“回皇上的話。這不僅是劉閣老的主意，也是臣的主意。”徐光啟回答道。
“理由呢？”朱常洛從沒想過事情會如此發展。
朱常洛一開始想的是，借熊廷弼以及遼東的事情敲打東林黨的實權派，好讓讓他們老實點兒。
命令徐光啟乘著“西廠之議”的東風與東林黨接觸，也只是為了插根針到東林黨的核心圈子去。他曾想過引導并分裂東林黨。但這種事情急不得，因為東林黨分裂只會引發更嚴重的派系斗爭。
所以在皇極殿朝會之后，朱常洛也就暫時偃旗息鼓，沒有進一步追打東林黨。更有甚者，他還適度地敲打了方從哲，以免反東林黨的勢力搞什么“乘勝追擊”，將朝局重新推回到萬歷中期那種你攻我伐的態勢。
朱常洛根本沒料到朝會改制會鬧得這么大，這么別扭。他原以為，這事情最大的阻力會來自內閣，因為無論是否上朝，這幫老頭兒都得在卯時開門后立刻入宮處理通政使司呈進來的奏疏。對他們而言，減少朝會的時間基本上是沒有什么實質性的好處的。基于此，朱常洛便在方從哲來書房求見時，暗示他配合自己。
可內閣只在最開始的一段時間內，提出了只有象征意義的反對。等到事情發酵走偏，就連內閣里最堅定的反對者史繼偕都沉默了。而鬧得最兇的，恰好是被朱常洛視為最大受益者的六科十三道言官。
這些人品級不高，俸祿極低，還沒有灰色收入，買不起皇城周邊的宅子，好些人幾乎是貼著城墻住的。他們要上朝，就得起大早，然后步行差不多半個時辰進宮。
朝會上基本輪不到他們說話，絕大多數人都是高官們照本宣科時的背景板。在朱常洛看來，搞朝會改制不僅是體恤自己，更是體恤他們。
但事情就是這么荒唐的發生了。受益最大、最該支持改制的一群人跳得比誰都高，逮著人就咬，擺出一副不把朝局攪渾誓不罷休的姿態，企圖把閣、部十五卿全部拉下水。
起初，朱常洛只當這是兩派假借祖制的互相攻伐，于是便讓司禮監記錄并調查了各言官的黨派。內廷將名單擬出后，朱常洛也只是借此敲打兩派的頭面人物，讓他們好好兒管管手底下的言官。大家都不要再鬧了。
這時候，朱常洛還想著息事寧人，根本就沒打算借著朝會改制的事情搞擴大化。因為東廠剛完成重建，還在磨合，朱常洛也并不很信任錦衣衛，就連出門見人也只安排西廠隨護。
西廠雖然能用，但在朱常洛的設計中，它只是一個內廷的監察機構。朱常洛并不打算讓西廠調查或懲辦外廷的官員。
由于東林黨勢大，朱常洛在同時敲打方從哲和劉一燝這兩位頭面人物時，還專門給劉一燝上了額外的臉色。可最后，沒被上臉色的方從哲壓住了以浙黨為首的勢力，而劉一燝卻完全管不住東林黨。
冬月十一，矛盾集中爆發。東林黨竟然趁著皇帝臨朝，直接對皇帝本人發起進攻。此時，朱常洛終于意識到，這群人并不單是要搞黨派斗爭，更是要借朝會改制掀起泰昌朝的“大禮議”，逼朝廷乃至皇帝讓步。
但相比如浮水之萍的進京藩王朱厚熜，朱常洛的境況要好得多。因為宮里沒有昭圣慈壽皇太后這樣的人物，所以在太子即皇帝位之初，以王安為首的東宮宦官就基本完成了對內廷權力的接收，內閣也不是楊廷和這樣的權相的一言堂。
朱常洛本來是想在萬歷四十八年最后的幾個月里完成對內廷的整肅。再在改元的恩科結束及天津開埠之后，從孫如游這樣腐儒衛道士入手，逐步裁汰腦子里只搭了一根弦的文官，只保留最忠于君主的腐儒去看著所謂的“洋儒”，以防止新勢力無人制衡尾大不掉。可朝會改制變成了“大禮議”，那就只能調整計劃，提前動手了。
盡管做了打擊東林黨的決定，但朱常洛依舊保持著應有的克制，只搞了適度的擴大化，而沒有搞無限制擴大化。他甚至親自調整并縮小了錦衣衛的打擊面，以保證在歷史上有正面評價的官員，以及微涉或無涉此事的官員能免受影響。
他擬好了新的劇本和結局，可蝴蝶扇動翅膀從來不會只讓自己高飛。
錦衣衛動了，所有人就動了。
首當其沖的禮部尚書徐光啟最先做出反應，跑到內閣請求身為浙黨領袖的首輔方從哲保持克制。方從哲表面上不動聲色，甚至支持沈擴大黨爭，但私底下卻冒險與錦衣衛掌衛事駱思恭勾兌，以東廠的例子勸錦衣衛收斂。
而徐光啟也被劉一燝說服，決定成為東林黨的領袖。
“臣以為，剪除東林只能治標而不能治本。”徐光啟早就將用于說服皇上的理由準備好了。“當年張居正以‘反對士子不務實學之陋習’為由禁止講學，以圣旨關閉全國書院，甚至沒收、拆毀各書院的土地房屋。以為除惡既盡，書院之風即可永絕。但張居正死敗之后，各地書院即死灰復燃。”
“絕大多數東林成員或者東林的同情者，只是不滿于朝局之腐敗與黨爭之激烈。此亂源不治，即便沒了東林，也會有西林或南林。東林只是長歪了，不是爛根了。與其消滅東林，不如容留并控制東林。東林有匡正時弊之心，卻被所謂的意見領袖利用。只要替換掉胡亂引導輿論的領袖，換上由圣上恩準的領袖，東林就能為圣上所用，成為改制易綱，中興大明的利器！”
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