略小，則征稅額度整體降低三成。這個稅率比歷史上的征稅稅率高了將近一半，但其實高務實很清楚，這個稅率一點也不高，是歷史上征得太少了
四大港口陸續開放之后，雖然只有短短幾年，但到了萬歷五年時，每年已經可以給朝廷額外近百萬兩的關稅，平均一個港口了二十多萬兩。
要知道，此時的大明海貿由于剛剛開始“回暖”，在高務實看來還只是個起步階段