朱載坖認為，僅憑殿試和朝考就確定翰林院的人選，對于大部分的官員來說實在是有些不公平，而且朝廷選拔翰林官員，不僅僅只是選拔學識優長、文采過人的官員，更重要的是為朝廷儲備人才，所以不管是六部、都察院、各寺的官員還是地方的州縣官員，只要符合一定標準的，都可以經由考試選拔進入翰林院，將這些在地方和朝廷歷練過的官員選入翰林院加以培養，才能夠培養出合格的人才。
對于朱載坖的想法，張居正和張瀚都認為有些過于大膽了，因為無論是進士選官還是翰林院選拔，都是沿襲已久的成法，朱載坖要想輕易改變，絕對不是一件容易的事情，所面臨的阻力肯定是不小的。
對此，朱載坖是當然早就有所預料的，他對張居正說道：“法者天下之公器，變者天下之公理，只要能夠對大明有益之事，朕決不退縮。”
思索再三之后，吏部尚書張瀚才說道：“陛下，臣以為，若貿然變動進士授官之法，恐怕不妥，畢竟茲事體大，又涉及科舉，宜徐圖之。”
朱載坖當然明白了張瀚的意思，進士選官的改革，茲事體大，不能夠輕易動，而是要慢慢來，因為即便是現在就將這些制度定下來，也是要等到下一科才用，所以還有時間，而翰林的考選所涉及的人少，容易操作，所以要優先進行，不能一下子就同時對科舉選官和翰林院選官同時變更，這樣所造成的影響太大，即便是現在朱載坖已經完全掌握了朝局，也要盡可能的保證朝局的穩定。
朱載坖于是詢問張居正和張瀚具體的辦法。
張居正認為，雖然現在從新科進士中選取庶吉士的辦法有一定的弊端，但是不能夠完全廢除，因為從新科進士中選取庶吉士不僅僅是祖制，而且也有優點。
這些從新科進士中選取的庶吉士，能夠在更短的時間內躋身國家高級文職官員行列，在翰林院通過一系列的學習和考核后，其中有才能者迅速的從官僚群體隊伍中脫穎而出，并且在考選成為庶吉士之后直接進入韓林院學習，并不直接參與官場生活，從而使得庶吉士能夠遠離官場不良習氣，進而保證庶吉士群體的正直性，同時他們可以使得朝廷中央官員群體的年輕化，使得官員群體富有活力。
所以張居正認為，直接從新科進士中選取庶吉士不能廢黜，只是增加一個選拔翰林官的渠道，張居正說道：“陛下，自古帝王皆以文章關乎氣運，而儲才于館閣。本朝所以儲養之者，自及第進士外，止有庶吉士一途，凡華國之文與輔世之佐，咸有賴于斯，故斷不可一途選取。”
這點確實是朱載坖所認同的，翰林院這幫人，雖然有些時候缺乏經驗，但是搞事情的能力是不小的，不管是當年左順門外的楊繼盛，還是硬剛張璁、嚴嵩的徐階、趙貞吉，都是翰林官，這幫人在那個時候還是有些赤子之心的，所以經常被拿來當槍使，比科道還好用。
朱載坖也認同張居正的這個看法，原來的選拔翰林官的途徑不必廢除，只是要增加從現有官員們選拔翰林官的途徑罷了。
張居正和張瀚向朱載坖提了一些建議，首先就是資格問題，必須是進士出身，這點是毋庸置疑的，雖然朱載坖現在一直在推動三途并進，但是堂堂大明翰林院，總不可能真的弄個舉人秀才進來吧，所以他們認為，還是必須要限定進士出身的才能夠進入翰林院。
不過朱載坖增加了制科出身也可以進入翰林院，畢竟制科的含金量是遠遠高于科舉，制科出身的人進入翰林院也是正常的事情。
然后就是其他資格的問題了，必須一任任滿，也就是在中進士之后三年才有資格報名參加翰林院的考選，這樣所選拔到的人才才有一定的經驗，而且最近三年的考績必須在中上以上，也就是考績優等才能夠報名，然后就是禁止性條款，因為貪墨被處理過或者是有其他處分的官員一律不允許報名。
而翰林院的考選基本上沿用朝考的模式，但是要更加貼近行政，突出翰林院為國家儲才得目的。
張居正直接指出了現在翰林院制度的不足：“陛下，今也止教詩文，更無一言及于君德治道，而每每送行賀壽以為文、栽花種柳以為詩，群天下英才為此無謂之事，而乃為養相，遠矣！”
張瀚也說道：“庶吉士，以唐詩正聲文章正宗為日課，不知將來所以備顧問，贊機密者果用此糟粕否？”
朱載坖也認同張居正和張瀚的看法，現在翰林院最大的問題就是務虛，寫詩作文，草擬詔書那是信手拈來，但是處理政務，他們就提不出來行之有效的建議。
再加上翰林院的這樣遷轉制度相對固定，庶吉士“散館”后，成績優者選任翰林，次者外轉至科道官，除極少數的貶官罷黜以外，很少有人能調至地方，擔任地方官員。在翰林院里面混日子的人大有人在，選任庶吉士就意味著起點極高，升任高官的機會增大，因此在這樣的文化氛圍下，庶吉士學習動力不足，部分庶吉士便不思進取，惶惶渡日，虛名獵利，熬過規定學習年限后，坐等遷轉，就在翰林院里面熬資歷，主打的就是一個只要命夠長，三品到我家。
所以朱載坖特地要求在重新制定和翰林院相關的制度時，不僅要修訂考選制度，還要修訂黜退制度，翰林院是朝廷儲才之所，不是養老混資歷的地方，對于那些沒有政治能力、品行不佳或者充當權貴打手的，要予以黜退，不僅僅是在革去其翰林官的職務，更是要限制其仕途，凡是被翰林院黜退的，再想升遷，必須三考中上以上才行。
朱載坖將此事交給了張居正和張瀚兩人，要求重新制定相關的則例，為朝廷選拔、培養人才。
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