鼠疫是古老的流行病，中醫對其有不同的辨證施治方法。其中用藥物來預防是平安不染時疫的良法。
清代梁達樵在辨證求真指出“平時用九節石菖蒲二分、銀花蕊六錢，煎水一盅，先服三分之一，將三分之二入蜜糖再服可也。何以先服再服，內有法道存焉。先服菖蒲、銀花，乃通內竅而辟穢，又嫌菖蒲過燥，不能多服，加入蜜糖再服潤燥解毒。若三味同服，又嫌蜜糖膩住穢濁，不能辟疫，是以一立法貴乎精。良方名銀蜜平安飲，可無疫癥傳染也。”另外，也可平日里多飲茶水，多吃葛、薯、豆類食物。
清末黎佩蘭在時癥良方釋疑中指出宜多飲茶水，以滌血熱龍井茶、山茶、豆角干、馬齒莧、桑寄生、馬蹄、蔗、苦瓜干皆可。
非獨有病為然，饑宜食粉葛、黎洞薯、赤小豆、生馬蹄或磨爛蒸熟、生地黃皆可，以少為貴，不饑則不必食。
并且，他還活用王清任的解毒活血湯，以此加減治療鼠疫，強調專病專治，匯編化裁連翹3錢，柴胡2錢，葛根2錢，生地5錢，當歸1錢五分，赤芍3錢，桃仁8錢，紅花5錢，川樸1錢，甘草2錢，蘇木1兩5錢，石膏1兩，共12味藥。
另有張錫純之白虎加人參湯，其中又以山藥代粳米,再加玄參，治療鼠疫癥狀。
生石膏三兩搗細知母八錢玄參八錢生懷山藥六錢野臺參五錢甘草三錢共煎湯三茶盅，分三次溫飲下。
最近有研究顯示選擇6種常用抗菌中藥，黃連、苦參、連翹、大黃、生地、知母，分別采用水提法制備至質量濃度1g的藥液。
經實驗發現，這類常用抗菌中藥對鼠疫菌都有一定的抑菌作用。
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