對于這些僧人，朱載坖自然是沒有什么好臉色的，從嘉靖死后，朝廷上下對于道士是十分防備的，但是對于僧人，反而有些優容。但是現在朱載坖不會繼續優容下去了，而且張居正也對于這些和尚極為不感冒。
在張居正的親自干預下，禮部很快就擬定了相應的辦法，現在的問題是僧人太多，已經影響到大明朝廷了，所以禮部很快就向朱載坖上疏稱：“今僧眾不耕而食，不蠶而衣，且又不當本等差役，可謂食之眾而為之不舒矣。其軍民壯丁私自披剃，而隱于寺觀者，不知其幾何。民食不足，府藏之空，職此之由，若不通查僧道之數，以示再度之禁，則游食之徒，何有紀極。”
禮部認為要嚴厲限制這些僧人的數量，嚴禁私自剃度，禮部奏請節制僧道數量，規范僧道行為，禮部認為，對于已經獲取度牒的僧道，禮部要進行相應的監督與管理，不符合者會被淘汰。“凡各寺觀住持有缺，從僧道官舉，有戒行通經典者，送僧錄道錄司，考中具申禮部，奏聞方許。州縣僧道未有度牒者，亦從本司官申送如前考試，禮部類奏出給。凡內外僧道二司，專一檢束天下僧道，恪守戒律清規違者，從本司理之，有司不得與焉。若犯與軍民相干者，方許有司懲治。”
同時要對于這些僧人加以管束，約束他們的行為，不要以為狗頭一剃，頭頂戴個九筒，就跳出三界外，不在五行中了，禮部要制定發布僧道禁約，規范其行為舉止，如有違反者，嚴懲不貸。
而在申時行的領導之下，很快拿出了一整套的祠祭措施，朝廷在南北兩京設立憫忠祠和賢良祠，用以祭祀死于國事者和忠臣良將，而在各省府也要設立賢良祠，祭祀本地的忠臣良將，而憫忠祠的設立就更加廣泛了，從南北兩京到各府州縣，都要設立，各府州縣憫忠祠主意是祭祀死于此地或者原籍在此的死于國事者。
同時要收集從大明建國以來死于王事者的名單，對于一些大的戰場，如土木堡等地，朝廷也要專門立廟祭祀，撫慰忠魂，申時行的這個上疏得到了朱載坖的批準，同時行文官軍各部，日后凡是軍士戰死沙場者，朝廷要予以及時收斂，即便是因為條件所限，無法及時收斂的，也要帶回骨灰或者遺物，以褒揚烈士。
所有的這些陣亡士卒，不但在憫忠祠統一收錄，由朝廷歲時祭祀，還要將這些士卒的名單、神主牌送回其家鄉憫忠祠，接受家鄉百姓和地方官府的供奉和祭祀，同時在太常寺下設祠祭署，專門負責祠祭一事，同時命令地方官員、生員等歲時祭祀，必須親力親為，祭祀憫忠祠、賢良祠，以示朝廷褒忠獎義之舉。
同時朱載坖還舉一反三，下旨效仿漢唐云臺和凌煙閣之故事，繪功臣圖畫，于西苑之內予以留存，朱載坖選定的地方是原來西苑太液池邊的一座平臺，原本為一土磚壘成的四方平臺，臺高數丈，上建黃頂小殿，武宗皇帝時用于檢閱親兵騎射。
朱載坖特地下旨，在此地營建紫光閣，用于懸掛大明功臣畫像，凡是對大明有開疆拓土、力挫強敵的大將名臣，都要繪圖于紫光閣，用以紀念。
這是對于大將們的殊榮，從大明開國到現在，所涌現出來的名將甚多，要選取其中功勞最大人，繪圖紫光閣，當然首先是開國功臣和靖難功臣的，這里面確實存在一個問題，就是很多開國功臣都被太祖所誅殺了，這些人要不要繪圖紫光閣。
朱載坖對此的回復是很明確的，朱載坖對于這些疑問，回復群臣道：“昔唐太宗不以侯君集之罪，而泯其功，太祖亦不泯其功，朕豈能為？”
朱載坖的回答是很清楚，就是有些功臣雖然事后因為種種原因被殺，但是太祖皇帝從未因此而抹殺他們的功勞，而且當年即便是侯君集謀反，唐太宗也沒有將其從凌煙閣予以撤換，這點肚量，朱載坖還是有的。
于是在朱載坖的詔令之下，開始選定繪圖功臣，在開國功臣中，朱載坖選定了魏國公徐達、鄂國公常遇春、韓國公李善長、曹國公李文忠、宋國公馮勝、衛國公鄧愈、信國公湯和、潁國公傅友德、涼國公藍玉、郢國公馮國用、黔寧王沐英、景川侯曹震、長興侯耿炳文、定遠侯王弼、武定侯郭英、德慶侯廖永忠、誠意伯劉基。
而在靖難功臣和成祖時封爵的功臣中，朱載坖選定了榮國公張玉、成國公朱能、淇國公丘福?、涇國公陳亨、鎮遠侯顧成、西寧侯宋英、陽武侯薛祿、廣寧伯劉江。
而在太祖成祖之后的武將之中，朱載坖選定了英國公張輔、保國公朱永、潞國公馬芳、順寧侯俞大猷、蓬萊侯戚繼光、玄菟侯李成梁、定襄伯郭登、昌平伯楊洪、左都督周尚文、左都督沈希儀。
同時朱載坖還選定了一個極為棘手的人，就是朱文正，朱文正鎮守洪都，屏翰西南，非骨肉重臣不可以守。陳友諒帶六十萬大軍圍洪都。朱文正數度摧其鋒芒，堅守85日等到太祖親自率兵來援，陳友諒撤圍退入鄱陽湖，與朱元璋對峙。朱文正又斷陳友諒糧道，友諒遂敗。再派遣何文輝等討伐未附州縣。平定江西時，朱文正居功多。
但是后來，由于朱文正有功暫未封賞，發怒，遂失常度，任部將掠奪其下妻女。按察使李飲冰上奏朱文正驕侈觖望，朱元璋遣使責罵。朱文正懼怕，李飲冰又上奏朱文正有異心。朱元璋立即坐船到城下，召朱文正來。朱文正倉卒出迎，朱元璋說了好幾次：“你打算干什么？”遂押回京城，馬皇后勸解說：“此兒只是個性剛強，無其他。”被免官軟禁于桐城，一直到死，太祖封其子為靖江王，追封其父為南昌王，唯獨對他沒有封賞。</p>