對于朱載坖的想法，重臣們是很明白的，五軍都督府現在本來就是空架子，即便是朱載坖想要恢復五軍都督府的各項職權，也是不太現實的。
而且現在朝廷所倚仗野戰的軍隊，已經不是衛所官軍，而是朝廷的鎮協官軍了，雖然大部分的鎮協官軍軍士都是從衛所中抽調來的，但是衛所現在主要承擔的也就是二線任務了，而作為主要管理衛所的五軍都督府，其職權也肯定會相應的降低。
對于五軍都督府的職權，朱載坖在和重臣們商量之后認為，五軍都督府主要負責衛所軍士的勾選，保障衛所人數齊全，班操京軍的調動和訓練，還有各都司的常備軍士的選取，衛所士卒和軍余子弟在農閑時候的軍事訓練，以及衛所世襲軍官的承襲考選等事情上，總的來說，就是將五軍都督的職權范圍加以部分恢復，但是即便是恢復之后的五軍都督府職權，也僅限于對于衛所的管理，野戰官軍的管理權仍舊在練兵軍務處手中。
實際就是朱載坖通過練兵軍務處將官軍的指揮權牢牢的控制在自己手中，然后用兵部和五軍都督府制衡練兵軍務處，兵部執掌軍政，同時對官軍有清軍大權，還有保障后勤和供應軍器彈藥的權力，官軍裝備的火器數量龐大，而兵部控制了軍器和后勤，沒有足夠用軍器和彈藥，就足夠控制官軍了。
而且朱載坖本人手中也直接掌握著親軍諸衛和御馬監禁兵這兩支強大的武裝，保證皇帝對于軍權的絕對控制。
既然兵部和五軍都督府都做了相應的改革，練兵軍務處肯定是也要做相應的改革了，之前朱載坖就決定將兵部職方司予以撤銷，在練兵軍務處下設參謀、軍務二司，同時練兵軍務處作為大明的軍令機關，肯定是要加以改革的。
朱載坖決定，將原水師衙門也一道劃歸練兵軍務處下管理，同時完善練兵和軍務兩處，練兵處下設武學、輜重、軍備、編制、動員各司，分別負責官軍的軍事教育、后勤給養、裝備保障、編制軍籍等事項。
而在軍務處下設參謀、偵察、機要、軍令和輜工馬步炮與水師等督練司，負責統籌戰事，下達軍令，組織軍事訓練，檢查戰備等事項。
練兵軍務處所管理的，主要是大明的鎮協野戰官軍和水師，也是大明的常備軍，是大明征戰的主力部隊，對于這些部隊的調動、指揮和日常訓練的組織，都要由練兵軍務處負責，這些官軍的調動，必須要皇帝本人的命令才行，決不允許越俎代庖，實際上練兵軍務處承擔的就是總參謀部的職能。
除了這些之外，朱載坖接下來的一個大動作，就是對于大明律的修訂，大明律是洪武三十年最終定稿的，到現在已經一百多年了，當初重八哥制定大明律的目的是治亂世用重典，嚴刑峻法，以除貪賄。所以大明律懲治貪污上立法是極為嚴苛的。
而參照唐律和宋刑統所制定的大明律，體例精當，條文明晰，確實是一部很完善的法典，和唐律以及宋刑統相比，大明律在形式和內容上都有發展。在形式上，結構更為合理，文字更為簡明；在內容上，經濟、軍事、行政、訴訟方面的立法更為充實；在定罪判刑上﹐體現了世輕世重，輕其輕罪，重其重罪的原則，事關典禮及風俗教化等事，定罪較輕；賊盜及有關帑項錢糧等事，定罪較重。
可以說大明在制定的時候，在這個世界上都沒有比之更加完備精當的法典了，除了不怎么管用之外，大明律是沒有什么大的缺點的。
當然，大明律的不管用，從重八哥時代就是如此是，太祖皇帝以剛猛治國，動輒法外施刑，帶頭不遵守大明律，太祖時期所編撰的大誥就是如此，以案例的形式打破了大明律的規定。
所以朝廷雖然編撰了完備的大明律，但是在很多時候，地方官府并不執行大明律，同時隨著時間的推移，大明律內容固定難以適應社會發展而制定，故而通過單行條例形式針對司法實踐進行動態調整，這就是問刑條例，實際上就是對大明律的修訂。
因為太祖是有祖訓的，太祖嚴禁嗣君“變亂成法”，洪武三十年重頒《大明律》后，就未再修訂。有變通之處，則發布詔令或制定條例，輔律而行。經過這么多年的各種詔令、則例、條例的解釋，已經徹底將大明律束之高閣起來了，朝廷無論是在處理政務還是審理案件中，往往都是參照各種發布的詔令、則例、條例。
而這些不同時期所發布的詔令、則例、條例等，往往有互相矛盾的地方，使得官員們無所適從，更重要的是，一些人就可以借此機會鉆空子，大明律對他有利就用大明律，問刑條例對他有利就用問刑條例，畢竟沒有任何一個官員敢明著說大明律是廢紙一張，這樣就會產生貪墨，一些奸猾頑劣之徒借此買通官吏，得以脫罪，朝廷的吏治也因此敗壞。
朱載坖早就有重新修訂大明律的想法，但是之前一直有重八哥的祖訓魔咒，朱載坖也不敢明著違反皇明祖訓，而且當時朝廷的事情多端，修訂大明律并不是朝廷的當務之急，現在朱載坖騰出手來了，當然要對于大明律予以全面的修訂。
雖然有不得變亂成法的規定，但是朱載坖還是找到了變通的辦法，就是重新編撰大明律集解，以解釋大明律的名義實施修訂，同時采取律例合編的形式，所謂律例合編，就是是在法律編纂過程中，將“律”與“例”兩種法律規范合并編纂在一起的做法。“律”通常指的是朝廷最基本的法律規范，是法律的主體部分，而“例”則是在“律”的基礎上，針對特定情況或特定案件所作出的補充性、解釋性或特別性的法律規范。
朱載坖準備通過這種方式修訂大明律。</p>