朱載坖在收到了張居正的密疏之后，立即召見了張居正。
張居正當然也知道朱載坖為什么要召見自己，張居正到了文華殿之后，朱載坖問道：“張師傅這密疏，朕以為很有意思。”
雖然朱載坖沒有明說，但是朱載坖很明顯對此事是不滿的，朱載坖為什么要提拔這些工匠、翰林醫官，然后開設明法、明算等科目，本質上就是要在大明朝廷內部建立伎術官隊伍，朱載坖是很清楚這些伎術官的作用的，但是要是按照張居正的這個方案，即便是在伎術官體系中，擔任正印的仍然是那些進士、舉人出身的官員，這樣一來，明法、明算即便是考上了，在待遇方面可能還不如從吏員考選上來的官員，這怎么能夠為朝廷選拔人才。
這是朱載坖所不喜歡的，所以朱載坖就此事召見了張居正，將自己的看法告知了告知了張居正，朱載坖的想法很簡單，明法和明算兩科都是極為重要的，明法事關朝廷的司法，朱載坖認為雖然朝廷已經設立了大理寺分司、巡檢司、州縣推官、縣尉等專門的法司管理來負責處理司法案件，試圖將司法權從地方正印官的手中剝奪，但是這些司法官員大部分都是儒學出身，對于律條并不是很了解，所以朝廷要專門設立明法科。
設立明算科的目的也是如此，現在朝廷要建立起預算、決算制度，同時都察院、戶部要履行相應的檢查職能，這些都需要大量的算學人才，對于朝廷來說，確實是需要大量的相關人才，才能夠支撐起這些衙門的運行。
當然朱載坖也有意降低這些儒臣的地位，提高官員中非儒學背景出身的數量，但是張居正顯然是明白朱載坖的意圖，所以在這份密疏中，張居正提出了相應的辦法，請求選派進士、舉人接受明法、明算教育之后任官，以保證儒學出身的官員仍舊在司法和財政系統中占據主要位置。
在這點上，張居正也有自己的看法，首先，張居正雖然支持改革，但他自己也是科舉制度的受益者，而且張居正很清楚，現在大明官場的主力和中堅仍然是科甲出身的官員，朝廷固然是要推動改革，引進專門人才，但是對于大明整個官場來說，則是必須要保持穩定。
這點是張居正這個首輔的責任，張居正很清楚現在的情況，大明的官員們在這方面是很敏銳的，一旦朱載坖盲目下達詔令，恢復明法、明算兩科，在這些科甲出身的官員們看來，肯定是沖擊了科甲出身的官員的地位，他們必定會群起而反對的，朱載坖雖然控制了廠衛，但是面對這個官僚機器的反對，一樣也只能徒喚奈何，在這些問題上，大明官員是會非常團結的，張居正正式看到了這點，所以才通過密疏的方式向朱載坖建議，要采取折中的辦法。
朱載坖也當然那明白張居正的意思，朱載坖問道：“以張師傅之見，明法、明算兩科，應該如何安排？”
對于這個問題，張居正早就有了一整套的辦法，首先，張居正認為，明法、明算兩科出身要予以限制，現在進士出身不過八品，明法、明算肯定是要是更低才行，這樣才能夠保證科甲的絕對主導地位，在這點上，朱載坖也是同意的，科舉現在是畢竟是大明的正途出身，當然是要和明法、明算相區別的。
張居正認為，明法可給正九品出身，明算可給從九品出身，雖然出身低微，但是也比吏員要好，畢竟是官，這點已經超過了很多人了，所以朱載坖對于這個提議并沒有反對，朱載坖自己也很清楚，在科甲出身的官員們看來，不管是明法還是明算，其實都是雜流出身，比之舉人還不足，也就比吏員出身的好強一點。
對于這個安排，朱載坖認為并不過分，同時在考試科目上張居正認為雖然是明法、明算，主要以考察對于法律和算學專業知識為主，但是儒學也必不可少，張居正認為，要以儒學定去留，專科定高下，也就是說，對于儒學不能達到標準的人，即便是他的法律或者算學考的再好，也不能錄取，而在排名的時候，可以按照他們的專業成績來排名，如此以來，盡可能減少對于明法、明算對于科甲的沖擊。
朱載坖并沒有立即表態，還是請張居正繼續陳述意見，張居正認為，現在朝廷正是用人之際，等到開科取士，在經過培訓，分配職務，已經是數年過去了，朝廷等不了這么漫長的時間，為了彌補朝廷的人才匱乏情況，應該從進士、舉人中選拔愿意學習明法、明算科的人，送國子監、律例館等地培訓之后，經過考核，授予相應的職務，然后到朝廷任職。
同時張居正還提出了一個最重要的問題，就是限制明法、明算科出身的官員品級，這其實也是大明的慣用套路了，在大明初年，吏員出身升任部堂者也大有人在，但是從科舉成為大明官員出身的主流之后，對于大明來說，就逐漸開始限制非科舉出身的官員職務了。
從宣德以后，吏員出身的沒有再擔任部堂的了，即便如況鐘這樣天下聞名的清官，雖然官加三品，其實還是不過一任知府，實際上是干的四品知府的活，其他人基本上都沒有四品的可能了。
現在大明對于吏員出身的官員，默認的潛規則就是不過官不過五品，位不及同知，基本上主要是以通判，布政司參議，按察僉事為他們宦海生涯的頂點。
張居正認為明法、明算當然要比吏員出身好一些，但是也應該予以限制，明法最多三品，明算最多四品，而且不能擔任地方州縣正印官，明法、明算主要在自己相關的衙門中升遷，沒有特殊情況不能外調其他衙門。
張居正認為這樣可以盡可能的減少明法、明算對于科甲的沖擊。</p>