朱載坖在批閱之后，將這份名單下發給朝廷討論，果然如朱載坖預料的一樣，威力巨大，朝廷之上為了此事迅速展開了大討論，不出朱載坖的所料，對于仁宗、宣宗、憲宗、孝宗這四位應該配享太廟的功臣，朝廷上下是沒有什么意見的，但是英宗、肅宗、武宗、世宗四位皇帝分歧就非常之大。
不過對于這個，朱載坖暫時沒有理會，朱載坖首先就提出了一個問題，就是被擬定出來的這些重臣們，只有文臣，并沒有勛臣、武將，這恐怕有些不妥吧？畢竟要按照祖制的話，配享太廟的反而是武臣更多，占據絕對優勢，而非是文臣。
對此，禮部尚書徐學謨上疏予以解釋，他認為太祖、成祖創業靖難之時，多倚仗武臣，所以太祖成祖兩朝，能夠配享太廟的，多是武臣，而成祖之后，天下承平，海內安定，偃武修文，朝廷治理天下，所依靠的多是文臣，所以配享太廟的也多是文臣。
對于徐學謨的這個解釋，朱載坖認為不能接受，朱載坖下達上諭，認為文武之道，一張一弛，不可偏廢，朝廷治天下以文，守四方以武，不僅僅要用文臣配享太廟，還要將一些功勛卓著的武將也配享太廟。
朱載坖還親自點了一人，就是定興王張輔，朱載坖在給朝臣們的上諭中說道：“定興王于南征之際，實總師旅。審幾出謀，克明克斷。率先將士，奮勇不顧身。遂生縶兇渠，摧逆撫順。歷事四朝，為國元老上將。自王振盜權專橫，三楊皆避禍，不以國家安危自任。己巳親征，心知不可而從之出，不免于難。誠可惜哉！當配享宣廟，以昭天下也！”
朱載坖認為張輔功勛卓著，又以七旬高齡，身死賊手，深可憫惻，不死于交趾以為忠，而死于土木以為不忠，朱載坖認為實在是對其不公，所以要求將張輔配享宣廟，至于為什么不配享英廟，原因很簡單，他不配！同時也是肯定張輔在追隨宣宗皇帝平定漢王之亂的功績。
朱載坖的上諭下達之后，最激動的就是現任英國公張元功，得知消息的張元功向朱載坖上疏道：“臣家百年之憤，得雪于陛下也！”
除了張輔之外，朱載坖還要求禮部會同兵部等，從歷代元戎大將中挑選勛名卓著的，也要配享太廟，不能僅僅只選擇文臣配享太廟。
而除了這個問題之外，還有一個人也在朝廷之中引起了巨大的爭議，那就是王守仁王文成公，原因很簡單，他該不該配享太廟，也是一個重要的問題，如果以功勞算的話，王守仁是絕對足夠配享太廟的，討平兩廣之亂、寧王之亂，為大明立功甚大，而且是文武兼備的人才，以功勞論，絕對足夠配享太廟了。
但是另一方面就是王守仁的學說影響很大，擁躉甚多，從嘉靖以來的諸多輔臣都是心學門徒，在朝廷之上的心學門徒就更多了，但是同樣數量眾多的是反對心學的臣子，他們認為心學乃是歪理邪說，配享太廟，乃是何等的榮光，是要傳之后世，垂信千載的，他們認為王守仁雖然功勞甚大，但是持論甚乖，所以不應當配享太廟。
除此之外，在人選的確定上，還有一個重要的問題，就是很多六部和外官們認為，內閣主導擬定的這個名單，過于傾向于內閣了，往往在確定人選上面優先考慮內閣輔臣，而不是六部和外官，既然配享太廟看的是臣子的功績，那么就應該惟功績是論，怎么能夠偏私呢？
內閣輔臣們這么干，分明是想為自己以后在太廟里面占好坑，這怎么能行？以吏部尚書張瀚、兵部尚書汪道昆、禮部左侍郎掌升平署事王世貞等人為首，紛紛上疏請求推翻之前內閣所擬定的人選名單，重新擬定人選，不能內閣什么都占著吧？
在這幾位的鼓噪之下，外廷官員們也都激動起來了，憑什么你們內閣又多吃多占，什么好事都輪到你們內閣，那怎么行，外廷官員們紛紛上疏，甚至連地方的總督大員們也上疏認為配享太廟，乃是朝廷重典，應當考察其功業、人品、才能、名望等，要符合各方面條件的，才能夠入選，不能隨意確定，尤其是內閣輔臣在其中所占的比重過重，明顯不公平，他們要求重新議定人選，付之公論。
朱載坖自然是樂的如此，討論的越激烈，朱載坖能夠渾水摸魚的可能性就越大，所以朱載坖下詔同意了重新商量人選的請求，首先是要確定能夠配享太廟的資格問題。
朱載坖親自主持了大朝會，與在京四品以上官員商議此事，禮部尚書徐學謨認為，按照禮記：“凡有功者，銘書于王之大常，祭于大烝，司勛詔之。”那么配享太廟的主要標準就是功績。
而東閣大學士申時行則是引用魏書稱：“昔先王之禮，于功臣存則顯其爵祿，沒則祭于大烝，故漢氏功臣，祀于廟庭。大魏元功之臣功勛優著，終始休明者，其皆依禮祀之。”
功勞、人品，甚至是時代，都有一定的要求。還有一個重要的問題，就是是否要為每一位先帝都配享功臣，按照兩宋制度的話，考索兩宋十三帝的情況，除宋欽宗（趙桓）沒有大臣配享外，其他皇帝都有。
但是唐代就是不是這樣，在初唐和盛唐，基本上每位皇帝都有，高祖、太宗、高宗、中宗、睿宗、玄宗都有功臣配享太廟，但是中唐以后，只要肅宗、代宗、德宗、憲宗又功臣配享太廟。
所以說在是否要給每一位先帝都安排功臣配享太廟，確實是一個問題，朱載坖并沒有第一時間發表意見，而是詢問重臣們對于此事的意見。
首輔張居正的意思是應該取法于宋制，而左都御史海瑞則認為應該取法于唐制，兩人都有自己的道理。</p>