朱載坖說道：“大明的官缺，什么時候輪到他們挑三揀四了？再有這等事情，吏部具名奏來，朕來處置他們。”朱載坖不會慣著這些人，朱載坖很清楚，這些捐納官員和舉人出身的官員，仕途無望，當然就以錢財為重，而且他們不懼怕朝廷的考成，他們只有一個目的，就是在被朝廷罷免之前撈夠就行了。
所以張居正說道：“陛下，運司乃鹽法要害，運使、同知務選年壯廉潔之士，副使、判官要除進士英俊之人。官年壯，則無日暮途窮之憂；任進士，則有砥礪名節之勸。如有不為利誘者，三五年間不次升擢。以二甲進士選副使，三甲選判官及雜以考選前列舉人銓補，三年查有成績，會經薦舉或節年考語俱優者，副使比照知州推升各部員外郎，判官比照知縣推升各部主事。”
吏部尚書楊巍也說道：“陛下，運司國課所系，宜取科目正途、才望茂著者簡用。不宜視為宂員，以才力不及者降補。”
這些意見都得到了朱載坖的認同，朱載坖也認為運司作為朝廷管理鹽政的重要機構，若是仍舊以捐納、舉人等出身的官員為主的話，運司的狀況必然不會好轉，這點朱載坖和重臣們是很清楚的，朱載坖于是命令內閣和吏部選拔素有清名又能干的臣子，充任運司官員，凡是捐納者，一律予以革退，朱載坖即位以來，嚴厲禁止捐納，現在大明官場中的捐納出身的官員已經不多的，他們也撈的差不多了，朱載坖命令將他們予以革退。
不過這些問題都是其次的，朱載坖認為，重新建立起朝廷對于鹽政的管理體系才是重要的問題，原有的巡鹽御史、運司、鹽法道體系要加以調整，以適應新的鹽政管理體系。
首先就是對于巡鹽御史權力的調整，原本的巡鹽御史權力過重，干涉鹽政，領導運司，已經失去了原本監察官員的作用，反而是成為鹽政的實際主官，朱載坖認為這樣是不行的，應該讓巡鹽御史回歸監察的職能，而不是實際處理政務，朱載坖認為，在都察院內專設鹽政一道，從鹽政道御史中選派御史出巡各鹽場，之前朝廷只在兩淮、兩浙、長蘆、河東派遣巡鹽御史，現在要在所有的運司衙門所在地派遣巡按鹽政御史，負責稽核鹽稅賬目，督促運司緝私等監察事項。
巡按鹽政御史不得干涉運司行政，對于運司行政，小者可以立即糾劾，大者上奏都察院，由都御史向內閣、皇帝奏報之后，由內閣批轉戶部或者總理鹽政衙門執行，限制巡按鹽政御史干涉運司行政，朱載坖再三強調，御史是監察官員，而非行政官員，不準越俎代庖，尤其是巡按鹽政御史，他們的職能主要在兩個方面，第一是巡視運司賬目，檢查朝廷的鹽課是否按時足額征解到位了，第二就是查看朝廷的恤灶措施是否實施到位，向灶戶征解正額鹽課和余鹽是否到位，朝廷的發放給灶戶的工本是否到位，這些都是巡按鹽政御史所要做的。
而其二就是對于鹽政衙門予以細化，之前朝廷雖然在戶部下設總理鹽政衙門，在地方設立各鹽法道和運司，但是各個部門的執掌不清，權責不明，尤其是運司，權力過于集中，食鹽的生產、運輸，灶戶的管理，鹽引的發放等都由運司負責，權力雖然重大，但是實際上受巡鹽御史節制，很多時候不能夠實現所規定的職權。
朱載坖認為，應當將有關鹽政各衙門的職責等予以劃分清楚，既明確職權，又便于朝廷考成，對于地方來說，鹽法道是最常設的鹽政機構，鹽法道是朝廷設置在各省的專門負責鹽政的機構，在提刑按察使司之下，屬于分巡道之一，朱載坖認為，鹽法道的主要任務是負責疏通鹽政，保證鹽政通暢，打擊轄區內的私鹽，負責轄區內的退引制度，保障朝廷鹽政的實施。
朱載坖認為鹽法道要承擔起嚴禁私鹽的主要任務，鹽法道嚴禁私鹽的手段主要是兩個，第一第督促轄區內各府州縣、巡檢司嚴厲查禁私鹽，第二就是嚴厲實行退引制度，現在朝廷的新鹽引，都要注明發放鹽引的時間，食鹽領取的時間，還有食鹽的目的地，鹽政衙門在發出鹽引之后，按季度將所發出的鹽引去向一式四份，一份留存地方鹽政衙門備查，一份送京師總理鹽政衙門存檔，一份送都察院存檔備查，一份抄送鹽引目的地所在的鹽法道，從食鹽領取之日起，以一年為單位，是鹽引的有效期。
食鹽運輸到鹽引上所載明的目的地之后，即由地方府州縣衙門收繳蓋印，然后轉送所屬鹽法道退引，每年鹽法道要將所收繳的退引和鹽政衙門發出的退引進行比對，不繳納鹽引的，由鹽法道衙門行文鹽政，不準再發給鹽引，數額巨大，即以販賣私鹽緝捕，鹽引和所運輸食鹽的數量、目的地等必須符合，凡是影射之鹽，一律以私鹽論處，對于退引收繳不能完成考成的鹽法道，著巡按御史指名題參。
這樣一來，朝廷就將查禁私鹽的任務分解到了各鹽法道，朝廷的考成也相對比較簡單了，朝廷以巡檢總署所統計的人口數據和鹽政衙門所發出的鹽引數據相對照，如果相差較大的，說明該轄區私鹽泛濫，就要對鹽法道予以嚴厲考成，還有一個指標就是退引率。如果鹽政衙門所發出的鹽引和鹽法道收回的鹽引，差距過大，那么也就說明該轄區影射私鹽的情況相對比較嚴重，這樣的話，朝廷就可以有針對性的采取措施，嚴禁私鹽。
除此之外，就是對于地方運司的改革，現在大明在兩淮、兩浙、長蘆、河東等主要鹽區設都轉運鹽使司，四川則設鹽茶都轉運司，這些都是負責鹽政的部門。</p>