朱載坖為此專門命令翰林院，將兩宋館閣制度的相關資料整理之后送來，朱載坖仔細查閱了有關館閣制度的資料，不得不佩服兩宋館閣選拔之嚴密，兩宋的館職召試，有自薦召試、他人薦舉召試和皇帝特旨召試幾種。召試的內容大體不出詩賦策論，但是有資格要求的，選舉人才還是相對比較公平的。
故而宋人不無自豪的說道：“三館清華之地，皆一朝英俊之游。文章三代之余風，禮樂百王之舊貫。首此圖治，要先得人。”
兩宋官員，借以得授館閣貼職為榮。
朱載坖看過之后，立即召見了首輔張居正和吏部尚書張瀚，闡述了自己的看法，朱載坖的的看法是很簡單的，趁這兩年大明戰事不多，朝廷有精力整頓朝綱吏治，朱載坖要狠狠的整頓一下大明的吏治，之前朱載坖所采取的都是直接打擊地方勢力，加強朝廷權威的辦法，這種辦法固然是立竿見影，效果很好，朱載坖即位以來，借由多次大案，已經嚴厲的打擊了東南的鹽商、豪強地主和豪商集團，但是這不是治本的辦法，治本的辦法還是加強朝廷對于地方的控制能力。
說白了，就是加強地方官府對于地方的控制，強化官府的權威，這就需要一批精明強干的官員們，而對于大明來說，雖然朱載坖實行了三途并進，但是科甲出身和吏員出身之間的鴻溝不是一時半會能夠逾越的。
這是朱載坖對于大明的選官制度最為不滿的地方，大明的這套選官制度，真的是一言難盡，常常是人為的在大明的各級官府中制造矛盾，在地方官府中，進士、舉人、吏員出身的官員是涇渭分明的，在衙門們有著嚴格的界限，進士出身的官員們，外放就是七品正印，自然是看不起這些舉人、吏員出身的官員。
舉人出身的官員，從八品做起，一般從教諭做起，在官場上拼搏多年，不過縣丞、主簿等佐貳官，吏員出身的官員就更慘了，從九品起步，一般只能擔任典史等所謂的首領官，就是領導吏員的官。而且大明的官場中，一般不用吏員出身的官員擔任州縣正印，進士出身的先選，然后是舉人出身，吏員出身的官員，沒有特殊的情況，就是一輩子的首領官、佐貳官的命，永永遠遠的局外人的。
這么做的結果就是正印官、佐貳官、首領官在一個衙門中互相拆臺，正印官仗著自己是科甲出身，往往是看不起這些佐貳官、首領官，從心眼里就不把他們當人看，而這些首領官、佐貳官都是在衙門中混了一輩子的老油條，自然不會給這些正印好臉色，比較普遍的就是佐貳官、首領官上下一氣，直接將正印架空，而正印官就通過聘請師爺們來反制佐貳官和首領官，整個衙門首先自己就斗的不可開交，還怎么幫朝廷控制地方。
而在朝廷內部，斗爭也是一樣的激烈，在朝廷中，主要是清流、濁流的斗爭，所謂清流，就是科道和翰林院，而所謂的濁流自然就是其他的部院衙門，清流濁流之爭，在大明是很正常的事情了，清流看不起濁流，認為他們從事工作不如自己清貴，每日里不是刑名錢谷就是士卒軍務，濁流官員們自然也看不起清流，認為他們不過是些夸夸其談的人罷了。
看起來這些問題都是早就存在的問題，但是朱載坖認為，這些事情都是大事，反映了大明在選官制度上的各種缺失，朱載坖決心要將這些情況予以改善。
所以朱載坖召見了首輔張居正和吏部尚書張瀚，提出了自己的要求，第一就是加大對于新科進士的教育，改變進士授官制度，即便是進士出身，也不能夠直接就外放正印，必須要有一定的行政經驗之后才能夠擔任正印官，而且對于舉人、吏員出身的官員，只要考績優良，也要大膽提拔為正印官，不能拘泥于出身，唯才是舉，德才兼備才是大明的選官之法。
不管是科甲出身還是吏員出身的官員，在朱載坖這里都是一視同仁，只要能夠為朝廷辦事，就要大膽提拔。吏部要完善官員的選任制度，不能以出身定前途，而是要以考績定升遷，能夠幫朝廷控制地方，發展經濟的官員，不管其什么出身，都要予以提拔。
還有就是對于翰林官的選任制度進行改革，翰林院乃是大明的儲才之地，這些翰林官們不但承擔著皇帝各種詔書文書的起草、皇子的教育，還有國史編撰等工作，其中的一批人最終還會入閣，成為大明的內閣輔臣，領袖群臣，朱載坖對于翰林院自然是不敢掉以輕心。
朱載坖的想法很簡單，就是打破清流、濁流之分，不管是六部司官還是地方州縣官員，只要滿足一定條件，就可以通過考選進入翰林院，而翰林官任滿之后，也要外放各個衙門或者地方州縣，盡可能的消弭朝廷可能出現的黨爭危險。
其實對于朱載坖所看到的缺陷，大明朝廷里的不少有識之士早就已經看出來了，非進士不入翰林，非翰林不入內閣，雖然保證了閣臣的最低素質，也使得閣臣日漸務虛，行政能力下降的很快，因為很多閣臣缺乏對于地方行政的了解，他們從中進士之后，就一直在翰林院工作，一般就是在翰林院遷轉到頭之后，直接六部侍郎或者各寺正卿、副都御使做起，然后爭取從尚書或者吏部、禮部左侍郎的位置上入閣。
雖然大部分的閣臣都是搞政治的高手，但是他們缺乏對于基層的了解，同時閣臣與部院大臣之間也是矛盾重重，導致朝廷的行政效率低下，決策失誤，互相攻訐不斷，而一些有行政能力，熟悉地方情況的官員，卻因為殿試成績不好或者沒有通過朝考，喪失了入閣的機會，在朱載坖看來，這是及其不公平的。
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