朱載坖很清楚，太祖成祖和仁宗宣宗這四位是沒有什么大的爭議的，真正爭議比較大的主要在英宗、武宗、世宗這幾位上。
關于為英宗配享太廟的功臣，除了朱載坖所指定的郭登之外，群臣們只要有兩個人選，一是李賢，二是王直，王直是在土木之變發生后堅定支持于謙守衛京師，而李賢則是在英宗奪門之變后穩定朝局，最終除掉石亨、曹吉祥等一干所謂的奪門功臣。
當然李賢最大的功勞還是定策元勛上，朱祁鎮病危時，臥于文華殿。正好有人向朱祁鎮離間太子朱見深，朱祁鎮被讒言動搖，暗中告訴李賢此事。李賢叩頭伏地說道：“這樣的大事，愿陛下三思。”朱祁鎮說：“那么一定要傳位給太子嗎？”李賢又叩頭說：“如此則宗廟社稷幸甚。”朱祁鎮起身，立即派人召朱見深來。
所以朱載坖最終選擇李賢配享太廟，朱載坖說道：“李賢河岳之英，鐘為哲人。體貌明粹，踐履真淳。潛心六籍，濯舊來新。不二以止，乃翕而信。受知英皇，忠信日親。密勿帷幄，人望如神。太平宰輔，定策元勛。當以之配享英廟，以全君臣之義也。”
至于肅宗，則以于謙一人配享肅宗皇帝，憲宗皇帝則以商輅、彭時予以配享，孝宗則以王恕、王越配享太廟。
麻煩事武宗和世宗兩位，武宗皇帝應該由誰來配享太廟這是朝廷之上現在激烈爭論的地方，對于武宗皇帝的配享功臣，朝廷上有不同的看法，最開始內閣議定的是李東陽、楊廷和，但是楊廷和被朱載坖勾去了，李東陽朱載坖并沒有表達反對。
但是頭疼的是王守仁，現在不少的官員們都在上疏就王守仁是否應該配享太廟的問題進行討論，理學派的臣子們認為王守仁雖然有平叛大功，但是他的學說為世人所詬病，不應當予以配享太廟。
但是心學出身的官員們認為，王守仁不但對大明有大功，自然是應當配享太廟的，兩派官員為此互相攻訐，爭斗不休，朱載坖于是問道：“諸位認為呢？”
張居正已經表明過自己的態度了，所以此時選擇閉口不言，朱載坖于是問道：“申學士狀元出身，學問自然是極佳的，不知道申卿怎么看現在心學與理學之爭呢？”
朱載坖的這個問題讓申時行有些頭疼了，這個問題現在是朝廷最激烈的問題，心學與理學之爭，現在已經到了不可調和的地步，以申時行的性格，是不愿意介入這些爭端的，但是現在朱載坖都親自問道此事了，申時行也不得不表態了。
申時行思索再三之后說道：“陛下，其謂崇王則廢朱者，不知道固相成，并行不悖。蓋在朱時，朱與陸辯，盛氣相攻，兩家弟子有如仇敵；今并祀學宮。朱氏之學，昔既不以陸廢，今獨以王廢乎？大抵近世儒臣，褒衣博帶以為容，而究其日用，往往病于拘曲而無所建樹；博覽洽聞以為學，而究其實得，往往狃于見聞而無所體驗。習俗之沉錮，久矣！故心學與理學，皆有可采。”
這就很申時行了，申閣老的不出意外的準備和了，但是禮部尚書徐學謨就沒有這么好的脾氣了，雖然他是申時行的兒女親家，但是在這個問題上，徐學謨的看法顯然和申時行不一樣，徐大宗伯的看法是對心學不利的。
徐學謨認為，王守仁本人確實對大明功勞甚大，他所提出來的格物致知的心學也是極為深刻的，但是現在的心學門徒根本不是這個樣子的，不僅在功業上完全無法和王守仁相比，而且往往借由所謂的心學，聚集朋黨、擾亂朝政，尤其是像什么顏山農、何心隱這樣的狂徒，到處宣傳自己的學說，帶壞風氣，流毒天下，法司卻無動于衷。
所以徐學謨認為這根本不是什么心學和理學之爭的問題，而是這些人借著心學的名義，準備結黨擅權罷了，徐學謨的這個判斷，深得朱載坖和張居正的認同，現在這些所謂的心學門徒，每日里不是聚眾講學清談，就是在官員之間高竄連，充當政治掮客，這些人確實是非常之討厭。
所以由此，徐學謨認為鑒于現在這種情況，不能將王守仁配享太廟，否則的話，這些心學門徒就會更加猖獗，到時候前宋朋黨之爭再現，大明亡國不遠矣！
對于徐學謨的進言，朱載坖也認為確實是很有道理的，而且從朱載坖的角度來說，他也不認為王守仁能夠配享太廟，王守仁的功業主要是平定寧王之亂和兩廣徭亂，確實是為大明立下了大功，但是距離能夠配享太廟的軍功，恐怕還有些距離。
旁的不說，張輔有南征拓地滅國之公，王越奇襲威寧海，達延汗巴圖蒙克（小王子）僅以身逃。此役，官軍生擒幼男婦女一百七十余一人，斬首四百三十七級，獲旗纛十二面，馬、駝、牛、羊共六千余只，盔甲、弓箭、皮襖等一萬余件。
郭登、周尚文等人也都是在抵御北虜的過程中立下的大功，其軍功的成色肯定是遠遠高于王守仁的平定寧王之亂和兩廣瑤亂的，而且最重要的是朱載坖已經將王守仁陪祀孔廟了，在配享太廟就有些過分了，朱載坖不想給自己和日后的皇帝們制造出一個大麻煩來，所以這些王守仁配享太廟之事，朱載坖也認為不可行。
但是朱載坖作為皇帝，肯定是不能親自提出此事的，要有一個有分量的臣子來提出此事才行，朱載坖覺得徐學謨就不錯，首先他作為禮部尚書，在這件事情上就有發言權，而且徐學謨本人確實是剛直不阿的性格，對于心學業確實不感冒，所以看起來徐學謨就是最合適的人選。
朱載坖命令徐學謨將有關事項，條陳上疏以聞，這樣朱載坖才有借口來否決此事。</p>