這次回云蘭讓王仁智感到因為自己之前太過順利，因此思想有些松懈，兩個月來諸事不順，幾乎沒辦成幾件事情，唯一辦的比較順利的是熊背梁臨時增加一期二百人的軍官輪訓班。軍官輪訓班因為學員和教員完全由直屬集團軍和磐石軍構成，所以很順利，川康軍隊整編談了兩個月，做出不少讓步各方才達成協議，爭取年內完成精簡整編。
起初嚴在明三人好似甘愿放棄軍權，整編后統一沿用磐石軍稱號，磐石軍一個副總司令一個總參謀長，此外擔任四個參謀長，看似整編后的軍權基本上掌握在磐石軍手里。嚴在明任川康防衛部部長，陶欣然屠曉宇分別任副部長，防務委員會委員由四位集團軍司令和總司令組成，等于未來的防衛部磐石軍只有一個委員名額。
本來防衛部只是一個行政部門，嚴在明等掌握大權也不是不能接受，可給予防衛部的權利過大，校級以上軍官需通過防衛部任命，軍費統一由防衛部管轄分配等等。不但如此，鑒于青山三地軍隊分別為十五萬官兵，磐石軍僅為七萬人，因此要求整編后軍隊換裝主要由云蘭管委會資金，等于軍權掌握在防衛部，大部分軍費的云蘭卻沒有軍隊指揮權。
樊田高等人與陳威霆反復磋商，堅持軍官任免提拔防衛部只是個過場，應該由各部意見為主，當然如果防衛部有足夠的理由當然服從防衛部的決定。防衛部如果掌握軍官任免權力，特別是校級以上高級軍官，以后的磐石軍很可能再次淪為嚴在明等人的私軍，這點堅決不能讓步。
王仁智和嚴在明幾人經過多次協商，不惜撕破臉指出三人意在爭奪軍權，應該給予軍隊一定程度的權利，防衛部不能逾越，他們作為防衛部最高長官，等于掌握川康所有武裝力量，不能把軍隊仍然視為以前的私軍。嚴在明等人長期雄霸一方，這些年川康發生巨大變化，不光他們，川康很多人還沒有適應，說到底還是因為缺乏彼此信任，不是懼怕王仁智一家獨大，而是握有軍隊才具有安全感。
鄧文鑫屬于王仁智一方，他不好說什么，軍方的事情朱語敏本不好參與，他的身份稍有點尷尬，嚴在明等人認為他屬于王仁智所屬，為了川康未來，朱語敏私下給三人做了不少工作。有關軍費沒什么可爭論，防衛部名正言順理應負責管理軍費，換裝所需的軍費不足，王仁智提出暫時三方裝備簡易飛彈應對。
兩次大戰飛彈立下大功，王仁智剛剛回來視察時就準備銷毀簡易飛彈，簡易飛彈雖然價廉物美，但最大的缺點是不易存放，有了幾十萬枚仿制飛彈儲備，簡易飛彈已經完成了它的使命。無償給各方五十萬枚簡易飛彈，足以顯示磐石軍的誠意，嚴在明等因此作出讓步，雖然簡易飛彈保質期只有三到五年，但年以后的未來誰又能提前預料。
談判的過程就是討價還價，最終各方妥協，誰也不讓步還談什么論起來王仁智做出的讓步更多，磐石軍和直屬集團軍從此互不隸屬，為此整編前張唯清帶走了一萬多名官兵前往熊背梁。內部因此遇到很大阻力，特別是磐石軍總醫院劃歸防衛部直接管轄，所有投資等于打了水漂，為此茅立堯平語涵和王仁智大吵了幾次。
王仁智本人也失去了磐石軍總司令大權，交給樊田高，營區的家也得搬走，以后王仁智進入營區身份就不一樣了，當然這些屬于小事，類似這樣的小事有很多。諸如軍人免費在磐石軍總醫院就醫，軍人家屬優先就診，傷殘軍人以及軍人家屬生產的物資今后如何供給，很多類似問題需要在整編中協調解決。
鄧文鑫對把磐石軍總醫院交給防衛部也有很大意見，籌建醫院投資的是他，以前醫院交給磐石軍他無話可說，但交給防衛部他不答應。郭賀文也為此感到棘手，以前中成藥廠供應磐石軍總醫院的藥物執行最低價，漲價影響不好，不漲價心有不甘，畢竟以后等于沒關系了。