這事在朱載坖這里恐怕不能就這么輕易過去了，還有就是朝鮮和倭國對馬藩的交往，實際上都已經是明白的事情了，朝鮮還在否認，真是當大明眼瞎不成。
朱載坖本來想立即就懲處朝鮮的，但是被臣子們所勸阻了，高拱等人認為，現在朝廷大軍還沒有動作，同時理藩院也還在組建之中，何妨等到朝廷大軍巡邊之后，由理藩院來處理此事呢？
朱載坖于是同意將此事暫且按下，朱載坖現在關心的就是明年的南巡了。雖然現在滿朝上下都知道朱載坖明年準備南巡了，但是畢竟沒有正式下達詔書，但是現在朱載坖準備將此事明牌，趁著現在重臣們都在，朱載坖說道：“明歲恭逢圣母皇太后萬壽之年，朕于新正恭奉鑾輿巡幸南都，省方觀民，各部院衙門和地方有司藥早做準備。”
朱載坖將此次南巡定性為為了慶賀皇太后六十大壽，朱載坖以身作則，攜母出游，傳布孝道。這不僅為其南巡增添了合理性，也更能展現朱載坖作為皇帝崇尚忠孝節義的態度。
同時這次的南巡是正式的南巡，皇帝、皇后、皇太后都要出巡，肯定是要大張旗鼓，攜帶全副儀仗出巡，動靜必然不小，這種規模龐大的出巡，極易勞民傷財，這是朱載坖所不愿意看到的。
朱載坖要求內閣擬定詔書，昭告天下，尤其是沿途的府縣，不準騷擾百姓，朱載坖說道：“朕省察黎庶疾苦，兼閱河工巡幸江南，簡約儀衛，鹵簿不設，務必要輕車簡從，以免驚擾百姓。”
臣子們這才領命而去，詔書下達之后，果然引起了朝堂的風波，雖然朱載坖打出的旗號是奉請皇太后巡幸，看似有一點正當性，但是很多臣子都上疏，認為皇太后以天下奉養，何所不有，朱載坖帶著皇太后千里奔波，才是不孝，對于這種言論，朱載坖都予以留中不發。
而是和嚴世蕃等人商量起南巡的船只等事來了，朱載坖將制造御舟龍船的重任交給了嚴世蕃，朱載坖和嚴世蕃商量之后選定了沙船作為南巡的御舟，沙船為一種戰船，一般為軍營所用，速度快，堅固耐用，所以朱載坖和嚴世蕃經過商量之后，選定了沙船作為御舟的樣式。
朱載坖還特地下旨給嚴世蕃，說明了自己的要求：“御舟不施彩畫，以樸是本，外堅內寬，以便為足。朕每視民瘼巡方，水陸非舟即馬，所以損益厥中、并宜南北而后成之。舟乃細物，非篙工檝師之良，雖桂棹蘭槳，不過虛設之物，豈自為我用乎？所以隨才器、使人地相宜而不求全責備者，正為此也。故人能施技物，皆應手預防，備患乎？先安，然無虞于后，雖狂風巨浪有何懼哉？”
說白了，朱載坖對于御舟的要求是堅固耐用，嚴世蕃也充分了解朱載坖的意圖，造船所用的木料都是緬甸進貢來的優良木料，所造成了御舟，堅固異常。
還有就是沿途駐蹕的行宮問題，如果是朱載坖一人出巡的話，大可以輕車簡從而行，但是這次是奉請皇太后，皇后也隨行，自然是要沿途駐蹕，設置行宮了。南巡人數多、規模大，每日行程之后都需擇地停留休息，除了駐蹕御舟之上之外，還是要在沿途的大城市駐蹕的。
同時這次南巡隨行的官員、護衛官軍眾多，肯定是要設置行營的，朱載坖要求沿途官府考察行營設立的位置，行營的地理位置一般選擇平坦、開闊、干燥的地方。朱載坖特地下旨：至修墊營尖各盤，務擇寬展平坦地面，或遇窄洼泥濘之處必須修墊者，將修處先期報部，遇有山嘴石岡必須開鑿，或沙塍平坡應加刨掘者，先行核報。
同時就是行程的規劃了，對于奉請皇太后南巡這樣的重要的事情，朱載坖當然是要詳細規劃行程，保證萬無一失的。根據規劃，圣駕于二月九日啟程，車駕離開京師，至三月十九日抵達南京應天府。圣駕啟程，首先抵達通州，在通州換乘御舟，后沿大運河一路南下，航經濟寧、徐州、淮安、揚州，從揚州渡過長江，抵達南京。
此外就是護駕官軍和隨扈臣子的選擇了，在朱載坖命令他，總督河漕潘季馴先行巡視河道，各府州縣衙門也要查看自己轄區內的河道，加以整修。
同時遣英國公張溶、豐城侯李寰、襄城伯李應臣為先導官，統帥前鋒在前開路，總督京營臨淮侯李庭竹為御營總兵，統帥神機營、五軍營各一部，護衛外圍，三千營參將李如松充御營副總兵，統帥精騎隨扈，府軍前衛和金吾衛隨行，領侍衛內大臣嚴紹庭統帥勛衛河侍衛處侍衛負責宿衛行宮等貼身護衛，錦衣親軍都指揮使陸繹率領錦衣親軍精銳隨扈。
內閣中次輔張居正、閣臣陳以勤、郭樸隨行，吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀、工部尚書朱衡、右都御史海瑞隨行，順寧侯、提督國子武學俞大猷和蘿川侯、協理國子武學馬芳在圣駕離京之后，由俞大猷暫代總督京營，馬芳暫代京衛都指揮使，掌管留在京師的京營和親軍諸衛。
首輔高拱和內閣呂調陽留守京師，太子朱翊釴監國，負責處理日常政務，有軍國大事，報朱載坖處理。
安排完了這些，朱載坖讓李皇后準備南巡要準備的器物等，而大明官軍在李如松和劉漢的率領下，也來到寬甸六堡，女真諸部也早就得到了總督薊遼汪道昆的指令，王兀堂、王臺、尼堪外蘭等女真大酋長都率領自己的部眾前來，與官軍匯合之后，劉漢、李如松率領二萬余官軍和女真人的聯軍，沿著鴨綠江巡邊，同時震懾朝鮮人。
官軍的舉動顯然使得朝鮮極為驚訝，朝鮮沿邊的平安、咸吉道朝鮮駐軍緊密觀察著官軍的動向，而新上任的禮部左侍郎兼理藩院左侍郎署院事茅坤也走馬上任。</p>