朱載坖這次召集的人員還是相當之多的，各部院衙門的主官，內閣輔臣，參贊軍務大臣，商量對于兵部的改革，兵部職權極重，兵部掌武衛官、土官選授考課及軍制、訓練、征調、鎮戍、邊防、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧、軍械、符勘、兵籍、武學等軍事行政，其堂官往往督軍出征，本部操賞罰進退將帥之柄，職權尤重。下設武選、職方、車駕、武庫四清吏司，又領司務廳、會同館、大通關。
可以說之前的兵部在軍事上的話語權極重的，兵部尚書往往在有關軍務的事情是一錘定音，不僅僅是如此，還有軍政軍令，幾乎都是兵部在管理，五軍都督府完全淪為空架子。
所以朱載坖這次改革的主要目的就是要一個什么樣的兵部。原本的兵部職權確實是太重了，兵部本來是一個文職衙門，但是卻包辦行軍用兵，這也是之前官軍往往戰敗的重要原因的，雖然朱載坖一再提重將權，但是并沒有制度上的保障，這次朱載坖就是要以制度來保障武將們在臨敵決斷上的權力。
朱載坖先說道：“諸位，國之大事，在祀與戎，軍務朕所素重，事關天下安定，朕不敢掉以輕心，故而事涉兵部，朕與諸卿共商其事。”
首輔張居正首先說道：“陛下，兵部專掌軍務，職權猶重，然國朝安定，有賴于此，陛下宜深思之。”
張居正的意思很隱晦，就是他也認為兵部現在的職權有些過重了，但是張居正也提醒朱載坖，正是由于有兵部強有力的掌握了軍隊，才使得武夫不那么跋扈，大明也從沒有藩鎮之禍，這是朱載坖要考慮的。
朱載坖當然知道張居正的意思，雖然兵部的權力過重確實會影響大明的戰斗力，但是兵部集權有一個好處，就是可以杜絕將領專兵的可能性，所以朱載坖必須考慮這種可能，就是既然加強將領的權力，又要保障朝廷對于軍隊的絕對控制，決不能出現藩鎮的可能性。
朱載坖也向臣子們首先闡述了自己的看法，朱載坖認為兵部應該是一個軍政機關，而非軍令機關，也就是要將兵部的指揮權予以削除，但是加強兵部的管理權，對于朱載坖的大方針，重臣們還是表示了支持，因為這么多年以來，大明官軍屢戰屢敗，很大程度上和文官掌兵還是有很重要的原因，從嘉靖年間起，以唐順之為首的一批官員就呼吁過要重將權。
而朱載坖即位以來，官軍之所以能夠接連大勝，除了官軍的后勤得到了有力的保障之外，朱載坖嚴令督撫不得干預將帥臨陣指揮，放手給提督總兵們指揮也有很大的關系，所以在場的重臣們也認可朱載坖提出的這一方案。
兵部尚書汪道昆也主動發言，認為現在兵部的職權過重，確實不利于朝廷，應該從兵部中劃分出一些職權出來，以平衡朝局，其實在場的重臣們都很清楚，朱載坖向從兵部劃走的就是職方司，因為在兵部中，直接和智揮作戰有關的就是職方司了。
兩京兵部都設有職方司，京師兵部職方司掌輿圖、軍制、城隍、鎮戍、簡練、征討之事；三年一報地圖，以聽征調之令；閱視修浚城池，因事增置鎮戍將校，設兵屯戍；巡視操練，請命將出師，懸賞罰、調兵食、紀功過，及關津、緝捕、整頓軍伍諸事。南京兵部亦置，掌守衛南京內外城門及皇陵，操練各營及江操官軍，維持南京地方治安等。
朱載坖認為兵部職方司的權力過重，不能夠有效的履行職務，而且職方司的官員多是文官，對于軍務也不一定精通，軍國重事，豈可兒戲，朱載坖認為將兵部的職方司予以撤銷，在練兵軍務處下設參謀司和軍令司，將指揮權收歸練兵軍務處。
此舉無疑是大大降低了兵部在軍務上話語權，同時將對于衛所的管理和衛所軍余子弟、衛所京操軍士等的管理從兵部也重新回歸到五軍都督府，使得五軍都督府的職權得以恢復。
但是朱載坖同時增加了兵部在軍政上的話語權，首先是太仆寺、軍器監、衛尉寺這三個衙門劃歸兵部管理，太仆寺卿、軍器監正、衛尉寺卿都加兵部侍郎銜，這樣的話，馬政、軍器、軍法都由兵部管理，可以極大的增強兵部在軍政的上的話語權。
除此之外，還要在兵部新設清軍、軍儲、測繪三司，分別負責軍籍核實，軍儲管理和輿圖測繪等工作，兵部更多的負責將校的推薦，士卒招募、軍籍核實，糧秣軍器的保障，地圖的測繪等工作，而具體的訓練和指揮，則由練兵軍務處負責。
當然朱載坖不僅僅是要對兵部進行改革，而是要是整個指揮系統予以重建，在明確了兵部的職權之后，就是要明確五軍都督府的職權了，按照大明會典的規定，五軍都督府是有很大的權力的，五軍都督府分領在京除親軍指揮使司外的各衛所和在外各都司衛所。凡武職世官、流官、土官之襲替、優養、優給等項，所屬皆上報于府，由五府上奏皇帝請旨。選定后，經府下達都司衛所。首領官之選授和給由，皆由吏部。
其它如武官誥敕、水陸步騎之操練，軍伍之清勾替補，俸糧、屯費與屯種之器械、舟車，軍情聲息，邊腹地圖文冊、薪炭荊葦諸事，與相關機構會同處理，各府只有統兵權，調兵之權在兵部，每逢戰事發生，由皇帝命將為帥，調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出征。軍還即歸印于朝，兵回衛所。
但是實際上現在的五軍都督府，各項職權早就被兵部和其他衙門所侵奪了，根本沒有實際的權力，朱載坖也不可能再恢復五軍都督府這么大的權力。
朱載坖認為部分恢復即可，主要是要保證衛所官軍有一定的戰斗力，能夠有效應對地方可能出現的各種威脅。</p>