隆慶十五年是大明內外制度變革極大的一年，張居正領導的內閣，將一條鞭法、攤丁入畝等朝廷新政在大明全國推開，厲行對于田畝和人口的清查，而朱載坖則在推動朝廷官職的改革。
朱載坖首先是對于刑部進行了拆分，刑部管理天下刑名，事情頗多，原有的官員根本無法承擔這么繁重的任務，尤其是朱載坖大量建設巡檢司之后，刑部的工作就更加繁忙了，原有的刑部架構已經不能勝任現在的工作了。
之前對于巡檢司的管理是由刑部一名左侍郎擔任提督巡檢衙門，現在巡檢司的實力擴大，全國的巡檢司，人數以萬計，巡檢司是朝廷設置在地方，用以維持治安，加強對于地方控制的重要機構。朱載坖不能夠不重視此事。
朱載坖決定成立專門的巡檢總署，管理大明全國的巡檢司，為了加強巡檢司的戰斗力，巡檢司的主要人員構成由官軍的退伍士卒和低級軍官構成，同時除了不裝備甲胄和火炮之外，巡檢司的軍器裝備基本和官軍的一致，按照官軍輕步兵的情況予以裝備，巡檢司屬于半軍事化部門，所以必須要重視。同時將刑部督捕司劃歸巡檢總署管理，負責通緝要犯等事宜。
朱載坖決定巡檢總署衙門和六部一樣為正二品衙門，以刑部尚書銜總督巡檢總署，同時為了保證巡檢司的戰斗力，還以大將一員，充提督巡檢總署，負責大明各巡檢司的訓練、裝備和大規模調動的事宜，同時在各省設立都巡檢使由按察副使擔任，同時為了保證巡檢司的戰斗力，按照各省巡檢司的數量，配置巡檢參將或巡檢副將，負責本省巡檢司的訓練、裝備、調動等事宜。
而南北兩京作為大明的腹心之地，還要專門設立京師警巡司，直接由巡檢總署管理，兩京的五城兵馬司、巡檢司都統一由巡檢總署直接管理。同時還要厘清地方官府和錦衣親軍之間的權責關系，錦衣親軍是皇帝的耳目，在地方主要負責偵查、搜集情報，查辦諸如謀反、謀逆、官員貪墨等案件和朱載坖直接交辦的案子，其他一般刑事案件，錦衣親軍不負責處理。
除了刑部之外，還有就是戶部，現在的大明戶部，是大明朝廷各部院中最為龐大的一個部門，因為戶部所負責的事情也確實是大明朝廷非常重要的事情，戶部除了本部之外，還有四個很重要的部門，海關總署衙門，提督鈔關衙門和總理鹽政衙門、總督倉場衙門。
其中海關總署衙門是正二品，其余都是從二品或者正三品衙門，對于這四個部門，朱載坖認為海關總署和總理鹽政衙門不必再變動了，重要的是鈔關衙門和倉場衙門，朱載坖認為要予以整合改組。
原本提督鈔關衙門僅僅是負責大明的鈔關稅賦，但是現在朱載坖認為應當擴大職權，將一應鈔關、車船、工商業的稅收全部交由該衙門管理，將提督鈔關衙門升格為稅務總署，以戶部尚書銜提督之，為正二品衙門。
而總督倉場衙門和司農寺合署辦公，負責整個大明朝廷和地方的倉儲儲備之事，以戶部尚書銜充總督倉場兼司農寺卿，而在地方則按照地域省份設置巡倉之官，仿宋制設立提舉常平使，以司農少卿兼任，負責地方的糧儲、物價事宜。
這樣一來，戶部除了本衙之外，就是海關總署、稅務總署、總理鹽政、總督倉場四個衙門，是大明六部之中最龐大的部門。
除了戶部的這些附屬機構之外，還有戶部本衙也要予以改組，原本的戶部本衙，由浙江、湖廣、江西、四川、河南、山東、陜西、陜西、廣東、福建、貴州清吏司和其他一些直屬衙門組成，朱載坖認為這種體制不行，首先分省設司，各省都要由相應的清吏司，除了這些分省的清吏司之外，還要設立預算、軍餉、催征、太倉、督察等司，負責朝廷的相關業務。
而對于工部也要實施相應的改革，將原本工部下設營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司，現在朱載坖將都水司單獨拿出來，將都水司升格為都水監，負責大明全國的河道、水利之事，以工部左侍郎兼任之，同時在工部中設立礦冶司，負責管理全國的礦冶生產。
然后就是對于禮部的管理了，禮部是大明六部中管理范圍最寬泛的，掌管五禮之儀制及學校貢舉之法，從考試、禮儀、外交、祭祀，禮部都要管理，朱載坖認為有些過于寬泛了，尤其是考試，這是國之大事，涉及到選舉人才的事情，朱載坖當然是十分重視的。
朱載坖決定設立考試院，專門負責各級考試，從地方的縣試、鄉試到朝廷的會試、殿試，還有吏員的選取考試，吏員考選流內官的考試等，都由考試院負責，以禮部右侍郎兼任考試院使。
除了考試之外，就是學校的事情了，禮部現在僅有儀制、祠祭、主客、精膳四清吏司，主要是負責朝廷的禮儀、祭祀和外交事務，并沒有專門管理學校的部門，朱載坖認為朝廷要建立起一整套完整的管理學校的制度，在禮部下設學院司，專門負責管理大明天下的學校書院，與地方的提督學政等官員們構成一套完整的學校管理體系。
吏部則是維持不變，仍舊是吏部本部和流外銓選院，負責執掌天下文武官吏的升遷選授。
而兵部就是一個比較麻煩的部門了，朱載坖還沒有思考清楚，兵部應當扮演一個什么樣角色，從朱載坖來說，現在的兵部肯定是權力過重，將原本屬于五軍都督府的訓練、指揮之權完全予以削奪了，使得現在的大明兵部權力過重，朱載坖所以在設立練兵軍務處來予以制衡，削奪兵部之權，但是兵部的權限到底應該是什么，朱載坖沒有盲目作出決策，而是召集重臣們一道商量此事。</p>