張居正認為，唐代之所以晚唐的君主多沒有功臣配享太廟，主要還是因為中晚唐藩鎮割據，朝廷對于地方的控制能力大為減弱，整個朝廷也沒有說的過去的人才可以配享太廟，實際上處于一種茍延殘喘的狀態，而大明如果也這么的做的話，不是將先帝和晚唐那些樂色相提并論了嗎？
而且前代的所謂配享太廟制度，多不完善，如遼就只有圣宗耶律隆緒廟庭有功臣配享，只有太尉，烏者和北邊拽剌，耶律欲穩兩人配享太廟，難道有遼一代，只有這兩位功勛卓著的大臣嗎？顯然是不可能的，如耶律休哥、耶律斜軫、韓德讓等名將，都是名震華夏的大將，他們都不能配享太廟嗎？
再比如說前元，只有配享武宗海山廟庭的宣慈惠圣皇后弘吉剌·真哥，這些都是蠻夷之風，大明不能夠向他們學，張居正的意思很簡單，就是還是要效仿前宋之制，為所有的先帝都安排功臣配享太廟。
但是張居正的這個建議遭到了左都御史海瑞的堅決反對，海瑞認為，配享太廟乃是人臣所能獲得的至高無上的榮譽，是要垂之后世，昭示天下的，朝廷必須秉持大公至正的原則，嚴格的進行審查，不符合條件的就不能進入太廟，否則配享冗濫，就失去了原本的意義。
對于海瑞的這個發言，很多重臣們表示了支持，不管是曹魏還是唐宋，能夠配享太廟都是一件極為榮耀的事情，雖然看起來兩宋是為每位皇帝都安排了功臣配享太廟的，但是這也導致兩宋的配享制度不穩定，經常有重臣因為其他事情被遷出太廟，然后又再次配享的，雖然這反映了兩宋的黨爭激烈，但是這種行為本身就傷害了配享太廟制度的嚴肅性。
所以海瑞認為，與其這樣的配享，還不如不配享，配享太廟，對于人臣來說，是極為榮耀的事情，也是朝廷對于忠臣良將至高無上的獎勵，所以必須要慎之又慎，一旦作出決定，就不能輕易更改，這是有關朝廷信譽的大事。
大部分的臣子們都支持海瑞的觀點，對于配享太廟，朝廷要慎之又慎，要抱著寧缺毋濫的心態，而在具體的評選標準上，經過大臣們的討論，認為還是要以功勞為主，主要是要有開基創業、拓土平叛、安疆保民、忠心報國這樣品質的功臣才能夠配享太廟，非有大功者不能配享太廟。
朱載坖基本同意了這個觀點，因為按照這個觀點，武臣在配享太廟中的人數比例肯定會大大增加，而同時第一個出局的就是在文臣中呼聲最高的三楊團體，之前關于配享太廟的人選問題上，三楊一向是熱門人選，很多人認為三人均歷仕永樂、洪熙、宣德、正統四朝，先后位至臺閣重臣，正統時加大學士銜輔政。以“三楊”為代表的臺閣體詩文，內容上歌功頌德，粉飾現實；藝術上追求雅正，流于平實。永樂至成化年間，文壇幾乎為臺閣體壟斷。時人咸稱楊寓有學行，楊榮有才識，楊溥有雅操，稱西楊有相才，東楊有相業，南楊有相度。故論我朝賢相，必曰三楊。
所以在配享太廟這個問題上，三楊一向是熱門人選，但是朱載坖首先要否決的就是三楊，原因很簡單，就是棄土，自永樂五年布告天下諸國設交趾布政使司以來，雖屢有叛亂，但成祖以大軍一往，都旋即掃平。20年以來、其地已承大明教化甚深，不在云南、貴州之下，忽然棄之，天下震驚。
雖然放棄交趾有很多不能明言的原因，但是無論怎么說，放棄領土是絕對不能容忍的，如果朱載坖連這個都不顧，而讓三楊配享太廟的話，豈不是鼓勵這些臣子們放棄大明的領土了？雖然放棄交趾是宣宗皇帝所做的決定，但是三楊作為當時的輔臣，肯定是負有不可推卸的責任的。
放棄交趾給大明帶來了極為嚴重的后果，最重要的后果就是對于大明朝貢體系的沖擊，原來的交趾地區是中國內部管轄的地區之一，結果黎利的反抗直接變成了藩屬國的地位，這點給當時的其他藩屬國帶來了很大的影響。黎利的反抗運動可以成功，并且大明皇帝并沒有過分在意這件事，就間接說明大明的國力并沒有之前繁盛，之前交趾發生動亂，成祖就派兵平定，這次同樣發生動亂，居然草草了之。無疑暗示藩屬國，可以進行一定的反叛運動，爭取獨立。
所以朱載坖認為，僅憑這一點，三楊就不能配享太廟，而以這個為標準，孝宗朝的劉大夏等人也肯定是要被予以排除在外的，原因很簡單，當然放棄哈密，也是他們所做的決定，朱載坖的這個條件是硬性條件，只要有棄土這個行為的，不管功勞多大，一律不能進入太廟。
而能夠開疆拓土的，則是要予以重點考慮，這點上朱載坖特意提出來憲宗朝的王越，曾三次出塞，收取河套地區，于紅鹽池之戰、威寧海之戰中兩次遠襲韃靼。因軍功獲封威寧伯，身經十余戰，出奇取勝，動有成算。又提攜后進，籠絡豪俊，深得眾心。
朱載坖認為他雖然有結交太監等一些在文臣們看來所不齒的行為，但是白璧微瑕，仍舊應當予以加賞，朱載坖特旨令王越取代劉大夏配享孝宗皇帝。
除了這些人之外，對于朝廷來說，比較重要的就是于謙的處理方式，之前很多很多官員們都要求將于謙配享太廟，以功勞而論，于謙是絕對足夠的，挽狂瀾于既倒，扶大廈于將傾，對大明來說，于謙絕對是立下了大功的人，以于謙的功勞，配享太廟絕不為過，但是于謙畢竟是被英宗皇帝所殺，雖然朝廷已經平反昭雪了，但是畢竟對于英宗來說是很難堪的事情，所以也有一些臣子們認為保險起見，還是不要讓于謙配享太廟的為好。</p>