第二次被捕時在1791年春，那是巴貝夫被選為他定居的圣·吉爾鎮的委員。由于巴貝夫和他的支持者們召集了市民大會，強迫支持吉倫特派的市長在某個意見書上簽名。于是乎，法院以“尋釁滋事”罪將巴貝夫再度逮捕，這是巴貝夫的第二次被捕。
但在出庭受審的時候，證人們眾口一詞地為被告巴貝夫辯護，他們的辯詞對巴貝夫贊賞有至。到最后，法庭只得將巴貝夫無罪釋放。巴貝夫在證人的擁簇下如閃電般歸來，受到了人民的歡呼。
巴貝夫的第三次被捕，是在1793年11月，在巴黎糧食管理局擔當秘書的時候。
期間，因為過期的往事，代表巴黎糧食局的巴貝夫與索姆省政-府的工作往來中關系惡劣。不久，巴貝夫遭遇索姆省高等法院的缺席審判，被判處了二十年有期徒刑。此外，索姆高等法院還致函給治安委員會和巴黎警察局，要求立刻逮捕“罪犯巴貝夫”。
霧月24日，也就是11月14日，巴貝夫遭遇巴黎警察局的被捕。但隨后，有人向治安委員會的瓦迪埃委員進行了舉報，“宣稱巴貝爾公民是被索姆省官員陷害的，審判也是非法和無效的。”
不久，治安委員會便指派主管警察總局政治部的安德魯-弗蘭克上尉，全權負責調查此事。
一周之后，安德魯在寫給索姆省高等法院的書信中說：“據政治部調查所知，在派往巴黎糧食管理局以前和在巴黎任職期間，巴貝夫公民在公民責任感和廉潔方面無可爭議。據此，我們懷疑判刑二十年的理由是否充分，請派人來治安委員會接受聽證質詢。”
由于索姆省方面沒有在規定的時間里，派專人來治安委員會接受質詢，因此在12月7日，巴貝夫被巴黎警察局釋放，理由是“不允許拿一個具有眾所周知的愛國主義的人的自由當兒戲”。
然而，索姆省政-府與刑事法庭依然通過某種政治交易，向巴黎治安委員會和司法部提出了請求判決應該執行，巴貝夫應該收到逮捕。于是巴貝夫于1794年1月1日，第四次遭遇被捕。
此刻，巴黎相當多的革-命黨人對巴貝夫深為同情，并且也嘗試幫助他，但進展緩慢。當巴貝夫的朋友再度向“正義的安德魯”尋求援助的時候，這位政治部長斷然拒絕了。那時還是小胳膊小腿的安德魯，沒有任何勇氣，去反抗來自治安委員會的任何一項決議。
但不久，安德魯還是承諾了兩件事：第一，將巴貝夫從環境惡劣的卡拜政治監獄，轉移到條件較好的卡姆監獄里；第二，將巴貝夫的同事蒂博多帶到警察局的檔案室，允許他查閱有關巴貝夫的材料，匯集有利于巴貝夫的證明，準備材料，寫成長篇辯護書。
很快，巴貝夫的案件轉移到巴黎最高法院。牧月21日（6月9日）的庭審之后，該法院正式宣布，對巴貝夫的判決以及一切預審均為無效，并將案件轉到埃納省法院，做異地審理。
獲月30日（1794年7月18日），代表埃納省法院的雅各賓派檢察官下令釋放了巴貝夫。于是巴貝夫又重新回到巴黎糧食管理局任職。此刻，距離熱月政變也只有九天時間了。
在熱月政變前后，巴貝夫支持以塔里安、弗雷隆、安德魯等人為首的熱月黨人。因為他反對1793到1794年的“專-制”的革命政府與“恐怖制度”，對“恐怖的獨裁者”羅伯斯庇爾深惡痛絕。這一期間，巴貝夫在其報紙上發表了許多反羅伯斯庇爾的言論。
在熱月九日之后，巴黎公社和一些組織的幸免于難的活動家，殘余的埃貝爾派和忿激派試圖聯合起來，在一座前主教宅邸恢復了所謂選舉俱樂部，宣揚與捍衛“1793年憲法精神”。經朋友介紹，巴貝夫也加入到了選舉俱樂部。