如：都察院的官員胥吏，日常做事氛圍死氣沉沉，一些官員入衙的表情如上墳一般，急需改進；三法司明和暗不和，經常因某個案件而爭吵甚至手持《大明律》互毆；還有太常寺的禮樂表演訓練，變成了許多官員放衙后免費欣賞的節目……
通政使司當值官念出一個衙門的問題，便有該衙門中一個或兩個官員主動站出，跪在地上。
皇帝親眼所見，不需要證據，也能定他們的罪。
不多時，皇極門前便跪了十余名官員。
罪名都不算大，但也夠笞四十，且足夠丟臉。
……
片刻后，問題念誦完畢。
小萬歷掃了一眼前方跪在地上的官員，道：“朕巡視各個衙門所發現的問題都不算太嚴重，但也值得眾卿警醒，朕此次不會懲戒任何一名官員，望各個衙門能傾力整頓，知錯改錯，若整頓不當，下次依舊還有問題，朕定當重懲！”
“謝陛下隆恩！”跪在地上的官員齊齊拱手道。
“各回隊列吧！”小萬歷擺了擺手，然后從御座上站了起來。
“小問題，朕可以不追究，但有些問題，朕若再不追究，其將嚴重搖撼我大明江山，朕這次巡衙，發現問題最嚴重的乃是兩個對京師安全非常重要的衙門，一個是五城兵馬司，一個是五軍都督府！”
唰！唰！唰！
此話一落，負責監管五城兵馬司的巡城御史們，以及五軍都督府的主官們紛紛走出，跪在了地上。
主打一個認錯態度良好。
五城兵馬司作為京師內被百姓罵得最多的衙門，因瑣碎之事甚多，其問題多而嚴重，皆在文武百官的意料之中。
無論是從五城兵馬司在京師的地位還是其負責的差遣而言，它都必須是整個京師最差勁的衙門，沒有之一。
不過，五軍都督府被小萬歷點名批評，令官員們大感意外。
五軍都督府作為統領全國軍隊的最高軍事機構，看似地位很高，其實在兵部的壓制下，只有練兵之權。
小萬歷將其單獨提出來斥責，顯然是兵卒質量有問題。
隨即，小萬歷又是大手一揮，又一名通政使司當值官重新拿出一份文書，念誦起小萬歷巡察五城兵馬司與五軍都督府的所見所聞。
五城兵馬司，兵賊勾結，貪贓索賄，賭博酗酒，導致京師內治安混亂，百姓謾罵之聲不絕于耳。
五軍都督府，巡城兵卒站崗隨性，低級官員篡改膽敢，徇私舞弊，占役、克扣軍餉物質，操練廢弛，敷衍了事，考核時弄虛作假，導致京師防御不堪一擊……
官員們聽到小萬歷對五城兵馬司與五軍都督府的所見所聞后，都感到不可思議。
他們知曉這兩個衙門很糟糕，但沒想到竟然如此糟糕。
以英國公張溶為首的五軍都督府的主官們，低著腦袋，頭都不敢抬。
小萬歷站在御座前，看向下方。
“朕沒想到京營之兵竟然敢如此糊弄，以此等操練的態度，朝廷如何能保證國門不失，兩位圣母太后與朕的安全，誰能保障？這樣的防御，實在是糟糕透了！”小萬歷驟然擴大了聲音。
“陛下息怒！”群臣拱手高呼。
張居正面帶疑惑，他沒想到小萬歷突然針對五軍都督府與五城兵馬司批判了起來。
他知這兩個衙門有諸多問題，但在他的了解中，并沒有那么糟糕。
五軍都督府練兵無序與城門看守怠慢，也并非是五城都督府之責，也是因兵部與五軍都督府職權不明，外加朝廷新政改革的重心在九邊重鎮，而不在京營。
朝廷還沒來得及整肅五軍都督府。