在豐臣秀吉撤離之后，將留守京都的部隊也全部撤走了，而李如松所統帥的官軍卻沒有第一時間前往接受京都，要知道京都再怎么說這些倭國的首都，還是有很多富商豪門居住在此的，在豐臣秀吉撤軍之后，京都就陷入了混亂之中，各種浪人、流氓就都出來來，這使得京都的這些富戶有些擔憂了，雖然他們也豢養了一些浪人，但是一旦京都大亂的話，對于他們來說絕非好事，所以他們趕緊派人請求李如松的大明官軍迅速進駐京都，維持治安。
但是李如松表示，官軍在之前和倭軍的交戰中損失過大，需要休整，暫時不便進駐京都，這些富戶們當然明白了李如松的意思，趕緊湊了十萬兩銀子犒賞官軍，李如松收了銀子之后將銀子散給了官軍士卒，然后拔營起寨，向京都進發，但是伏見城原本距離京都很近，官軍行軍卻極為緩慢。
而原本在城內小打小鬧的浪人、土匪，聽說官軍大軍開拔之后更是加緊機會在京都城內打家劫舍，甚至開始放火焚燒這些富戶的房屋，越來越多的人開始加入劫掠的行為，官軍的尖哨將李如松匯報京都城內起火了之后，李如松當即命令官軍立刻開始行動，官軍以騎兵封鎖京都各門，然后步卒入城，以維持京都秩序，打擊暴徒劫匪為由在京都大肆清剿，當然清剿的主要對象就是這些劫匪和倭國的富戶，不從他們手中弄出些銀子來，官軍士卒們怎么肯罷休。
而在京師，大明朝廷也在討論今后的經略之策，從徐渭的奏疏來看，官軍在倭國是連戰連捷，很快就能夠將德川家康和豐臣秀吉予以消滅，大明控制倭國已經是時間問題了，朱載坖這個時候才將徐渭之前的倭國善后疏拿出來交閣部重臣討論，商討倭國的善后事宜和大明的下一步行動。
徐渭對于倭國善后事宜，提出了一整套完整的方案，主要是消弭倭國的抵抗力量，對于倭國進行無害化處理，使得倭國不再能夠對大明造成威脅，對于徐渭的這個奏疏，朱載坖和重臣們是贊同的，按照徐渭的的這個方法，能夠將倭國控制住，而且要利用倭國的金銀、銅料、硫磺等資源為大明所用，將倭國逐步予以同化，為最后的郡縣化提供條件。
而對于大明今后的經略方向，則是朝臣們所激烈辯論的，不少官員們認為，大明從開海以來，海上的貿易為大明帶來了巨大的好處，不僅緩解了朝廷的財政危機，而且從南洋來的糧食等各種物資對于大明來說也是極為重要的的，所以很多少壯派的官員們認為朝廷應該將經略的重點放到南方和海上，因為海上可以給朝廷帶來更加豐厚的利益。
而也有相當一部分官員認為，九邊依然是大明要重點關注的地方，盡管大明和土默特部已經達成了和議，現在大明和土默特部之間的關系是比較和諧的，但是土蠻仍舊不恭順，西番和瓦剌也盤踞在西域，這些都會對于大明的國土安全構成威脅，所以朝廷還是要維持太祖、成祖皇帝所定下的國策，以東南之錢糧，養北地之士卒，在九邊和京營維持一支龐大的軍隊。
對于這兩種意見，官員們互相爭論，吵的不可開交，朱載坖也召集閣部重臣們一道商量此事，對于朝廷下一步經略的對象，朱載坖認為當然是要轉向南方，轉向海洋，對于大明來說才是攫取利益的最好方向，大明要成為一個海上強國。
兵部尚書王崇古則認為現在北部邊防形勢雖然比之嘉靖年間有了很大的改善，但是北部邊防仍然要予以重視，王崇古認為，土蠻部仍舊是大明在東北的嚴重邊患，如果朝廷對于土蠻不加重視的話得，假以時日，土蠻部必然成為朝廷在東北方向的重要威脅。
除了東北的土蠻部之外，還有西域也是要重視的地方，雖然朱載坖出兵收復了哈密和關西七衛，但是西域的局勢仍舊是非常混亂的，海虜被官軍驅逐到西域去了之后，使得瓦剌在西域的力量得到了增強，現在瓦剌部在西域大肆兼并這些小國家，一旦瓦剌部做大，對于大明絕對會構成極大的威脅。
還有之前被官軍逐出河套的鄂爾多斯部，也在休養生息之后試圖重新奪回河套，和官軍的摩擦也是越來越多了，這些都是要值得重視的問題，雖然王崇古也承認南方和水師的重要性，但是王崇古認為，必須要在京師和京師附近維持一支強大的水陸兩軍，不僅僅是充當戰略預備隊的作用，更是朝廷賴以震懾地方，控制天下的重要工具。
王崇古認為內外必須要均衡，才能夠保證大明的穩定，南方對于大明來說有些過于遙遠了，如果長期屯駐重兵，必須要采取相應的措施，以保證不出現藩鎮的可能，否則的話就是取禍之道。
這點當然是重臣們同意的，不過南北邊防問題也確實是大明現在要重視的問題，東北、西北自然是要重視的，這是關系到大明安危的大事，但是南方也不能夠掉以輕心，對于大明來說，南方是朝廷財賦所重，尤其是現在的關稅，更是在朝廷財政中占據極為重要的地位，朝廷不可能對掉以輕心。
朱載坖認為，應該是南北、水陸并重，對于大明北部邊防的隱患要加以重視，但是對于大明南方尤其是海上的問題同樣要加以重視，同時要加強對于兩廣等地的控制，由于路途遙遠，朝廷往往不能及時的了解兩廣的消息，之前的直道修筑，也沒有波及到兩廣，朝廷必須重視對于兩廣和海上的經略，而對于朝廷來說，要加強對于地方的控制，首先就是道路的興建，現在從京師到兩廣，路途不便，消息阻塞，實在是極為不方便，所以朱載坖認為接下來的重點就是大規模道路的興建。</p>