朱載坖認為，要由朝廷來確定總督、巡撫衙門的的內設機構和執掌，同時派遣朝廷官員和經制吏員到督撫的衙署中，同時總督和巡撫各有側重。
巡撫的主要職責是安定地方，協調布按等地方衙門辦公，在戰時保證軍儲、軍需，在必要時候指揮衛所官軍負責城防、邊防等事項，總的來說巡撫的職權是負責地方行政、司法和監察事務的高級文官，負責對于轄區的政務、錢糧、刑名、邊防等進行管理，僅僅賦予有限的軍事權力。
而總督則是傾向于軍務的官員，總督負責總領轄區軍務，統帥轄區內水陸官軍，制定戰守征伐之策，平時負責督促水陸官軍訓練，監察各級軍官是否稱職，各路官軍軍器裝備是否完好，督運軍餉、軍糧等事，在戰時，總督負責與提督一道制定戰守之策，負責戰役策劃，提督、總兵負責具體實施，同時在戰時總督總管轄區事務，督促巡撫等官員轉運糧餉，供應軍需，檢查軍功，執行朝廷的命令。
總的來說，巡撫負責行政、后勤，而總督則專注于軍務，在戰時則是地方最高長官，但是在平時一般不干涉巡撫行政。
朱載坖和重臣們之所以做這個安排，其實也是為了平衡督撫之間的關系，之前大明的督撫經常有互相攻訐的事情，原因就是督撫之間的職權重疊，為了爭奪權力，往往互相傾軋。
按照朝廷的設置，總督負責地方軍事，而巡撫則專管民政，兩者職權存在重疊。這制度初衷是為了防止地方官員自重，避免他們成為“土皇帝”。然而，由于職權交叉，總督與巡撫之間常常摩擦不斷，引發官員內斗的風險。
朱載坖在和重臣們商量了之后認為，還是要在督撫之間搞平衡，雖然朝廷要盡可能的厘清督撫之間的權責，但是同時也要使得督撫之間大小相制，內外相維，互相之間形成制約，而在戰時，又必須要保證總督的絕對權威，保證戰事的順利進行。
所以經過朱載坖和重臣們的商量，決定巡撫的職權主要是宣布德意，撫安齊民，修明政刑，興革利弊，考核群吏，會總督以昭廢置，而總督的職權是厘治軍民，綜制文武，察舉官吏，修飾封疆，以定戰守。
雖然總督和巡撫都是地方大員，而且總督和巡撫同時具備單獨奏表的權力，在處理地方事務時，既各有側重即權力分置，又在很多層面上有交叉和協作即權力重疊，只有這樣的辦法，才能夠保證這種權力格局在實際運行中既造成督撫之間的掣肘之勢，又能夠有效的處理政務軍務，保證行政效率，也要兼顧制衡。
以這個思維為主導，朱載坖要求重臣們制定督撫衙門的架構和內設官員，主要的問題就是既要保證督撫們擁有足夠的權力，以統帥大軍，安定地方，又要防止地方出現藩鎮化的傾向，所以在這個制度下，督撫之爭是必然的，但是又必須是可控的。
首先要進行規劃的就是巡撫衙門的設置，作為一省的最高長官，巡撫衙門當然是最重要的機構了，巡撫衙門要總覽一省的大小庶務，同時還承擔著監察通省官員的重任，所以對于巡撫衙門的重要性，朱載坖是很清楚了，之前直接按照朝廷六部設立六房的辦法確實是有一些合理性，但是這樣并不能夠體現巡撫的重要性。
要想規劃巡撫衙門的下屬衙門和屬官，就要先理清朝廷各部院和巡撫的關系，因為在實際的政務處理過程中，巡撫和部院發生沖突齟齬的事情是很多的，首輔張居正就說道：“陛下，夫各部用其權，以裁制督撫，若不量地方之情勢，則善政幾不得舉行；督撫張其權，而輕視各部，又破壞一部之機關，而政令幾同于虛設；彼此之姐齲尚小，而事機之貽誤實多。”
這點確實是朱載坖要考慮的事情，張居正認為：“誠宜明定職權，劃分限制，以某項屬之各部，雖疆吏亦必奉行；以某項屬之督撫，雖部臣不能摻越；如此則部臣疆吏于其權限內應行之事，無所用其推誘，于其權限外侵秩之事，無所施其阻撓，庶政策不致分歧，而精神自能統一矣。”
張居正的這個觀點，確實是能夠解決部分問題，使得部院和巡撫的矛盾減少，但是部院和巡撫還有一個重要的矛盾，就是對于地方監司的管理問題，部院一般是不會干預地方府州縣行政的，但是部院常常繞過巡撫直接給地方監司下達命令，這確實是激化巡撫和部院矛盾的一件事情。
因為在部院看來，巡撫并不是朝廷經制之官，而是欽差，真正朝廷的經制之官，是布按兩司，部院往往直接繞過巡撫下令，被巡撫認為是干擾地方行政。雖然現在雖然督撫權力擴張，布、按二司即已被確定為督撫屬吏，但布政司在財政事務上須直接對戶部負責，不必通過督撫。按察使司也必須對刑部負責，所以很多時候部院和巡撫也存在很大的矛盾。
一些強勢的巡撫們就認為：“國家設官，內外各有責成，各部司員，受成于堂官，而不得徑行之于疆吏。各省僚佐，察承于班吏，而不能徑達于部曹，此內外之權限也。如部臣以疆吏為不足問，而與司道直接，則疆吏為虛設。”
他們認為部院越過巡撫直接干涉布按二司，使得巡撫、總督這樣的封疆大吏無法有效行使職權，但是部院又認為布按二司在具體政務上是要對部院負責的，所以部院直接給布按二司下達命令也是合情合理的，雙方為此爭執不休。
這個問題現在也擺到了朱載坖的面前，朱載坖必須首先解決這個問題，才能夠推動后面的改革。</p>