和王崇古談完之后，朱載坖開始安排自己的事情了，僅僅聽張居正、王崇古匯報是不夠，朱載坖除了令廠衛收集有關新政的得失情況之外，還下令東南各州縣官員都可以就新政得失向朱載坖直接上疏，朱載坖不以言罪人。
除此之外，朱載坖還將自己隨駕的幾位翰林官都派出去巡視地方，收集相關的情況，王錫爵去浙江，許國去蘇松常鎮，申時行去鳳陽淮安等府，以欽差的名義，查看地方民情和州縣官員理政得失。
朱載坖自己也很清楚，新政不可能是盡善盡美的，肯定是有各種缺陷，朱載坖要做的就是盡可能的收集各方面的意見，減少新政的弊端。
除此之外，朱載坖就是要幫張居正解決南京勛臣這個問題。朱載坖召集魏國公、恭順侯等人來，一來是詢問南京守備的情況，二就是要求這些勛臣們配合新政，尤其是配合張居正清丈田畝。
朱載坖首先就是向現任南京守備恭順侯吳繼爵詢問南京京營的情況，吳繼爵作為長期出鎮地方的勛臣武將，對于南京京營，吳繼爵是一臉無奈，和京師京營一樣，只不過南京京營的問題更加嚴重，士卒逃亡，勛臣軍官役使軍士，軍器甲胄丟失，京營操練不勤，而且留在京營的士卒多是老弱，根本不堪上陣。
吳繼爵作為當過遼東總兵，見識過薊遼河宣大精銳的人，對于南京京營，吳繼爵實在是看不上，直接向朱載坖坦陳南京京營根本不能上陣，除了徒耗糧餉之外，別無他用。
吳繼爵的指責已經是非常之重了，其實朱載坖也很清楚為什么吳繼爵要痛陳南京京營的各種不堪來，主要是要讓魏國公徐鵬舉這個草包下不來臺，畢竟吳繼爵才剛剛上任，這些事情肯定是由徐鵬舉這個長期擔任南京守備的草包來承擔了。
誰叫你徐鵬舉公開說吳繼爵是降虜之后的，吳繼爵當然要還以顏色了，朱載坖當即發作道：“南京乃大明之留都，太祖陵寢之所在，防守宜嚴，昔年數十倭寇，震動南京，當年舊事若在再重演，爾等之鐘鳴鼎食，自此絕矣！”
朱載坖天子一怒，嚇得南京勛臣們趕緊跪下請罪，尤其是徐鵬舉，他很清楚，吳繼爵說的樁樁件件都和自己有關，一旦朱載坖震怒之下嚴查，自己肯定是討不了好果子吃的。
徐鵬舉趕緊請罪說道：“臣有罪，臣有罪，請陛下治罪。”
朱載坖問道：“魏國公何罪之有。”
徐鵬舉說道：“陛下，臣和臨淮侯長期擔任南京守備，南京京營渙散，臣罪當誅。”
此言一出，朱載坖不得刷新了對于徐鵬舉的看法，他不是個草包，而是大大草包，徐鵬舉認為之前臨淮侯李庭竹也擔任過南京守備，所以想拉李庭竹一道背鍋，但是徐鵬舉顯然忘了一個問題，李庭竹和朱載坖的關系比之他徐鵬舉可是要親近多了。
雖然徐鵬舉是世襲的魏國公，大明的第一勛臣，但是從和皇帝的親近程度來說，他徐鵬舉是遠遠比不上李庭竹的，魏國公和皇室關系最近也就是在成祖和仁宗的時候，畢竟成祖娶的中山王徐達的女兒徐皇后，仁宗更是徐皇后嫡子，和皇室的關系很親近，但是就是在這個時候，魏國公和皇室的關系也并不親密，遠遠不如定國公。
由于徐輝祖在靖難中的態度，魏國公一向不受成祖待見，后來的皇帝就更加的關系疏遠了。