朱載坖的意思是很明確的，就是念舊民涂炭之苦，復中國往昔之疆，既然成祖時都在此處設立了外府，現在朱載坖趁此機會將其收復也是正常的，而且佛郎機人雖然從小佛郎機人手中接管了馬六甲，但是對于馬六甲的重要性顯然沒有重視，他們主要的經營對象還是在呂宋，因為呂宋和其附近的島嶼上盛產香料，可以為佛郎機帶來豐厚的利潤，所以佛郎機人重點經營的是呂宋，在馬六甲設防不多。
朱載坖于是在和重臣們商量之后，決定命令南洋和緬甸水師攻取馬六甲和原滿剌加外府舊地，同時攻取馬尼拉要塞，對于參與屠殺華僑的這些佛郎機人和土著，一律處決，但是也要控制戰事的規模，不能夠將戰事擴大化，畢竟大明此時還在青海和倭國有戰事，所以務必要將戰事控制在一定范圍之內，當達到大明的目的之后，就可以和佛郎機談判。
通過尼德蘭，朱載坖了解到現在佛郎機的情況并沒有他們宣稱的那么好，首先，在吞并了小佛郎機也就是葡萄牙之后，看起來佛郎機的實力增強了，佛郎機國王腓力二世的戰略優勢已無可匹敵，他宣稱世界所有24個時區都有他的領地，“太陽總在照耀我”，“世界不足我欲”，“超越黃道線”這類目中無人但又并不夸張的格言在紋章、書籍和紀念幣的設計中處處可見。可見其虛驕自大。
但是他的這種行為使得其在歐洲樹敵眾多，不僅僅是原本小佛郎機的這些貴族們不滿足于被佛郎機兼并，對于強勢且野心勃勃的佛郎機，尼德蘭、法蘭西、英吉利等國都深感壓力，他們結盟對抗佛郎機。現在法蘭西國和佛郎機在歐陸大戰，而在海上則是尼德蘭和英吉利于佛郎機的艦隊大戰，佛郎機在歐洲的深陷泥潭，根本沒有余力對付大明。
而且據朱載坖通過西洋商人所了解到的情況，現在佛郎機的情況恐怕算不上好，因為戰事頻繁，為了同時維持規模龐大的陸海軍，佛郎機朝廷不得不瘋狂加稅，這導致其內部并不安穩，所以朱載坖認為，佛郎機未必有余力東顧，到時候大概率還是過過談判來解決問題，所以對于大明來說，就要留有余地，控制戰事的規模，給談判留下空間。
朱載坖批準了俞咨皋和殷正茂的奏疏，決定擴大對于佛郎機的報復行動，但是朱載坖仍然對大明官軍的行動范圍做了嚴格的限制，除了朝廷上諭所提及的地方和海上的佛郎機商船之外，不準隨意擴大戰事，但是如果其他佛郎機據點向大明官軍發動進攻的話，則不受限制，同時對于佛郎機俘虜，除了參與過殺戮華僑的之外，還是要善待的，尤其是這些貴族，他們是可以索要贖金的，至少可以貼補大明的部分軍費嘛。
朱載坖的詔令通過急遞的形式迅速向南發出，而朱載坖也在出發之前和監國的太子朱翊釴、還有首輔張居正的詳細的說明了自己的安排，第一就是奪取馬六甲、攻克呂宋，作為對于佛郎機的懲罰，第二就是如果佛郎機愿意談判，大明可以和佛郎機談判，但是大明是有底線的，馬六甲絕對不可能交換給佛郎機，呂宋也必須復國，但是大明可以準允佛郎機在呂宋擁有一個港口或者在呂宋享受一些特殊待遇，但是佛郎機必須足額賠償大明的損失，朱載坖認為先照著一千萬兩談再說，如果有有關戰事的塘報，務必要及時向朱載坖匯報。
朱載坖安排完這些事情之后，才踏上東巡的路，這次有英國公張元功擔任京衛都指揮使，負責隨扈，羽林左衛、府軍前衛等親軍六衛隨駕護衛，京營也抽調精銳前來，護衛官軍的數量龐大，朱載坖乘坐車駕，從京師出發，先巡視北直隸，然后經由山海關出關，抵達廣寧中衛、遼陽、沈陽中衛等大明在遼東的重要據點。
同時召見王兀堂、尼堪外蘭等女真部落領袖和朝鮮國王李昖等人，朱載坖這還是第一次巡視遼東，雖然朱載坖一向重視遼東，從即位之初就大規模從內地向遼東移民，同時設立遼東布政使，使得遼東成為大明的一個省，但是對于遼東的實際情況，朱載坖還是要親自去看看來能夠知曉。
在朱載坖巡視遼東的時候，李成梁也在積極準備，調動各路官軍，驅逐海虜，青海廣大，對于官軍來說最大的敵人并不是北虜，而是惡劣的氣候，所以李成梁必須仔細規劃路線，周密準備，然后再用兵。
而身在緬甸的殷正茂也已經收到了朝廷的旨意，他立即與南洋水師提督俞咨皋聯系，請他派遣船只來搭載緬甸的官軍前往呂宋，對于俞咨皋來說，現在整個南洋海面上已經沒有佛郎機的船只了，現在他缺乏的只是步兵，由足夠的步兵，他就可以奪取馬尼拉要塞，官軍水師已經多次炮擊馬尼拉要塞了，對于要塞的守軍和各種城防器械造成了嚴重的傷害。
佛郎機駐呂宋總督多次向俞咨皋請求談判，并且向大明官軍解釋，在叛亂中被殺的華僑，沒有3萬那么多，甚至沒有此數的一半，而且主要是當地的土著在殺人，佛郎機人心地并不殘酷，沒有正當理由，我們從不向任何人開戰。我們對待這里的華人猶如兄弟和兒子，但是他們無法控制這些土著，他們愿意賠償損失。
對于這些廢話，俞咨皋連看都不想看，俞咨皋回復佛郎機呂宋總督兩點，第一，大明要談判，也是佛郎國王派遣使臣來和大明朝廷談，呂宋總督沒有這個資格，而俞咨皋只是統兵大將，沒有接受談判的權力，所以俞咨皋不接受所謂的談判，第二點就是命令佛郎機人投降，否則大明天兵到來，玉石俱焚。除此之外，他不用言。</p>