對于這個問題，左都御史海瑞認為于謙應當配享太廟，原因很簡單，雖然英宗皇帝確實殺了于謙，但是實在徐有貞等一幫奸佞的欺騙之下才作出的決定，英宗皇帝事后也非常之后悔，英宗在生前也說過：“于謙實有功。于謙始終景泰朝，被遇若一身，死無余貲。”
而且憲宗皇帝在為于謙平反的詔書中也明確說道：“卿以俊偉之器，經濟之才，歷事先朝，茂著勞績。當國家之多難，保社稷以無虞；惟公道而自持，為機奸之所害。在先帝已知其枉，而朕心實憐其忠。”
孝宗皇帝在上諭中也明確說道：“于謙氣稟剛明，才優經濟，兼資文武，茂著聲猷，當皇祖北狩之時，正國步難危之日，乃能殫竭心膂，保障家邦，選將練兵，摧鋒破敵，中外賴以寧謐，人心為之晏然，回鑾有期，論功應賞，不幸為權奸所構，乃隕其身，輿議咸冤。”
大明數代先帝都肯定了于謙的功績，此事天下皆知，若是朱載坖對此事遮遮掩掩的話，反而會讓人家覺得朝廷心虛，所以于謙配享太廟，是當之無愧的。海瑞的這個觀點也得到了張居正的支持，他也認為這是綱常氣節制所在，朝廷正好用此來激勵士子們報效國家。
朱載坖也認為正當如此，不僅僅是要肯定于謙的功勞，更加重要的是要借由此事肯定肅宗皇帝的功績，雖然朱載坖為肅宗皇帝上了尊號，但是在大明的皇帝中，肅宗似乎仍舊有些名不正言不順的意思，朱載坖正好利用這次功臣配享太廟的機會，為肅宗皇帝正名。
所以朱載坖當即決定，于謙配享肅宗皇帝廟庭。
除此之外，朱載坖還欽點了一人配享仁廟，就是原蘇州知府況鐘，雖然況鐘品級不高，僅僅是三品，遠遠比不上這些部堂大員或者是內閣輔臣，但是況鐘作為大明循吏的代表，朱載坖認為仍然是有很重要的意義的，通過將況鐘配享太廟，向天下的官員們傳達一個信息，就是配享太廟并非是高級官員們的專利，只要能夠向況鐘那樣，積極任事，為朝廷，為百姓辦事，朝廷依舊會予以加賞。
在商量完了這些事情之后，朱載坖宣布在內閣的領導之下，會同翰林院、都察院、吏部、禮部、兵部、國史館等相關衙門，共同確定配享太廟的人選。
不過朱載坖現在最關心的就是配享太廟的武臣，朱載坖很清楚，雖然朱載坖三令五申，在選擇配享太廟的功臣上，不分文武，惟以功績論，但是朱載坖很清楚，指望這幫大明文官們干這件事情，顯然是不太可能的，他們不光有文武之爭，還有門戶、出身、鄉里、學派等各種各樣的分歧，在配享太廟這么大的榮耀面前，雖然文官們內部有各種各樣的矛盾，但是如果朱載坖不加以干預的話，那是肯定會整出一份讓朱載坖很無語的名單的。
朱載坖于是召集勛臣、參贊軍務大臣們，一道在一旁商量應該讓那些勛臣武將配享太廟，第一個就是保國公朱永，作為繼張輔之后勛臣中能夠拿的出手的名將，朱暉也算是非常不錯的將領了，前后八佩印，征荊襄、延綏、建州諸賊，戰果也算是說的過去了，讓朱永配享憲宗皇帝，也算是一個不錯的選擇。
除此之外，勛臣們還向朱載坖舉薦定襄伯郭登，他是郭英的曾孫，也是勛貴武將中的佼佼者，土木之變中，郭登奉命隨從護衛至大同府，被超拜為都督僉事、參將，輔助廣寧伯劉安鎮守大同。七月，成國公朱勇等戰死于鷂兒嶺，英宗及群臣倉促商議回師之事，郭登向隨行的閣臣曹鼐、張益建議從紫荊關回師，但是不聽。
等到英宗被俘，也先率軍帶著英宗在大同索要財物的時候，郭登與劉安及侍郎沈固、給事中孫祥、知府霍瑄等出城拜謁，伏地痛哭，將二萬余兩白銀及宋瑛、朱冕、內臣郭敬的家產進獻給英宗，以賜給也先等。這天晚上，敵軍在城西扎營。郭登企圖派精銳前去劫營迎駕，可惜沒有成功。
郭登也是勛臣中戰功卓著，而且文武兼備的人才，郭登統兵多次擊敗也先，斬獲上千，極大的提振了官軍在土木之變后的士氣，朱載坖也同意了勛臣們的建議，以郭登配享英宗皇帝。
除此之外，朱載坖還決定以太保兼太子太傅、左都督、大同總兵官周尚文配享世宗皇帝，周尚文是嘉靖朝名將，為人多謀略，擅長騎射，有“飛將軍”之稱，在馬芳之前，周尚文是唯一能夠和俺答抗衡的官軍大將。
但是朱載坖很清楚，還有一位重量級人物沒有處理，就是王守仁，雖然朱載坖有意冷處理此事，但是很顯然，現在朝廷內外心學門徒甚多，前首輔徐階、李春芳通過密疏向朱載坖陳述王守仁的功績，請求將王守仁配享武宗皇帝，而在朝廷內部，翰林學士知制誥趙志皋、禮部左侍郎署理藩院事羅萬化等一眾臣子，紛紛向朱載坖上疏，認為王守仁功績彪炳，理應配享太廟。
但是首輔張居正卻向朱載坖上密疏，希望朱載坖不要將王守仁配享太廟，張居正的不支持王守仁配享太廟的理由很簡單，之前在李春芳擔任首輔的時候，已經讓王守仁陪祀孔廟了，對于王守仁來說，尊榮已極，無以復加了，現在這些王學子弟還想要王守仁陪祀太廟，張居正認為這不可行，魚和熊掌不可兼得，朝廷不能將心學抬的太高，否則到時候就會反噬朝廷的。
現在心學門徒本就人數眾多，在朝廷內外擁躉不少，朝廷要是再將王守仁的地位拔的過高的話，形成尾大不掉之勢，到時候麻煩的是朝廷和朱載坖，所以張居正在密疏中建議朱載坖以王守仁已經陪祀孔廟為由，否決令其配享太廟的提議。</p>