朱載坖不但對科道彈劾殷正茂、劉顯等人予以袒護，同時還加大了對于緬甸的支持，對于殷正茂和劉顯的要求，朱載坖立即指示軍器監，予以滿足，要生產符合在緬甸等潮濕環境下使用的軍器。
除此之外，為了應對這些緬甸土司對于大明屯墾百姓的襲擾，朱載坖命令兵部和五軍都督府、軍器監將各處官軍撤裝的火繩槍的火器、刀矛弓箭等運往緬甸，將緬甸的百姓、軍戶等都武裝起來，由官軍派遣教官加以訓練，負責教授這些百姓以一些武藝，對抗這些緬甸土人。
同時之前朱載坖所頒布的懸賞終于有了效果，在尼德蘭人的幫助下，大明終于獲得了金雞納樹的種子，朱載坖隨即命令在仰光府、瓊州府等適合種植的州縣大規模種植，以保證朝廷的藥物需求，同時從呂宋采購大量的金雞納霜，以備朝廷之用。
除此之外，對于這些和朝廷作對的土司，朱載坖命令對他們實施封鎖，不允許和他們進行任何貿易，尤其是食鹽、糧食、藥品、鐵器等物，不準流入其中，官軍也要在進出大山的交通要道上設卡封鎖，將他們困死在山中。
同時指令中南總督殷正茂，頒布賞格，大明百姓能夠斬首緬甸土司一級，給銀三元或錢三貫，激勵百姓動手殺賊，保護自己的土地。
因為緬甸和云南的銅礦對于大明來說是至關重要的，還有中南半島上的糧食，這些對于大明都是極為重要的，所以朱載坖無論付出多少代價，都要將緬甸穩穩的守住。
除此之外，就是各種工場的建立，現在大明無論南北方經濟的發展都需要大量的機械，朝廷除了在京師要興建大量的工場以供朝廷的使用之外，也要滿足地方和百姓的需求。
朱載坖開始認真考慮起來此事，在和重臣們商量之后，朝廷決定在廣州再設立一座鑄幣廠，利用廣州海關所收的白銀，就近鑄成銀錢，還有從緬甸、云南海運來的銅料，就近鑄造制錢，以供兩廣、嶺南地區使用，這樣可以增加朝廷的貨幣鑄造量，以保證市場上貨幣充足。
同時對于四川、陜西等地，要由少府監等衙門組織推行銀錢、制錢的使用，貫徹朝廷廢兩改元的命令。
對于礦禁，朱載坖認為可以有限度開放，對于銅礦、金銀礦等干系到國計民生的重要礦產，朝廷是絕對不會放給個人經營的，對于煤鐵等一般的礦產，民間在向官軍繳納一筆費用，按照產量予以榷稅之后，可以由民間經營，人數不得超過二百人，不得與朝廷經營的礦產爭奪礦產，也不得超過朝廷所劃定的區域開采，不準超限開采，違者立即予以關停。
為了滿足朝廷水師和官軍的需求，在朱載坖的命令下，朝廷在南京、廣州設立鑄炮廠，解決朝廷水師所需要的火炮，以保證朝廷的需求。
除了對于礦禁的有限解除之外，朱載坖還解除了民間的船只建造限制，允許民間開辦造船廠，但是不能建造二千料以上的大海船，朝廷按照船只造價向船廠征收營業稅，按照船只噸位向船主征收車船稅，對于這些船只，朝廷也要加強管理，征收賦稅。
但是在大明領海之內，也要肅清海盜，在朱載坖的命令下，無論是沿海各省的近岸水師各鎮還是大明的三支遠洋水師，都出動對于海商的海盜、倭寇予以嚴厲打擊，肅清海盜，同時朱載坖也命令水師要詳細打探這些海盜的情況，尤其是這些海盜的構成，因為現在倭寇應該是不多了，現在還活躍在海上的，恐怕主要是大明和西洋海盜，朱載坖當然不會放過他們。
朱載坖發布詔書要求這些海盜限期向官府投降，否則朝廷就會出動水師將他們予以剿滅。
除了這些事情之外，就是要求吏部、戶部重新對于大明的府州縣予以劃分，現在大明的府州縣，都是大明初年所設立的，現在人口滋生，經濟情況也有所變化，在這種情況之下，原有的府州縣可能并不能夠適應朝廷的管理，尤其是些內地衛所，在大明初年也許人口并不多，但是經過這么多年的發展，人口繁盛，就如同之前的天津三衛一樣，衛所已經不再能夠適應當地的情況了，所以朱載坖命令吏部和戶部查照情況，設立相應的府州縣，加強對于地方的控制。
然后就是巡檢司的設立，之前朱載坖在北直隸廣設巡檢司，將沒有戶帖路引的流民強制向遼東等地遷移，現在朱載坖要推行這一辦法，不僅僅實在京師、北直隸等處，在大明各地的交通要道，州縣農村，都要設立巡檢司，一來是維護地方的治安，處理在地方的為非作歹的這些流氓等人，同時對于那些到處流竄的流民，也要予以強制收容，將他們遣送到需要屯墾的地方去，為大明屯墾戍邊。
對于城市里的打行等流氓團體，朱載坖也要求予以嚴懲，南北兩京有五城兵馬司和錦衣親軍負責，各地有各府州縣衙門負責，將這些無業游民該遣送的遣送，涉案的依律審斷之后交各處朝廷開設的礦場幫朝廷開礦，在朱載坖的嚴厲打擊之下，京師等地的治安情況為之一變。
除了城市中的這些流氓之外，在北方還有大量的所謂綠林豪杰，這些人嘯聚山林，打家劫舍，往往仗著自己所謂的山寨地勢險要，朝廷不愿意出動大量官軍去剿滅他們，地方官府僅憑手頭的衙役又不能夠剿滅他們，所以他們的日子過得很逍遙，但是朱載坖不會讓他們這么逍遙下去了。
朱載坖命令出動京營、親軍諸衛和班操京軍，對于整個北方的土匪流寇予以全面的肅清，將其中的匪首予以嚴懲，其余的人充作苦力，用于朝廷的筑路工程。
而南方各省則是出動本鎮官軍，清剿這些土匪，保障商路的通暢。</p>