1799年開春之后，科萬塔伊神父和他領導的“農委會”，大刀闊斧推行的農奴制改革，這才真正觸動到波蘭廣大地主貴族的核心利益，繼而遭到了最激烈反對。
尤其是農奴主集中的大波蘭、盧布斯卡、庫亞維與羅茲等地區，鄉間貴族與農奴主，以及目不識丁的農奴們共同站出來，反對這一場直接顛覆波蘭近干年社會體制的改革。
在1799年的上半年，全波蘭大約有兩百多個城鎮以及鄉村，爆發了不同程度的“武裝叛亂”，這其中既有反對土地改良的農奴主組織的，也有鼓吹暴力革-命的雅各賓派極端分子煽動的。
據事后的不完全統計，在內部陰謀者，還有英俄等國間諜的煽動下，差不多有10多萬的波蘭人，主動或是被動的卷入到這一場政變陰謀中。
至始至終，作為“農委會”總負責人，悲天憫人的胡戈?6?1科萬塔伊神父，都是希望通過和平談判，友好協商的方式，來逐步解決波蘭社會的內部爭端，并反對任何形式的暴力手段。
但在另一方面，科萬塔伊神父的同僚們卻沒有足夠的耐心。
等到5月初的時候，面臨重重阻擾的“農委會”的其他6位委員，還是繞過負責人科萬塔伊神父，直接向波蘭的首席執政官巴爾斯發出求援。
很快的，科萬塔伊神父的弟子，馬魯舍夫斯基將軍接到了執政官的最高指令，其麾下內政部軍警（相當于國內憲兵）予以堅決執行，采取一切有必要的武力手段，全力配合“農委會”的工作。
包括尋找、逮捕、甄別與處決那些冥頑不靈的保守派土地所有者，還有大肆煽動社會動蕩的左派激進分子。
不久，包括警察、憲兵、自衛隊在內的大批武裝部隊開始頻繁調動，他們拿著情報人員提供的黑名單，趕赴各個暴動的鄉村城鎮，以叛國罪名，堅決而果斷鎮壓每一個反叛者。
等到9月中下旬時，波及兩百多個城鎮以及鄉村的“武裝叛亂”，盡數被國內軍警與自衛軍迅速平息，差不多八百多名拒絕與政-府合作的鄉間貴族、農奴主，還有他們的支持者，以及上干名實施暴力革-命的農奴和鼓動他們的激進分子，相繼倒在血泊中。
這一期間，在面對越演越烈的各地暴亂，身心疲倦的科萬塔伊神父最終宣布辭去擔當的財政大臣，以及“農委會”主-席的職務。
僅24小時不到，巴爾斯執政官迅速接受了科萬塔伊神父的辭職。對此，已同俄國沙皇簽訂了一攬子《和平協定》，即將返回巴黎的法蘭西執政官，再度來到華沙，堅持支持巴爾斯政權。
對于任何動搖國家根本的反叛者，無論他是激進派，還是屬于保守派，安德魯教導巴爾斯的做法簡單而殘暴，毫不留情的徹底鎮壓。
畢竟，以巴爾斯為首的中-央政-府，擁有10萬名始終效忠華沙的軍警與國民自衛軍，足以碾壓那些分散四地的反抗勢力。
此外，作為國防軍的波蘭自由軍團盡管沒有參與國內的軍事行動，但他們聯合法軍，為波蘭創造了寬松的國際政治與軍事環境，至少不擔心俄國人、英國人、普魯士人與奧地利人的軍事干涉。
不僅如此，在叛亂越演越烈之際，法蘭西銀行的董事會在安德魯的指示下，同意了波蘭政-府的請求，僅在48小時內，就特批了一筆五干萬茲羅提（價值2500萬法郎）的無息貸款，專門用于協助巴爾斯政-府鎮壓國內叛亂，收買人心。