朱載坖巡視南京已經一年了，現在京師的臣子們也多次上疏請求朱載坖回到京師，但是朱載坖都以安南戰事為由并沒有答應，現在升龍府已經被拿下了，很多人都再次上疏請求朱載坖回鑾，而且內閣也具本上疏請求朱載坖回鑾，朱載坖再次予以拒絕了，而是繼續商量安南的上后事宜。
對于朱載坖來說，軍事上的成功只不過是第一步，怎么樣使得安南能夠長治久安才是重點，朱載坖一方面命令沐昌祚等前線大將剿除安南的地方勢力，不僅僅要對安南的軍隊予以剿除，對于安南的所謂地方豪強也要盡快予以剿除，防止這些地方勢力對于朝廷在安南的行政造成不利的影響。
然后是慎擇官吏了，現在對于交趾，朝廷要實行郡縣管理，所以相應的官員們是很重要的，只有慎擇官員，才能夠保證朝廷的各項制度能夠落地，同時將安南予以安定下來，這點是朱載坖最關心的事情，安南的主官必須有豐富的處理邊務的經驗，同時要善于和這些少數民族打交道，也具備一定的軍事能力，在這幾個要求之下，其實合適的人選就不多了。
群臣們舉薦的最多的就是兩人，第一是現任兩廣總督李化龍，李化龍頗具軍事才干，在擔任廣西巡撫期間，平定了廣西的瑤亂，對于處理這些少數民族的叛亂很有經驗，但是也有人認為李化龍一年兩遷，已經是超擢了，而且現在兩廣還需要李化龍來安定并且向安南提供后勤，暫時不能離任。
然后就是巡撫四川都御史邢玠，他也是有處置這些少數民族暴亂的豐富經驗，由相應的軍事能力的臣子，除此之外，還有舉薦山東左布政使李汝華、江西左布政使黃克纘、兵科都給事中林熙春等人，朱載坖詳細查看了他們履歷，治績和吏部的考成等，在和重臣們商量了之后，下達了指令。
原右僉都御史、巡撫四川邢玠，升左副都御史兼兵部左侍郎，加經略交趾、安南等處水陸軍務事，負責安撫安南，作為交趾和安南兩布政使司的最高長官，原山東左布政使李汝華，升右僉都御史，巡撫交趾等處，江西左布政使黃克纘調交趾布政使兼理屯田、學政等事，兵科都給事中林熙春升交州知府兼交趾按察使僉事、交州兵備道。
在明確了相關的官員之后，朱載坖要求這些官員要迅速到任，恢復生產，一方面對于安南百姓予以安撫，另一方面要使得朝廷在安南的統治能夠生根發芽，要將敢于反抗的人予以消滅，同時對于愿意投靠大明的，也要予以任用，在安南推廣教育，實施漢化。
之前殷正茂等人就和朱載坖詳細分析了之前永樂南征的失誤之處，之前官軍的軍紀太差，殺戮太過，激起了安南的反抗，官軍在永樂南征的時候，甚至有"積尸為山煎肉取膏"等駭人行徑，并非孤證。官軍效仿朱元璋發明的"活體抽腸"酷刑，更將孕婦剖腹取嬰首級充作戰功。
而且朝廷派往安南的官員素質太差，大量任用兩廣落第舉人、鳳陽罪官等貪墨官僚。大明官員"重科厚斂"，越籍偽官"兇殘更甚"。所以針對這些事情，朱載坖都做了相應的調整，朱載坖在之前就嚴令沐昌祚、劉綎等大將，不得濫殺，對于敢于抵抗大明的，自然是痛加殺戮，但是不能無目的的屠殺，官軍征討和殺戮對象主要是敢于反抗大明的安南人和安南的上層貴族、官僚集團，識字階層，而不是安南百姓，對于愿意歸順大明和主動漢化的，要予以善待。
同時對于原來的安南偽官，要予以嚴厲審核，不能夠放縱這些貪婪之輩進來，同時在安南開科取士，對于那些粗通漢字的讀書人，要將他們吸納進大明的官僚隊伍當中，同時對于安南的所謂字喃，予以廢除，限期上繳銷毀，私藏有字喃的書籍，即以謀逆論處。
所謂字喃，就是安南人利用漢字的構字法則創造了新的文字。盡管字喃是以漢字為基礎，通過借用整個漢字或漢字偏旁，并結合漢字的形聲、會意、假借等造字方法進行創制，但每個字喃的構成都離不開漢字。朱載坖一向的觀點就是書同文，車同軌，大明境內，斷然不能有其他的官方語言，尤其是像安南這樣的新收復的地區，更是要厲行漢化，避免安南的再次脫離。
要廣設學校，加強教育，使得安南的下一代都會漢語，寫漢字，同時讓這些安南婦女嫁給衛所軍士，使得朝廷在安南的統治更加穩固，安南這幾十年來一直是戰亂不斷，先是莫朝和黎朝的常年戰爭，然后就是鄭氏和阮氏之間的戰爭，再加上這次大明征討安南，使得安南百姓離散，人心思定，這點對于大明來說是有好處的，同時長期的戰亂也是安南北部的人口銳減，大量的丁壯死亡，這些對于大明來說都是有好處的。
所以殷正茂等人的建議就是先將安南北部拿下，然后再徐徐圖之，因為阮氏在順化等地經營已久，積蓄了較為雄厚的力量，殷正茂認為未可輕取，阮氏割據安南南部，在各地府縣則任命知府、知縣管理民政。所有官僚任免及政務均拒絕北方朝廷插手，切斷與北方朝廷的隸屬關系。又網羅陶維慈、阮有進等文臣武將，日夜謀議，專地抗命，南方割據勢力逐漸壯大起來。
而且阮氏從一個偏安安南南部、地狹人少的地方割據勢力，經過發展成為中南半島一個實力強大的政權，大明必須要予以重視，先將安南北部予以控制，以交趾和占城作為朝廷進攻阮氏的攻擊出發陣地，最后再將阮氏予以消滅，這樣的話是最穩妥的辦法，所以朱載坖在之前支持了沐昌祚的決定，沒有命令劉綎大軍直接南下，而且專注于消滅鄭氏，對阮氏采取麻痹的態度。</p>