這次的交鋒對于張居正來說可謂是虧大了，洪朝選一個刑部尚書換掉了張瀚一個吏部尚書，對于張居正來說無疑是虧麻了，使得張居正能夠有效的掌握吏部，現在已經成了一個問題，自己倒真是小看了申時行，雖然申時行一向低眉順眼的，但是每想到動起手來是一點都不客氣，出手就是殺招。
既然申時行已經出招了，張居正自然也不會客氣了，在張居正的授意下，大批官員們上疏彈劾禮部尚書徐學謨，彈劾徐學謨的原因也很簡單，就是徐學謨不當擔任禮部尚書，因為自從正統以來，禮部尚書非翰林不授，惟席書以言“大禮”故，由他曹遷；萬士和不由翰林，然先歷其部侍郎。學謨徑拜尚書，有違國朝定例，應當予以罷免。
而且言官們認為，徐學謨之所以能夠超拜禮部尚書，是因為他和大學士申時行的姻親關系，他們不僅是蘇州鄉黨，還是姻親，理應將徐學謨的禮部尚書予以罷黜，不得不說張居正的反擊是非常之凌厲的，張瀚剛剛被罷黜，張居正就立即準備將徐學謨拉下馬，而且徐學謨是現在申時行在部堂中唯一的堅定盟友，要是將徐學謨攆出朝廷的話，對于申時行來說是極為不利的。
但是御史彈劾的理由使得申時行不得不避嫌，畢竟徐學謨和他確實是鄉黨，而且是姻親關系，申時行也遭到了彈劾，不得不閉門待參，眼見事情鬧得越來越大，朱載坖也不想因為此事搞得整個朝廷不安寧，于是召見了首輔張居正，朱載坖說道：“眼下朝局不穩，首輔還要多盡心啊。”
張居正趕緊答應下來同時請求朱載坖下旨讓申時行回內閣視事，但是對于徐學謨的事情，張居正絕口不提，朱載坖明白張居正的意思，就是要將徐學謨拉下馬來，好剪除申時行在六部的勢力，對于這些大臣之爭，朱載坖是不愿介入的，但是朱載坖的底線是不能因此影響朝廷的穩定，在交代了此事之后，朱載坖命令東閣大學士申時行回閣理事。
而徐學謨也確實是頂不住這么多官員的上疏，主動請辭，朱載坖也予以批準，調徐學謨擔任操江提督，眼下六部尚書去位一半，朱載坖很清楚，不能因為此事影響到了朝廷想行政，必須從速決斷，免得事情遷延。
朱載坖于是不等臣子們上疏，直接下達上諭，調太常寺卿楊時喬升任禮部左侍郎署部事，楊時喬是嘉靖四十四年的進士，頗有治績，朱載坖對他有印象是因為在朱載坖即位之初，楊時喬就向朱載坖上疏，陳述大明現在的弊端，楊時喬在奏疏中稱：“幾之當慎者三，以日勤朝講為修德之幾，親裁章奏為出令之幾，聽言能斷為圖事之幾。弊之最重者九：曰治體怠弛，曰法令數易，曰賞罰無章，曰用度太繁，曰鬻官太濫，曰莊田擾民，曰習俗侈靡，曰士氣卑弱，曰議論虛浮。勢之偏重者三：宦寺難制也，宗祿難繼也，邊備難振也。”
后來朱載坖將他外放地方，在地方上楊時喬推行新政也頗為得力，而且楊時喬是從湛若水弟子呂懷，對于現在大明好談玄的風氣極為不滿，楊時喬曾經上疏給朱載坖稱：“佛氏之學，初不溷于儒。乃汝芳假圣賢仁義心性之言，倡為見性成佛之教，謂吾學直捷，不假修為。于是以傳注為支離，以經書為糟粕，以躬行實踐為迂腐，以綱紀法度為桎梏。逾閑蕩檢，反道亂德，莫此為甚。望敕所司明禁，用彰風教。”
朱載坖用他署禮部事，就是要整頓官風士風，扭轉這種好空談的風氣，除了禮部之外，最重要的自然是吏部了，朱載坖很快就有旨意傳出來，而且是令很多人想不到的旨意，朱載坖任命左副都御史溫純為吏部左侍郎，這大大出乎了所有人的意料，他們怎么都沒想到是溫純擔任吏部左侍郎。
溫純是陜西三原人，嘉靖四十四年進士，雖然看起來資歷不深，但是從知縣、御史、巡按御史、巡撫、都御史都曾經擔任過，入仕之后主要就是在都察院工作，是言官中的佼佼者，溫純確實是個不錯的官員，在擔任左副都御史的時候，從自身做起，一切從簡垂范下屬。懲惡吏、獎忠義、褒廉孝、勸耕讀，力扼佛堂寺廟建造之風。得到左都御史海瑞的贊許。
更加重要的是，溫純的老師是原吏部尚書王用賓，雖然王用賓已經故去，但是他可是在嘉靖朝為朱載坖有保駕之功的，朱載坖即位之后，曾經請王用賓出山，但是被王用賓以老病為由所拒絕了，王用賓向朱載坖舉薦了一人，就是溫純，王用賓認為溫純正直，必能毅然自立，不負君國。
所以朱載坖對于溫純在暗地里是很關注的，對于溫純也很滿意，這次果斷決定啟用溫純為吏部左侍郎，除了王用賓當年的推薦之外，還有一個很重要的原因，就是溫純在朝廷無黨無群，讓在吏部，充當朱載坖的眼睛是很重要的。
見朱載坖已經任命了禮部尚書和吏部左侍郎，僅剩吏部尚書的人選沒有確定，張居正果斷上疏向朱載坖推薦方逢時，希望朱載坖能夠任命方逢時為吏部尚書，而申時行也向朱載坖上疏，力推王錫爵。
朱載坖一時之間有些拿不定主意，方逢時也算是有能力的重臣了，而且朱載坖很清楚，張居正作為首輔，如果不能控制吏部的話，威望將大為降低，朱載坖還需要張居正幫他推動新政，而且現在吏部已經有溫純了，調方逢時來似乎也不錯。
但是另一方面來說，申時行在六部中的唯一支持者徐學謨已經被趕走了，現在申時行的實力確實不濟，朱載坖應當予以扶持，而且王錫爵也算是朱載坖所看好的臣子，這其中的取舍，確實是讓朱載坖有點無法決定。</p>