對于這些運司，朱載坖認為也要加以改革，首先就是運司轄區的調整，兩淮、長蘆、河東、兩浙作為現在大明主要的食鹽產區，自然是要設立都鹽運使做為管理鹽政的衙門，而四川相對特殊，首先四川的井鹽供應西南，地位極為重要，而且除了鹽之外，還有茶葉，也是朝廷禁榷的物資，要用于和烏斯藏都司和朵干都司交易馬匹，以資軍用的，還有就是云南的鹽井，也一道納入四川鹽茶都轉運使的管理范圍。
而產量相對較少的廣東、福建、山東三個產區，則設立鹽運使，靈州鹽池則劃歸河東都鹽運使代管，將所有的鹽場都設立專門的機構，同時厘清鹽運和鹽政的職權關系。
在朝廷的官僚體系當中，總理鹽政衙門作為朝廷在中樞的鹽政機關，也是大明鹽政的最高管理機關，以戶部左侍郎兼任，負責領導全國各都鹽運使、鹽運使、鹽法道等與鹽政有關的事項，而各都鹽運使、鹽運使等作為地方鹽務機關，主要是負責鹽引的發放，鹽課的征繳與轉運，還有從灶戶手中征收手中征收的正額鹽課和余鹽的轉運。
之前大明的食鹽銷售實行的事商運商銷，也就是就場征稅，核心是民制、官收、官賣、商運、商銷，但是后來由于朝廷無力控制食鹽的生產，實際上所謂的官收、官賣成為需要，所以朱載坖認為，這次鹽政改革的主要目的就是加強朝廷對于食鹽生產的控制，重新掌握鹽場和灶戶，由朝廷掌握食鹽的生產環節。
運司衙門不再直接管理灶戶，由總理鹽政衙門派出鹽政分司衙門，與都鹽運使和鹽運使衙門的轄區一致，鹽政分司專司管理灶戶，由鹽政分司衙門負責管理鹽場和灶戶，直接控制食鹽的生產，鹽場所屬蕩地等都收歸朝廷所有，不得侵占，灶戶辦鹽所需要的各種工具、燃料等也由朝廷所保障，灶戶辦鹽所需工本也要列入預算，根據各鹽場實際所有的灶戶，編列工本預算，制定食鹽的產量計劃，鹽政分司衙門直接負責食鹽的生產與征解，商人不得插手。
商人只和運司打交道，也不和鹽政分司打交道，鹽政分司主要是負責恤灶，收購食鹽，考成鹽課的，鹽政衙門將所屬鹽場所生產的食鹽征購之后，統計數量，行文運司衙門，各運司衙門根據鹽政衙門所征購來的食鹽數量發放相應的鹽引，不準濫發鹽引，有一引之鹽，才發一引，嚴禁濫發，保障鹽引的信用。
同時實施收支兩條線，在整個鹽政系統中，運司衙門是鹽稅的征收部門，通過發放鹽引，征收鹽稅，然后上繳太倉，而鹽政衙門是支出部門，負責向灶戶發放工本，組織灶戶生產食鹽，征收正額鹽課和余鹽，保障食鹽生產所需要的各種工具、燃料等，鹽政衙門的支出也是由太倉負責的，他們的收支互不干涉，各自獨立，而總理鹽政衙門負責賬目的審核和鹽稅的統計，都察院負責對于整個鹽政系統賬目的審計。
這樣的話，朝廷可以再度控制食鹽的生產環節，同時盡可能的杜絕私鹽，保證朝廷的鹽稅。除此之外，朱載坖認為，還要依靠朝廷的郵驛體系，掌握部分的食鹽運輸環節，對于整個大明的食鹽銷售體系，朱載坖認為要實現兩種模式并行，第一是傳統的商運商銷，也就是鹽商在運司購買鹽引之后，自行提取食鹽，組織運輸、銷售等事。
另外一種模式就是官運商銷，也就是朝廷利用郵驛等運輸體系，將食鹽從鹽場運輸到大明的各大城市，由官府賣給當地的商人，然后予以分銷，之所以要保留官運商銷的模式，主要是基于兩個原因的考慮，第一就是朱載坖認為不能任由鹽商掌握食鹽的運輸，朝廷必須要直接掌握一部分食鹽的運輸，用以在特殊情況下平抑鹽價，保證百姓的食鹽，防止鹽價過高，安定地方。
第二就是以這些官運商銷的食鹽，獲取更大的利潤，充實朝廷的財政，使得朝廷的郵驛系統保持一定的常備貨運量，不至于一直虧空，徒耗錢糧。
按照朱載坖的這個規劃，整個大明的鹽政，以總理鹽政衙門為管理機關，負責對各鹽法道、都鹽運使司、鹽運使司、鹽政分司進行管理，鹽法道主要負責查禁私鹽，保障朝廷的鹽法順暢，負責官運商銷食鹽的引岸銷售，鹽運司負責發放鹽引、征收鹽稅、組織官運商銷食鹽的運輸，而鹽政分司則負責灶戶的管理，食鹽生產的組織，恤灶的實施，正額鹽課和余鹽的征購，食鹽生產的蕩地、工具、燃料等的保障。
而巡按鹽政御史則回復自己監察官員的職責，負責巡行各鹽場和運司，查看朝廷恤灶措施的實行情況，工本和余鹽銀的發放情況，還是食鹽征購與鹽引銷售的情況，打擊貪墨，審查賬目，保障工本和余鹽銀能夠發放到灶戶手中，保證鹽引不濫發，引目和食鹽征購數量相符。
對于朱載坖的想法，龐尚鵬提出了一些意見，如果按照朱載坖的想法來實施的話，朝廷就必須重新制定鹽引的價格，因為之前的引價其實就是鹽稅本身，朝廷沒有任何成本，反正朝廷已經不控制食鹽的生產了，但是現在不同了，引價不僅僅包含鹽稅，還包括朝廷支給灶戶的工本和余鹽銀，還有蕩地的地租，各種工具、燃料的消耗，這些都是朝廷的成本，必須重新進行核算，然后確定引價，才能夠實行。
這點朱載坖也是同意的，而且考慮到朝廷的實際情況，首先在長蘆和兩淮實施鹽政改革，在長蘆實施改革是因為朝廷對于長蘆鹽場控制是最嚴密的，食鹽生產扔就在朝廷手中，改革只需要各衙門職權的重新劃分即可，相對簡單，而兩淮就自不待言的，畢竟是大明鹽稅最多，鹽區最大的運司，兩淮能夠改革成功的話，對于其他地方來說就很方便了。</p>